https://partner.microsoft.com/40052493#vol20
Volume Activation 2.0 for the Windows Server 2008 operating system supports your existing business processes with the Multiple Activation Key (MAK) and two activation methods. This page introduces basic configurations and describes best practices in an extended enterprise. For detailed information, including diagrams, download the Partner Activation Card.
Note: If you are also a Microsoft Volume Licensing customer, you may be using Key Management Service (KMS).This guide is not intended to describe KMS installation and management. Visit http://www.microsoft.com/technet/volumeactivation to learn more about KMS activation.
Installation vs. Activation
With Volume Activation 2.0, product activation is a separate step from installation. During Windows Server 2008 installation, an edition-specific setup key embedded in the installation media is used. Then activate the machine by using your assigned partner MAK within the initial 60-day grace period (you can re-arm the machine up to three times).
Windows Server 2008 Activation Tips
For Standard Enterprises
For Learning Solutions Partners
For Isolated Labs
For Consultant/System Integrators
For Independent Software Vendors
Volume Activation 2.0
Volume Edition Product Key Groupings
Resources
Volume Activation 2.0 Partner Online Training
Partner Activation Card PDF
Partner Activation FAQ
Volume License Keys
Partner Membership Center
Volume Activation 2.0 for Windows Vista and Windows Server
Windows Server 2008 for Partners
Activation Instructions and Scenarios
Windows Server 2008 Activation Tips
Note: The Windows Server 2008 setup will not prompt you for a key during installation. By default, volume-license editions of Windows Server 2008 install as KMS clients and attempt activation with a KMS host. Within 60 days of installation, a dialog box will request activation. You will then need to activate by using the correct assigned MAK instead of the KMS method. You can use either of two methods to change from KMS to MAK activation:
Using the CMD prompt: Start Button, Programs, Accessories, right-click on CMD Prompt (run as Administrator)
In the CMD prompt, Run
slmgr.vbs –ipk xxxxx-xxxxx-xxxxx-xxxxx-xxxxx
where xxxxx-xxxxx-xxxxx-xxxxx-xxxxx is your MAK product key located in the Partner Membership Center (PMC)
Right-click on My Computer, Properties, and choose the Change Product option
Select Change product key under “Windows activation”
In Product Key, enter the 25-digit key assigned to Partner in the PMC
Select Next
Note: Disregard the instructions on the screen stating “You can find your product key sticker on your computer or on the installation disc holder inside the Windows package.” Use the key assigned by the PMC.
After changing the product key to the assigned MAK, you will be able to activate Windows Server 2008.
If you attempt to activate without changing the product key to a MAK, the following error message will be displayed: Activation Error: Code 0x8007232b; DNS name does not exist. This error is returned if there is no KMS host found in the DNS.
Activation Instructions
For Standard Enterprises
Corporate networks include intranets, multiple locations, virtual private networks, numerous DNS entries, connected/disconnected/limited connectivity machines.
Instructions
Standard installation. See Windows Server 2008 Activation Tips on this page. Download the Partner Activation Card for a diagram of the Standard Enterprise scenario.
For Learning Solutions Partners
Instructor teams (at many locations) install, configure, and image many machines per week with multiple Windows Server 2008 editions. Activating machines using a MAK may not be practical when re-imaging takes place weekly. Classrooms may or may not be connected to an intranet. Download the Partner Activation Card for a diagram of the Learning Solutions partner scenario.
Instructions
Imaging Server activates once.
To create temporary classroom images:
Disable auto activation.
Disable activation notification.
Install applications.
Run: sysprep/generalize.
Create image offline.
Deploy for up to 60 days.
If needed, Run: slmgr.vbs/rearm (up to three times; allows 60 days each time).
For Isolated Labs
Never connected to Internet. Follow the diagram on the downloadable Partner Activation Card, or use telephone activation if only a few computers. Start telephone activation by Running: slui 4
Instructions
Volume Activation Management Tool (VAMT) hosted inside isolated lab
VAMT installs a MAK, and obtains IID for all computers in lab
VAMT exports the list of computers to a file on removable media
Administrator imports the machine data onto a core network computer running VAMT
VAMT sends the IIDs to Microsoft and obtains the corresponding CIDs
Administrator exports to removable media and takes back to isolated lab
VAMT activates the lab computers by installing the CIDs.
For Consultants and System Integrators
Consultants run numerous copies of the operating system (virtual), loading and unloading them for demonstration purposes. Download the Partner Activation Guide for a diagram of the Consultant/System Integrator scenario.
Instructions
Note that each Windows Server 2008 computer has a 60-day grace period before activation is required.
Reset the grace period as many as three times by running “%systemroot%\system32\slmgr.vbs /rearm”. You are using one of your re-arm allowances when running “sysprep /generalize”.
If you create your demonstration image from a retail version, and if you need to run the virtual machine (VM) for more than 180 days, use the Virtual Product Key for activation. Moving a VM activated with a Virtual Product Key will not require reactivation.
If the demonstration image is created from a volume version, use a MAK to activate the VM. Note that if you use a MAK, reactivation may be required if the VM is moved between different hosts.
For Independent Software Vendors
These include retail and volume activation types.
Retail Activation Instructions
Run cscript %windir%\system32\slmgr.vbs –ipk xxxxx-xxxxx-xxxxx-xxxxx-xxxxx.
If the Retail Windows Server 2008 is to be rebuilt within 240 days, reset the computer’s activation timer up to three times. Run cscript %windir%\system32\slmgr.vbs –rearm.
Volume Activation 2.0 Glossary
Multiple Activation Key (MAK)
A limited-count activation key for performing one-time activation with Microsoft.
MAK Proxy Activation
Enables a centralized activation request on behalf of multiple computers.
MAK Independent Activation
Requires that each computer independently connect and activate with Microsoft, via Internet or telephone.
VAMT
The VAMT automates and manages MAK Proxy and MAK Independent activations. Provides the remaining activation count and activation status of all MAK-activated computers. A best practice is to use VAMT for all MAK activations, both Proxy and Independent.
Key Management Service (KMS)
Used to establish a local activation enablement service for computers in a managed environment. Eliminates the need for computers to individually connect to Microsoft. Requires a minimum of five physical Windows Server 2008 machines to be established and maintained. VMs do not contribute to the count but will be activated when the threshold is met. KMS-activated machines must connect to the KMS host at least once every 180 days to maintain activation.
Volume Edition Product Key Groupings
MAKs are associated with Volume Edition Product Key Groups, rather than being edition-specific, and will only activate server editions within the corresponding group.
Saturday, July 12, 2008
windows server 2008 激活 安装 设置 (精简语言包/必备程序下载)
windows server 2008 激活 安装 设置 (精简语言包/必备程序下载)
http://os.deepin.org/read.php?tid=594038
Windows 2008 密钥管理与基本优化设置的批处理文件
http://os.deepin.org/read.php?tid=636541
http://os.deepin.org/read.php?tid=594038
Windows 2008 密钥管理与基本优化设置的批处理文件
http://os.deepin.org/read.php?tid=636541
how to activate windows server 2008 enterprise
use the tool provided by deepin
change product key
start cmd, slui 1, activate online
change product key
start cmd, slui 1, activate online
forum: windows activation
http://www.thehotfix.net/forums/index.php?s=22520a7f963281ebc41279829afcf107&showforum=59
激活了的server 2008 该如何备份
http://bbs.pcbeta.com/thread-297120-1-1.html
右键计算机――更改产品密钥――输入你之前激活的key
打开：服务(开始 ->程序 -> 管理工具 - > 服务)，找到Software Licensing ，并设置启动类型为"已禁用"。
打开c:\Windows\ServiceProfiles\NetworkService\AppData\Roaming\Microsoft\SoftwareLicensing 目录，用你自己已激活备份好的tokens替换系统 tokens.dot 的文件
再次打开服务，将 Software Licensing 设置为 "自动"。
PS:替换tokens文件一定要用管理员帐户进行
哈哈，之后激活成功
右键计算机――更改产品密钥――输入你之前激活的key
打开：服务(开始 ->程序 -> 管理工具 - > 服务)，找到Software Licensing ，并设置启动类型为"已禁用"。
打开c:\Windows\ServiceProfiles\NetworkService\AppData\Roaming\Microsoft\SoftwareLicensing 目录，用你自己已激活备份好的tokens替换系统 tokens.dot 的文件
再次打开服务，将 Software Licensing 设置为 "自动"。
PS:替换tokens文件一定要用管理员帐户进行
哈哈，之后激活成功
Wednesday, July 09, 2008
架设基于Linux的服务器集群
架设基于Linux的服务器集群
架设基于Linux的服务器集群
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作者: ｌｉｎｕｘａｉｄ 发布日期: 2002.11.12 22:14
一. 什么是服务器集群
随着Internet的爆炸性增长，Internet与人的生活越来越息息相关，通过Internet上进行交易也就越来越受关注。近几年，电子商务的年增长均超过100％。服务器的工作量也迅速增长，所以服务器（特别是一个受人欢迎的WEB服务器）很容易在访问高峰时期过载。
而另一方面，计算机从1946年单纯的科学计算任务到现在大量纷繁复杂的信息处理，工作量越来越大，需要越来越快的处理能力。所以计算机界就不得不不断研究更快的处理器，存储器，以适应这一需求。
然而，科学家们意识到，单块处理器的速度发展空间是有限的，为什么不能让计算机象人一样协同工作，"群策群力"地将工作完成好呢！这时，就掀起了"并行计算"的研究。
举个例子来说，我们架设了一台WWW服务器，上面构建了一个电子商务网站，然而随着时间的推移，名声越来越大，这时点击率也就越来越高，WWW服务器的负载也就越来越高。这种情况下，我们就必须提升WWW服务器的能力，以满足以益增长的服务请求。这时，我们就面临两种选择：
1）升级WWW服务器，采用更快的CPU，增加更多的内存，使其更具有POWER；但日益增长的服务请求又会使服务器再次过载，需要再次升级，这样就陷入了升级的怪圈。还有，升级时还得考虑到服务如何接续，能否中止！
2）增加WWW服务器，让多台服务器来完成相同的服务。
这种方法就是服务器集群，通过并行技术来大大提升系统性能。也就是这一章的主要内容，这种方法具有很好的扩展性，而且可以最大限度地利用已有投资。
1.1.集群的概念
集群，是一组独立的计算机系统构成一个松耦合的多处理器系统，它们之间通过网络实现进程间的通信。应用程序可以通过网络共享内存进行消息传送，实现分布式计算机。
近几年来，微处理器、内存、总线技术、网络技术有了非常大的进步，软件的并行技术也有了非常大的进步，这使得让一组廉价的个人电脑与工作站协同工作成为可能，甚至可以与拥有强大的芯片处理能力的超级计算机竞争。
比如，16个普通微处理器组成的集群系统可以达到亿次级浮点计算机能力，而且总的成本小于40万元。
不幸的是，建造一个集群并不是一件简单的事件。集群的组成部分必须根据要运行的主要应用进行调整，以使之运行在最佳状态。这此因素带来的结果就是，建造集群系统不是只有一个标准的方案，在本章中，我们就会看到许多种建造方案。
集群技术是计算机系统结构的前沿领域，笔者也仅是略有了解，希望本文能起到抛砖引玉之用。 1.2.并行技术这是一个非常简单的建造四节点的小集群系统的例子，它是构建在Linux操作系统上，通过MPICH软件包实现的，希望这个小例子能让大家对集群系统的构建有一个最基本的了解。
二. 使用MPICH构建一个四节点的集群系统
这是一个非常简单的建造四节点的小集群系统的例子，它是构建在Linux操作系统上，通过MPICH软件包实现的，希望这个小例子能让大家对集群系统的构建有一个最基本的了解。
2.1 所需设备
1).4台采用Pentium II处理器的PC机，每台配置64M内存，2GB以上的硬盘，和EIDE接口的光盘驱动器。
2).5块100M快速以太网卡，如SMC 9332 EtherPower 10/100（其中四块卡用于连接集群中的结点，另外一块用于将集群中的其中的一个节点与其它网络连接。）
3).5根足够连接集群系统中每个节点的，使用5类非屏蔽双绞线制作的RJ45缆线
4).1个快速以太网(100BASE-Tx)的集线器或交换机
5).1张Linux安装盘
2.2 构建说明
对计算机硬件不熟的人，实施以下这些构建步骤会感到吃力。如果是这样，请找一些有经验的专业人士寻求帮助。
1. 准备好要使用的采用Pentium II处理器的PC机。确信所有的PC机都还没有接上电源，打开PC机的机箱，在准备与网络上的其它设备连接的PC机上安装上两块快速以太网卡，在其它的PC机上安装上一块快速以太网卡。当然别忘了要加上附加的内存。确定完成后盖上机箱，接上电源。
2. 使用4根RJ45线缆将四台PC机连到快速以太网的集线器或交换机上。使用剩下的1根RJ45线将额外的以太网卡（用于与其它网络相连的那块，这样机构就可以用上集群）连接到机构的局域网上（假定你的机构局域网也是快速以太网），然后打开电源。
3. 使用LINUX安装盘在每一台PC机上安装。请确信在LINUX系统中安装了C编译器和C的LIB库。当你配置TCP/IP时，建议你为四台PC分别指定为192.168.1.1、192.168.1.2、192.168.1.3、192.168.1.4。第一台PC为你的服务器节点（拥有两块网卡的那台）。在这个服务器节点上的那块与机构局域网相连的网卡，你应该为其指定一个与机构局域网吻合的IP地址。
4.当所有PC都装好Linux系统后，编辑每台机器的/etc/hosts文件，让其包含以下几行：
192.168.1.1 node1 server
192.168.1.2 node2
192.168.1.3 node3
192.168.1.4 node4
编辑每台机器的/etc/hosts.equiv文件，使其包含以下几行：
node1
node2
node3
node4
以下的这些配置是为了让其能使用MPICH's p4策略去执行分布式的并行处理应用。
1. 在服务器节点，建一个/mirror目录，并将其配置成为NFS服务器，并在/etc/exports文件中增加一行：
/mirror node1(rw) node2(rw) node3(rw) node4(rw)
2. 在其他节点上，也建一个/mirror目录，关在/etc/fstab文件中增加一行：
server:/mirror /mirror nfs rw,bg,soft 0 0
3. /mirror这个目录从服务器上输出，装载在各个客户端，以便在各个节点间进行软件任务的分发。
4. 在服务器节点上，安装MPICH。MPICH的文档可在
http://www.mcs.anl.gov/mpi/mpich/docs.html获得。
5.任何一个集群用户（你必须在每一个节点新建一个相同的用户），必须在/mirror目录下建一个属于它的子目录，如/mirror/username，用来存放MPI程序和共享数据文件。这种情况，用户仅仅需要在服务器节点上编译MPI程序，然后将编译后的程序拷贝到在/mirror目录下属于它的的子目录中，然后从他在/mirror目录下属于它的的子目录下使用p4 MPI策略运行MPI程序。
2.3 MPICH安装指南
1.如果你有gunzip，就d下载mpich.tar.gz，要不然就下载mpich.tar.Z。也可以使用匿名FTP到ftp.mcs.anl.gov的pub/mpi目录拿。（如果你觉得这个东西太大，你可以到pub/mpi/mpisplit中取分隔成块的几个小包，然后用cat命令将它们合并）
2.解压：gunzip c mpich.tar.gz |tar xovf-（或zcat mpich.tar.Z|tar xovf-）
3.进入mpich目录
4.执行：./configure为MPICH选择一套适合你的实际软硬件环境的参数组，如果你对这些默认选择的参数不满意，可以自己进行配置（具体参见MPICH的配置文档）。最好选择一个指定的目录来安装和配置MPICH，例如：
./configure -prefix=/usr/local/mpich-1.2.0
5.执行：make >& make.log 这会花一段较长的时间，不同的硬件环境花的时间也就不同，可能从10分钟到1个小时，甚至更多。
6.（可选）在工作站网络，或是一台单独的工作站，编辑mpich/util/machines/machines.xxx（xxx是MPICH对你机器体系结构取的名称，你能很容易的认出来）以反映你工作站的当地主机名。你完全可以跳过这一步。在集群中，这一步不需要。
7.（可选）编译、运行一个简单的测试程序：
cd examples/basic
make cpi
ln s ../../bin/mpirun mpirun
./mpirun np 4 cpi
此时，你就在你的系统上运行了一个MPI程序。
8.（可选）构建MPICH其余的环境，为ch_p4策略使用安全的服务会使得任何启动速度加快，你可以执行以下命令构建：
make serv_p4
(serv_p4是一个较新的P4安全服务的版本，它包含在MPICH 1.2.0版中)，nupshot程序是upshot程序的一个更快版本，但他需要tk 3.6版的源代码。如果你有这个包，你就用以下命令可以构建它：
make nupshot
9.（可选）如果你想将MPICH安装到一个公用的地方让其它人使用它，你可以执行：
make install 或 bin/mpiinstall你可以使用-prefix选项指定MPICH安装目录。安装后将生成include、lib、bin、sbin、www和man目录以及一个小小的示例目录，（可选）到此你可以通告所有的用户如何编译、执行一个MPI程序。
2.4 费用统计
这个小的集群方案总的费用大致如下：
设备费用：
4台 Pentium II CPU /64MB内存, 2GB的硬盘带EIDE CD-ROM 的机器： 24000元
5块快速以太网卡： 800元
1个快速以太网的集线机：2000元
5根双绞线：50元
软件费用：
LINUX安装光盘：50元
MPICH：0元
合计：26900元。
这样一个集群系统可以用于一些大量的科学计算，信息处理，而且其性价比实在是太好了，仅需不到三万元。
你可以通过这个链接引用该篇文章:http://castep.bokee.com/viewdiary.12884306.html
架设基于Linux的服务器集群
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作者: ｌｉｎｕｘａｉｄ 发布日期: 2002.11.12 22:14
一. 什么是服务器集群
随着Internet的爆炸性增长，Internet与人的生活越来越息息相关，通过Internet上进行交易也就越来越受关注。近几年，电子商务的年增长均超过100％。服务器的工作量也迅速增长，所以服务器（特别是一个受人欢迎的WEB服务器）很容易在访问高峰时期过载。
而另一方面，计算机从1946年单纯的科学计算任务到现在大量纷繁复杂的信息处理，工作量越来越大，需要越来越快的处理能力。所以计算机界就不得不不断研究更快的处理器，存储器，以适应这一需求。
然而，科学家们意识到，单块处理器的速度发展空间是有限的，为什么不能让计算机象人一样协同工作，"群策群力"地将工作完成好呢！这时，就掀起了"并行计算"的研究。
举个例子来说，我们架设了一台WWW服务器，上面构建了一个电子商务网站，然而随着时间的推移，名声越来越大，这时点击率也就越来越高，WWW服务器的负载也就越来越高。这种情况下，我们就必须提升WWW服务器的能力，以满足以益增长的服务请求。这时，我们就面临两种选择：
1）升级WWW服务器，采用更快的CPU，增加更多的内存，使其更具有POWER；但日益增长的服务请求又会使服务器再次过载，需要再次升级，这样就陷入了升级的怪圈。还有，升级时还得考虑到服务如何接续，能否中止！
2）增加WWW服务器，让多台服务器来完成相同的服务。
这种方法就是服务器集群，通过并行技术来大大提升系统性能。也就是这一章的主要内容，这种方法具有很好的扩展性，而且可以最大限度地利用已有投资。
1.1.集群的概念
集群，是一组独立的计算机系统构成一个松耦合的多处理器系统，它们之间通过网络实现进程间的通信。应用程序可以通过网络共享内存进行消息传送，实现分布式计算机。
近几年来，微处理器、内存、总线技术、网络技术有了非常大的进步，软件的并行技术也有了非常大的进步，这使得让一组廉价的个人电脑与工作站协同工作成为可能，甚至可以与拥有强大的芯片处理能力的超级计算机竞争。
比如，16个普通微处理器组成的集群系统可以达到亿次级浮点计算机能力，而且总的成本小于40万元。
不幸的是，建造一个集群并不是一件简单的事件。集群的组成部分必须根据要运行的主要应用进行调整，以使之运行在最佳状态。这此因素带来的结果就是，建造集群系统不是只有一个标准的方案，在本章中，我们就会看到许多种建造方案。
集群技术是计算机系统结构的前沿领域，笔者也仅是略有了解，希望本文能起到抛砖引玉之用。 1.2.并行技术这是一个非常简单的建造四节点的小集群系统的例子，它是构建在Linux操作系统上，通过MPICH软件包实现的，希望这个小例子能让大家对集群系统的构建有一个最基本的了解。
二. 使用MPICH构建一个四节点的集群系统
这是一个非常简单的建造四节点的小集群系统的例子，它是构建在Linux操作系统上，通过MPICH软件包实现的，希望这个小例子能让大家对集群系统的构建有一个最基本的了解。
2.1 所需设备
1).4台采用Pentium II处理器的PC机，每台配置64M内存，2GB以上的硬盘，和EIDE接口的光盘驱动器。
2).5块100M快速以太网卡，如SMC 9332 EtherPower 10/100（其中四块卡用于连接集群中的结点，另外一块用于将集群中的其中的一个节点与其它网络连接。）
3).5根足够连接集群系统中每个节点的，使用5类非屏蔽双绞线制作的RJ45缆线
4).1个快速以太网(100BASE-Tx)的集线器或交换机
5).1张Linux安装盘
2.2 构建说明
对计算机硬件不熟的人，实施以下这些构建步骤会感到吃力。如果是这样，请找一些有经验的专业人士寻求帮助。
1. 准备好要使用的采用Pentium II处理器的PC机。确信所有的PC机都还没有接上电源，打开PC机的机箱，在准备与网络上的其它设备连接的PC机上安装上两块快速以太网卡，在其它的PC机上安装上一块快速以太网卡。当然别忘了要加上附加的内存。确定完成后盖上机箱，接上电源。
2. 使用4根RJ45线缆将四台PC机连到快速以太网的集线器或交换机上。使用剩下的1根RJ45线将额外的以太网卡（用于与其它网络相连的那块，这样机构就可以用上集群）连接到机构的局域网上（假定你的机构局域网也是快速以太网），然后打开电源。
3. 使用LINUX安装盘在每一台PC机上安装。请确信在LINUX系统中安装了C编译器和C的LIB库。当你配置TCP/IP时，建议你为四台PC分别指定为192.168.1.1、192.168.1.2、192.168.1.3、192.168.1.4。第一台PC为你的服务器节点（拥有两块网卡的那台）。在这个服务器节点上的那块与机构局域网相连的网卡，你应该为其指定一个与机构局域网吻合的IP地址。
4.当所有PC都装好Linux系统后，编辑每台机器的/etc/hosts文件，让其包含以下几行：
192.168.1.1 node1 server
192.168.1.2 node2
192.168.1.3 node3
192.168.1.4 node4
编辑每台机器的/etc/hosts.equiv文件，使其包含以下几行：
node1
node2
node3
node4
以下的这些配置是为了让其能使用MPICH's p4策略去执行分布式的并行处理应用。
1. 在服务器节点，建一个/mirror目录，并将其配置成为NFS服务器，并在/etc/exports文件中增加一行：
/mirror node1(rw) node2(rw) node3(rw) node4(rw)
2. 在其他节点上，也建一个/mirror目录，关在/etc/fstab文件中增加一行：
server:/mirror /mirror nfs rw,bg,soft 0 0
3. /mirror这个目录从服务器上输出，装载在各个客户端，以便在各个节点间进行软件任务的分发。
4. 在服务器节点上，安装MPICH。MPICH的文档可在
http://www.mcs.anl.gov/mpi/mpich/docs.html获得。
5.任何一个集群用户（你必须在每一个节点新建一个相同的用户），必须在/mirror目录下建一个属于它的子目录，如/mirror/username，用来存放MPI程序和共享数据文件。这种情况，用户仅仅需要在服务器节点上编译MPI程序，然后将编译后的程序拷贝到在/mirror目录下属于它的的子目录中，然后从他在/mirror目录下属于它的的子目录下使用p4 MPI策略运行MPI程序。
2.3 MPICH安装指南
1.如果你有gunzip，就d下载mpich.tar.gz，要不然就下载mpich.tar.Z。也可以使用匿名FTP到ftp.mcs.anl.gov的pub/mpi目录拿。（如果你觉得这个东西太大，你可以到pub/mpi/mpisplit中取分隔成块的几个小包，然后用cat命令将它们合并）
2.解压：gunzip c mpich.tar.gz |tar xovf-（或zcat mpich.tar.Z|tar xovf-）
3.进入mpich目录
4.执行：./configure为MPICH选择一套适合你的实际软硬件环境的参数组，如果你对这些默认选择的参数不满意，可以自己进行配置（具体参见MPICH的配置文档）。最好选择一个指定的目录来安装和配置MPICH，例如：
./configure -prefix=/usr/local/mpich-1.2.0
5.执行：make >& make.log 这会花一段较长的时间，不同的硬件环境花的时间也就不同，可能从10分钟到1个小时，甚至更多。
6.（可选）在工作站网络，或是一台单独的工作站，编辑mpich/util/machines/machines.xxx（xxx是MPICH对你机器体系结构取的名称，你能很容易的认出来）以反映你工作站的当地主机名。你完全可以跳过这一步。在集群中，这一步不需要。
7.（可选）编译、运行一个简单的测试程序：
cd examples/basic
make cpi
ln s ../../bin/mpirun mpirun
./mpirun np 4 cpi
此时，你就在你的系统上运行了一个MPI程序。
8.（可选）构建MPICH其余的环境，为ch_p4策略使用安全的服务会使得任何启动速度加快，你可以执行以下命令构建：
make serv_p4
(serv_p4是一个较新的P4安全服务的版本，它包含在MPICH 1.2.0版中)，nupshot程序是upshot程序的一个更快版本，但他需要tk 3.6版的源代码。如果你有这个包，你就用以下命令可以构建它：
make nupshot
9.（可选）如果你想将MPICH安装到一个公用的地方让其它人使用它，你可以执行：
make install 或 bin/mpiinstall你可以使用-prefix选项指定MPICH安装目录。安装后将生成include、lib、bin、sbin、www和man目录以及一个小小的示例目录，（可选）到此你可以通告所有的用户如何编译、执行一个MPI程序。
2.4 费用统计
这个小的集群方案总的费用大致如下：
设备费用：
4台 Pentium II CPU /64MB内存, 2GB的硬盘带EIDE CD-ROM 的机器： 24000元
5块快速以太网卡： 800元
1个快速以太网的集线机：2000元
5根双绞线：50元
软件费用：
LINUX安装光盘：50元
MPICH：0元
合计：26900元。
这样一个集群系统可以用于一些大量的科学计算，信息处理，而且其性价比实在是太好了，仅需不到三万元。
你可以通过这个链接引用该篇文章:http://castep.bokee.com/viewdiary.12884306.html
RedHat MPI SSH科学集群安装指南
RedHat+MPI+SSH科学集群安装指南
赵亮 王忠(感谢中国Linux论坛王忠文章)
1.系统配置
CPU --- AMD athlon 1G；AMD athlon 1.1G
RAM --- SDRAM 768M；DDR 256M
OS --- RedHat linux 7.3，2.4.18
MPI --- mpich 1.2.4，http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich源码下载
网络 --- 100M realtek8139，百兆交换机
2.linux安装
安装过程就不多说了。唯一需要注意的是安装时，要把SSH选为可信赖的服务。安装以后，
应该保证各节点之间能够用ssh相互登录。每个节点的sshd都应该能正常提供服务。Redhat
7.x对各服务的控制其实是通过在ipchains里面对各个端口进行访问控制来实现的，而不是
使用tcp-wrapper的hosts.allow和hosts.deny文件来进行控制。如果安装系统后，别的机器
无法用ssh登录，则可以用ipchains -L命令查看ipchains rules，进行正确的配置，使得ssh
服务正常工作。若你对系统安全不是太在乎，则可以使用ipchains -F命令将所有的规则清空。
主机名：shallow sea
● 修改/etc/hosts文件，将所有节点名称及其ip地址填入。例如：
211.64.128.129 shallow
211.64.128.217 sea
每个节点都进行类似的配置。这样做的目的是使节点之间能够通过shallow和sea的名称相
互访问。你可以通过ping noden 或 ssh noden进行测试。
● 修改(或创建)/etc/hosts.equiv文件
将所有你允许访问本机进行mpi计算的机器名填入，一行一个机器名。这一步是为了使节点
对其它的节点放权。
例如，我的机器shallow的/etc/hosts.equiv文件是这样的：
shallow #给自己放权，这样在只有一台机器时也可以模拟并行计算环境
sea
在sea的/etc/hosts.equiv文件：
shallow #对shallow放权
sea
● 使用nfs共享文件
首先决定一个用于启动集群计算的用户名，不提倡使用root进行集群计算。这里在每个节
点上建立新用户mpi，他们的主目录都是/home/mpi，假设用sea做为计算的服务节点，在sea
上建立~/mirror，修改文件/etc/exports，在其中增加一行：
/home/mpi/mirror shallow(rw) sea(rw)
使得机器shallow和sea的用户可以使用/home/mpi/mirror。
在其他节点shallow也建立/home/mpi/mirror，在/etc/fstab文件中增加一行：
sea:/home/mpi/mirror /home/mpi/mirror nfs rw,bg,soft 0 0
这样节点shallow即可使用mirror与sea共享文件。
● 修改~/.bash_profile文件
建议把将来计算程序放在相同的路径上，当然也可以不放在同一个目录下面，但是用起来比
较麻烦，需要一一指定每个节点程序的路径。譬如你的程序为：fpi.f和a.out，把a.out放在
~/mpi/mirror/下即可。
修改~/.bash_profile文件，主要是加入下列几行脚本：
export PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin
export MPI_USEP4SSPORT=yes
export MPI_P4SSPORT=22
export P4_RSHCOMMAND=ssh
这里我们预定了将来mpich的运行环境安装在目录/usr/local/mpich下面。其余的三个变量是
用来通知mpi运行环境采用ssh来作为远程shell。
linux的运行环境到此就配置完毕了。
3.配置ssh
以设定的用于启动mpi计算的用户登录，运行ssh-keygen -t dsa(SSH2)或是ssh-keygen(SSH1)
-t rsa1，这将生成一个私有/公开密钥对，分别存放在~/.ssh/id_dsa和~/.ssh/id_dsa.pub或是
~/.ssh/identity和~/.ssh/identity.pub文件中。然后进行访问授权，运行：
cp ~/.ssh/identity.pub ~/.ssh/authorized_keys 或是cp ~/.ssh/id-dsa.pub ~/.ssh/authorized_keys2
chmod go-rwx ~/.ssh/authorized_keys或是chmod go-rwx ~/.ssh/authorized_keys2
ssh-agent $SHELL
ssh-add
在每个节点干一遍。
将所有节点的密钥authorized_keys或是authorized_keys2收集起来，放到一个密钥文件中，
然后分发到各个节点。这样做的目的是使各节点相互之间访问无需输入密码。在每个节点登
录其它节点，ssh shallow，则在~/.ssh/下生成一个known_hosts文件，里面记录登录用户密钥。
4.下载、编译、安装mpich 1.2.3
下载最新的mpich 1.2.4：ftp://ftp.mcs.anl.gov/pub/mpi/mpich.tar.gz。拷贝到一个临时目录下，
我放在/home/mpi/mirror下了。
首先，用tar xvfz mpich.tar.gz解压。生成mpich-1.2.4目录。
切换到mpich-1.2.4目录。
运行预处理：./configure -c++=pgCC -cc=pgcc -fc=pgf77 -f90=pgf90 \
-cflags="-Msignextend -tp athlon -DUSE_U_INT_FOR_XDR -DHAVE_RPC_RPC_H=1" \
-fflags="-tp athlon" -c++flags="-tp athlon" -f90flags="-tp athlon"\
-prefix=/usr/local/mpich -opt=-fast -rsh=ssh
我采用了Portland Group的编译器，因此需要在预处理时指定使用的编译器和常用的选项，
-tp athlon为AMD athlon产生代码。mpich的安装位置为/usr/local/mpich，运行环境的远程shell
为ssh。
-DUSE_U_INT_FOR_XDR -DHAVE_RPC_RPC_H=1在有的系统上不需要
有时候需要设置环境变量：
setenv LIBS "-L/usr/local/pgi/linux86/lib -lpgftnrtl -lpgc"
编译：make
安装：make install
修改文件/usr/local/mpich/share/util/machines/machines.LINUX。指定可供集群计算的节点，我
的是这个样子的：
shallow
sea
若是多CPU计算机，需要在节点名称后用:num加以说明。
每个节点都这样干一遍。
5. 测试并行计算
以设定的用户登录(我的是mpi)sea，将mpich-1.2.4/examples/basic/fpi.f文件拷贝到
~/mpi/mirror下，编译：
mpif77 fpi.f，生成a.out文件，运行：
mpirun -np 2 a.out
这里采用2个节点进行计算。进行ssh连接后，程序等待输入，这时可以在节点机上用命令：
ps -A | grep aout
查看进程，应该能看到数个fpi进程，其中第一个是本机所执行的进程，其它的是异地进程
镜像。在sea上输入一个整值，再次在各节点上执行
ps -A | grep a.out
可以发现计算时间在不断增长，表明计算的确是在多台主机上同时进行的。
至此，整个安装配置过程结束，如果有问题，多看看mpich手册都可以解决。
你可以通过这个链接引用该篇文章:http://castep.bokee.com/viewdiary.13145185.html
赵亮 王忠(感谢中国Linux论坛王忠文章)
1.系统配置
CPU --- AMD athlon 1G；AMD athlon 1.1G
RAM --- SDRAM 768M；DDR 256M
OS --- RedHat linux 7.3，2.4.18
MPI --- mpich 1.2.4，http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich源码下载
网络 --- 100M realtek8139，百兆交换机
2.linux安装
安装过程就不多说了。唯一需要注意的是安装时，要把SSH选为可信赖的服务。安装以后，
应该保证各节点之间能够用ssh相互登录。每个节点的sshd都应该能正常提供服务。Redhat
7.x对各服务的控制其实是通过在ipchains里面对各个端口进行访问控制来实现的，而不是
使用tcp-wrapper的hosts.allow和hosts.deny文件来进行控制。如果安装系统后，别的机器
无法用ssh登录，则可以用ipchains -L命令查看ipchains rules，进行正确的配置，使得ssh
服务正常工作。若你对系统安全不是太在乎，则可以使用ipchains -F命令将所有的规则清空。
主机名：shallow sea
● 修改/etc/hosts文件，将所有节点名称及其ip地址填入。例如：
211.64.128.129 shallow
211.64.128.217 sea
每个节点都进行类似的配置。这样做的目的是使节点之间能够通过shallow和sea的名称相
互访问。你可以通过ping noden 或 ssh noden进行测试。
● 修改(或创建)/etc/hosts.equiv文件
将所有你允许访问本机进行mpi计算的机器名填入，一行一个机器名。这一步是为了使节点
对其它的节点放权。
例如，我的机器shallow的/etc/hosts.equiv文件是这样的：
shallow #给自己放权，这样在只有一台机器时也可以模拟并行计算环境
sea
在sea的/etc/hosts.equiv文件：
shallow #对shallow放权
sea
● 使用nfs共享文件
首先决定一个用于启动集群计算的用户名，不提倡使用root进行集群计算。这里在每个节
点上建立新用户mpi，他们的主目录都是/home/mpi，假设用sea做为计算的服务节点，在sea
上建立~/mirror，修改文件/etc/exports，在其中增加一行：
/home/mpi/mirror shallow(rw) sea(rw)
使得机器shallow和sea的用户可以使用/home/mpi/mirror。
在其他节点shallow也建立/home/mpi/mirror，在/etc/fstab文件中增加一行：
sea:/home/mpi/mirror /home/mpi/mirror nfs rw,bg,soft 0 0
这样节点shallow即可使用mirror与sea共享文件。
● 修改~/.bash_profile文件
建议把将来计算程序放在相同的路径上，当然也可以不放在同一个目录下面，但是用起来比
较麻烦，需要一一指定每个节点程序的路径。譬如你的程序为：fpi.f和a.out，把a.out放在
~/mpi/mirror/下即可。
修改~/.bash_profile文件，主要是加入下列几行脚本：
export PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin
export MPI_USEP4SSPORT=yes
export MPI_P4SSPORT=22
export P4_RSHCOMMAND=ssh
这里我们预定了将来mpich的运行环境安装在目录/usr/local/mpich下面。其余的三个变量是
用来通知mpi运行环境采用ssh来作为远程shell。
linux的运行环境到此就配置完毕了。
3.配置ssh
以设定的用于启动mpi计算的用户登录，运行ssh-keygen -t dsa(SSH2)或是ssh-keygen(SSH1)
-t rsa1，这将生成一个私有/公开密钥对，分别存放在~/.ssh/id_dsa和~/.ssh/id_dsa.pub或是
~/.ssh/identity和~/.ssh/identity.pub文件中。然后进行访问授权，运行：
cp ~/.ssh/identity.pub ~/.ssh/authorized_keys 或是cp ~/.ssh/id-dsa.pub ~/.ssh/authorized_keys2
chmod go-rwx ~/.ssh/authorized_keys或是chmod go-rwx ~/.ssh/authorized_keys2
ssh-agent $SHELL
ssh-add
在每个节点干一遍。
将所有节点的密钥authorized_keys或是authorized_keys2收集起来，放到一个密钥文件中，
然后分发到各个节点。这样做的目的是使各节点相互之间访问无需输入密码。在每个节点登
录其它节点，ssh shallow，则在~/.ssh/下生成一个known_hosts文件，里面记录登录用户密钥。
4.下载、编译、安装mpich 1.2.3
下载最新的mpich 1.2.4：ftp://ftp.mcs.anl.gov/pub/mpi/mpich.tar.gz。拷贝到一个临时目录下，
我放在/home/mpi/mirror下了。
首先，用tar xvfz mpich.tar.gz解压。生成mpich-1.2.4目录。
切换到mpich-1.2.4目录。
运行预处理：./configure -c++=pgCC -cc=pgcc -fc=pgf77 -f90=pgf90 \
-cflags="-Msignextend -tp athlon -DUSE_U_INT_FOR_XDR -DHAVE_RPC_RPC_H=1" \
-fflags="-tp athlon" -c++flags="-tp athlon" -f90flags="-tp athlon"\
-prefix=/usr/local/mpich -opt=-fast -rsh=ssh
我采用了Portland Group的编译器，因此需要在预处理时指定使用的编译器和常用的选项，
-tp athlon为AMD athlon产生代码。mpich的安装位置为/usr/local/mpich，运行环境的远程shell
为ssh。
-DUSE_U_INT_FOR_XDR -DHAVE_RPC_RPC_H=1在有的系统上不需要
有时候需要设置环境变量：
setenv LIBS "-L/usr/local/pgi/linux86/lib -lpgftnrtl -lpgc"
编译：make
安装：make install
修改文件/usr/local/mpich/share/util/machines/machines.LINUX。指定可供集群计算的节点，我
的是这个样子的：
shallow
sea
若是多CPU计算机，需要在节点名称后用:num加以说明。
每个节点都这样干一遍。
5. 测试并行计算
以设定的用户登录(我的是mpi)sea，将mpich-1.2.4/examples/basic/fpi.f文件拷贝到
~/mpi/mirror下，编译：
mpif77 fpi.f，生成a.out文件，运行：
mpirun -np 2 a.out
这里采用2个节点进行计算。进行ssh连接后，程序等待输入，这时可以在节点机上用命令：
ps -A | grep aout
查看进程，应该能看到数个fpi进程，其中第一个是本机所执行的进程，其它的是异地进程
镜像。在sea上输入一个整值，再次在各节点上执行
ps -A | grep a.out
可以发现计算时间在不断增长，表明计算的确是在多台主机上同时进行的。
至此，整个安装配置过程结束，如果有问题，多看看mpich手册都可以解决。
你可以通过这个链接引用该篇文章:http://castep.bokee.com/viewdiary.13145185.html
RedHat AS 3.0下高可用性集群配置
RedHat AS 3.0下高可用性集群配置
>
引用:
最后修改于2004-8-4,将console下的配置命令已经补充上来....请大家参考
此篇文章参考了chinaunix论坛rdd兄弟文章http://www.chinaunix.net/jh/4/325828.html（Vmware下RedHat AS2.1集群配置StepbyStep）的部分内容，另外参考了redhat官方网站上说明文档《Red Hat Cluster Suite Configuring and Managing a luster》，较之AS2.1的HA配置，AS3.0上的配置更加人性化，不过较之AS2.1的配置也有了不少不一样的地方，这也是我没能按rdd兄弟的文章配置成功的原因，网络上又几乎没有关于redhat AS3.0ＨＡ配置中文资料，连Ｅ文的很少，我找来找去只找到了redhat官方网站上的配置说明
―――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
实施系统软硬件环境
硬件：p4 2.4G，80G，512M DDR
宿主机系统：win2000pro sp4
虚拟机软件：Vmware GSX Server 3.1
安装Vmware GSX Server 3.1和Redhat AS3.0的基本系统
１．安装Vmware GSX Server3.1
相信大家都安装过workstation，过程都差不多，这里就不多废话了，有一点要提醒大家注意的是，VMware GSX Server2.5无法打开Vmware workstation4.52虚拟出来的系统，GSX Server2.5比4.52出来的要早，所以。。。。。。。
２．安装Redhat AS3.0
切记安装上xwindows桌面系统，设置此系统hostname为linux1,ip为10.0.0.155
３．COPY并配置另一套AS3.0系统将安装的第一套系统的文件复制到另一个文件夹，用编辑器打开rhel3.vmx文件修改displayName?=?"Linux1＂到＂Linux2＂
然后修改此系统的虚拟硬件配置，将网卡删除如下图所示，进行此步的原因是因为从第一套系统COPY过来的文件如果同时运行，两个系统的ＭＡＣ地址会发生冲突由于将网卡删除，所以必须删除后启动第二套系统，启动过程中kudzu进程会提示系统有多余的配置文件（就是已经被删除网卡的配置文件），选择将多余的配置文件删除，然后再关闭linux2系统，重新给linux2添一块网卡。再启动linux2
启动linux2，启动过程中，由于重新添加了网卡，所以系统检测到了它，再重新配置网卡，设置linux2 IP地址为10.0.0.156,其它同linux1。（注：这样有人可能会觉得麻烦，不过网卡ＭＡＣ地址冲突，这也是没办法的事，谁让咱们偷懒不想再重装一套系统呢）
这时候检查以下各文件，修改主机名，网络配置文件
#vi?/etc/sysconfig/network
将HOSTNAME=linux1改为HOSTNAME=linux2
#vi?/etc/hosts
将10.0.0.155 linux1修改为10.0.0.156 linux2
(注：有些朋友可能会问，怎么不直接把hosts文件里把linux1,心跳地址都写进去，其实我现在这么做是为了让文档更清晰些，到下一步的时候再添加这些，虽然稍微麻烦点，但是可以避免一些朋友看不明白)
这样两套完整的AS3.0的系统就配置成功，进入第二阶段
二、使用Vmware虚拟出ＨＡ必需硬件设备，并进行配置
１．给两个系统各虚拟一个新的网卡
关掉两个系统，给两系统各一个增加以网桥方式工作的网卡，方法与第一图类似
２．创建共享磁盘
给HA系统创建共享磁盘sdb，大小为500M（自定义）,如下图所示
先打开linux1系统的设置，创建磁盘，磁盘文件名为，share.vmdk 选中Allocate all disk space now这一选项
建议将新加磁盘的装入点设为scsi 1:0，如下图所示，这就是系统的裸设备
然后打开linux2的设置，同样给linux2添加共享磁盘，不过这次选择已经存在的磁盘，使用的共享磁盘就是刚才为linux1创建的那个磁盘，如下图所示
同样在Configuration?editor?里面修改共享磁盘的”Vitual?disk?node”为scsi?1:0
这样，就给两个系统各创建了一个新网卡，又创建了一个共享磁盘。由于系统启动的时候会锁定磁盘，所以当启动linux1后共享磁盘被锁定了，linux2就起不来了,因此必须做一下设置，用编辑器打开两个Vmware文件夹的rhel3.vmx文件，最后增加一行：
Disk.locking?=?false
这样硬件就配置好了
３．配置新添加的网卡
启动linux1系统，系统在启动时候会检测到新添加的网卡，选择配置，将第二块网卡的IP设置为192.168.123.1,其它默认
修改linux1系统的/etc/hosts文件，改后内容如下
10.0.0.155 linux1
192.168.123.1 linux1
10.0.0.156 linux2
192.168.123.2 linux2
同时启动linux2系统，设置方法同linux1
４．配置共享磁盘
在linux1在shell里运行
#fdisk /dev/sdb //注使用parted也可以
将添加的共享磁盘，分为两个区：sdb1和sdb2,各250M大小
在两台服务器上分别编辑/etc/sysconfig/rawdevices文件，将分区绑定到裸设备。
#vi?/etc/sysconfig/rawdevices
加入
/dev/raw/raw1 /dev/sdb1
/dev/raw/raw2 /dev/sdb2?
重启服务
#service?rawdevices?restart
启动完成后执行
＃raw –qa,会显示以下内容
/dev/raw/raw1: bound to major 8, minor 17
/dev/raw/raw2: bound to major 8, minor 18
格式化共享磁盘,每个块大小为４Ｋ
mkfs.ext3 -j -b 4096 /dev/sdb1
mkfs.ext3 -j -b 4096 /dev/sdb2
注明：使用-b选项将磁盘区块设置为４Ｋ，过小的区块会导致磁盘检查的时候耗费过多的时间
然后在linux2里修改/etc/sysconfig/rawdevices同上，然后重新启动rawdevices服务，raw –qa检查系统
至此，硬件准备工作完成
三、安装并配置基本的HA系统
在这里我们只将AS3.0自带的CLUSTER服务配置好，涉及到具体的http,ftp,mysql,oracle的ＨＡ服务会在下一部分介绍
安装确认系统内安装了AS3.0的HA软件包
我们在这里要用到的软件包主要有两个，clumanager和redhat-config-cluster
请用rpm –q 命令检查系统是否安装这两个软件包,如果没有安装可以通过以下方法安装
使用ISO或光盘，AS3.0共有八张光盘，我们平时常用的只有前四张，另外有四张扩展光盘，其中扩展光盘的第三张是集群软件，还包括了IPVS
等软件，从光盘上安装，如下图或者通过网络上下载到这两个软件包进行单独安装
rpm --Uvh clumanager-..rpm
rpm --Uvh redhat-config-cluster-.noarch.rpm
注：网络上比较多的是src软件包，下载下来以后得使用rpmbuild命令进行重新编译，然后在安装
开始基本的ＨＡ配置
在linux1系统上，启动xwindows,我这里是gnome,开始运行配置工具
选择左下角图标 => 系统设置 =>服务器设置 => Cluster（或者在命令行里运行＃redhat-config-cluster）
出现以下画面(图里左上角乱码是因为我用的是远程ＸWINDOWS,设置有问题)
下一步操作，点菜单栏里的群集－＞配置
出现下图所示
在Cluster Name处可以更改你设置集群的名字，在这里我设置为test_cluster
然后我们开始添加集群内的成员，点菜单栏－＞新建 如下图所示
（注：此时保证列表处选中Members，才可以出现下面内容）
将两台机器Ip都填写进去，如下图
在这里选中菜单栏里的cluster->shared state,可以查看裸设备设置，如下图
点击确定继续
然后打开菜单栏clusterdaemon properties出现以下窗口
这个窗口就是集群的配置窗口,详细的说明请查看redhat的官方文档
有一个说明的就是中间的那个滑动条,就是配置服务器探测等待15秒,我们不能设的太小,这里我们就默认使用15秒
在clumembd这个窗口里选中Enable Broadcast Heartbeating然后点确定,这时候会弹出一个窗口提示,因为我们配置的就是双节点的HA,所以不
用管它,直接点确定然后在cluster configuration选择保存后退出此窗口
在菜单栏 群集启动本地群集守护进程,稍等一会儿,就会出现以下状态
这里就显示在linux1上的cluster配置成功
然后我们就要配置linux2了,配置linux2其实很简单,将linux1系统下/etc/cluster.xml文件COPY到linux2的/etc/目录下就可以了
(注：cluster.xml是在安装完两个软件包的时候不会产生，它是在第一次运行redhat-config-cluster命令的时候产生的，和AS2.1里的cluster.conf储存内容相同，只不过换了格式而已。这就是集群主要的配置文件，一定要确保集群上每个节点的此文件都是相同的，另外在redhat的官方文档上强烈警告用户：不要去手动的修改这个xml文件，)
将此文件copy上linux2以后，在linux2命令行里执行
＃service clumanager start
系统显示执行成功，再稍等一会儿，你就会发现在linux1上出现了变化，如下图
启动关闭集群服务的命令是service clumanager start | stop
(注：如果你在配置完成以后不想用图形界面监控节点运行，在shell里运行
＃clustat –i 10 / / 状态监控，每10秒中刷新一次
出现如下结果
Cluster Status - test_cluster 13:57:22
Cluster Quorum Incarnation #1
Shared State: Shared Raw Device Driver v1.2
Member Status
------------------ ----------
10.0.0.155 Active <-- You are here
10.0.0.156 Active
Service Status Owner (Last) Last Transition Chk Restarts
-------------- -------- ---------------- --------------- --- --------
这样，一个没有包含任何服务的“裸”的集群系统就配置成功了，因为它没有包含任何应用，也没有什么意义，下一步我们就在上面配置一个大家最常用的http服务来测试一下
四、举例说明：配置HTTP Server的HA服务
１．给http服务增加共享磁盘
磁盘上将存储两个系统上apache共用的程序文件，也就是说，把apache的DocumnetRoot放到这个共享磁盘上，创建方法同创建裸设备时一样，请注意，这个共享磁盘的作用不同于上面的裸设备
２．创建共享磁盘加载点，配置两台机器上的http服务
启动两台机器，我这里新添加硬盘为sdc,我以ext3格式将其格式化，在每个机器的根目录下创建文件夹www,为apache的web目录，同时将创建的sdc1分区加载到/www目录下
#mkdir /www
#mount /dev/sdc1 /www //这一步只在linux1上进行就行
然后安装apache,这就不用多说了吧，指出一点是，两台机器上的apache安装必须完全一样，包括配置文件，安装完成后，修改httpd.conf，将其根目录指向/www，我这里是用的是AS3.0自带的apache2.0的RPM包，
在linux1上，进入/www目录，在此目录下保存一个index.html作测试使用
这样，两台机器上的http服务就完全配置完成
３．配置基于此集群的http服务
在linux1的xwindows，启动集群配置工具（参看上），增加名为httpd的服务如图点菜单栏＂新建＂服务名为”httpd”，检测时间间隔设置为4秒，httpd服务的启动脚本就是apache的启动脚本，我这里使用的是rpm包默认安装的脚本/etc/rc.d/init.d/httpd
点＂确定＂，就增加了一个服务如下图所示
如上图所示，选中httpd这个service,单击菜单栏的”Add Child”，出现如下图
先给httpd服务增加共享设备Add Device，设备点为我们创建的sdc1,加载点为/www，格式为ext3，模式为”rw”读写模式,点确定，在给此服务添加一个IP地址，这个IP就是客户浏览器访问的IP，我们设置为10.0.0.157,掩码同网络设置，这里设置为255.0.0.0,广播地址设置为10.0.0.255
这样就完全添加成功了，如下图
保存设置，回到集群监控状态
以上所有操作均是在linux1上进行，现在为保证linux1和linux2集群配置相同，将linux1的/etc/cluster.xml复制到linux2的/etc/cluster.xm
l,同时启动两台机器上的集群服务，再次查看监控状态图，就发现有新的服务添加了，点击上面的＂启用＂及＂运行＂此服务，HTTP服务就开始运行了
这样，整个集群下的http服务就配置完成，并开始运行了
五、对配置好的服务进行简单的测试
１．基本功能的测试
在win的机器上IE里输入10.0.0.157,你就可以看到你准备在/www目录下的测试页
２．故障测试 任意的关闭掉其中一台机器，你就会发现10.0.0.157依然可以访问，你用ssh工具去连接这个IP地址，就会发现你连接的就是现在正在运行的机器了。
３．手动的去关闭apache服务，集群软件依然会将apache服务启动起来，也就是说：此时的服务由集群软件控制，而不是人为去控制了，除非你将clumanger服务停掉。
六、后记
使用AS3.0的集群软件，配置还是相当灵活的，在其官方文档上，就举例说明了如何里用这个软件来配置Oracle、MySQL、Samba、NFS、HTTP等多种服务，我也正在准备去配置一下Oracle的ＨＡ服务。由于本人水平有限，本文里肯定有不少错误，其实有的地方我也是一知半解，有错误的地方请大家指出，最近无事，我一直在研究集群、负载均衡这方面的东西，下一步就是作研究一下lvs了，对此感兴趣的朋友可以一起来研究研究，Email:xushli@163.net。
在ＣＵ里混了两年多了，第一次认真的写篇东西，真是惭啊。。。。。。。。
转载时请保留作者的个人信息，谢谢[/quote]
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此篇文章于前日写的那篇文章相对应,其实在console下redhat也提供了一组强大
的配置命令,其中最主要的就是redhat-config-cluster-cmd这个命令,此外还有
clusvcadm,clushutdown等多个命令,下面我们就对照上一篇文章用控制台下的命令将
配置重新做一边.
1、列出当前集群名字
redhat-config-cluster-cmd --cluster
2、设置当前集群名字为“test_cluster”
redhat-config-cluster-cmd --cluster --name='test_cluster'
3、显示当前裸设备状态
redhat-config-cluster-cmd –sharedstate
4、添加一个集群节点，名字为“10.0.0.155”
redhat-config-cluster-cmd --add_member --name=10.0.0.155
5、修改一个节点名字由member2到member3
redhat-config-cluster-cmd --member=member2 --name=member3
6、删除一个名为member3的节点
redhat-config-cluster-cmd --member=member3 --del_member
7、列出当前集群内的服务
redhat-config-cluster-cmd –services
8、添加一个名为httpd的服务
redhat-config-cluster-cmd --add_service --name=httpd
9、列出名为httpd的这个服务下的子节点
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd
10、设置httpd服务的相关信息，检测时间，启动脚本等等
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--checkinterval=15 \
--userscript=/etc/rc.d/init.d/httpd
11、删除名为httpd的集群服务
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--del_service
12、列出httpd服务的ip地址
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--service_ipaddresses
13、设置httpd的对外服务IP地址为10.0.0.157
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--add_service_ipaddress \
--ipaddress=10.0.0.157
14、设置对方服务ip的掩码地址及广播地址
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--service_ipaddress=10.0.0.157 \
--netmask=255.0.0.0 \
--broadcast=10.0.0.255
15、删除httpd服务的10.0.0.157的这个IP地址
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--service_ipaddress=10.0.0.157 \
--del_service_ipaddress
16、列出httpd服务的设备
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--devices
17、给httpd服务添加共享磁盘sdc1
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--add_device \
--name=/dev/sdc1
18、设置共享磁盘的参数
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--device=/dev/sdc1 \
--mount \
--mountpoint=/www \
--fstype=ext3 \
--options=rw \
19、启用10.0.0.155节点上的httpd服务
clusvcadm -e httpd -m 10.0.0.155
20、禁用10.0.0.155节点上的httpd服务
clusvcadm -d httpd -m 10.0.0.155
21、停止10.0.0.155节点上的httpd服务
clusvcadm -s httpd -m 10.0.0.155
更多命令请在控制台执行以下命令
＃man redhat-config-cluster-cmd
http://castep.bokee.com/viewdiary.13145140.html
>
引用:
最后修改于2004-8-4,将console下的配置命令已经补充上来....请大家参考
此篇文章参考了chinaunix论坛rdd兄弟文章http://www.chinaunix.net/jh/4/325828.html（Vmware下RedHat AS2.1集群配置StepbyStep）的部分内容，另外参考了redhat官方网站上说明文档《Red Hat Cluster Suite Configuring and Managing a luster》，较之AS2.1的HA配置，AS3.0上的配置更加人性化，不过较之AS2.1的配置也有了不少不一样的地方，这也是我没能按rdd兄弟的文章配置成功的原因，网络上又几乎没有关于redhat AS3.0ＨＡ配置中文资料，连Ｅ文的很少，我找来找去只找到了redhat官方网站上的配置说明
―――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
实施系统软硬件环境
硬件：p4 2.4G，80G，512M DDR
宿主机系统：win2000pro sp4
虚拟机软件：Vmware GSX Server 3.1
安装Vmware GSX Server 3.1和Redhat AS3.0的基本系统
１．安装Vmware GSX Server3.1
相信大家都安装过workstation，过程都差不多，这里就不多废话了，有一点要提醒大家注意的是，VMware GSX Server2.5无法打开Vmware workstation4.52虚拟出来的系统，GSX Server2.5比4.52出来的要早，所以。。。。。。。
２．安装Redhat AS3.0
切记安装上xwindows桌面系统，设置此系统hostname为linux1,ip为10.0.0.155
３．COPY并配置另一套AS3.0系统将安装的第一套系统的文件复制到另一个文件夹，用编辑器打开rhel3.vmx文件修改displayName?=?"Linux1＂到＂Linux2＂
然后修改此系统的虚拟硬件配置，将网卡删除如下图所示，进行此步的原因是因为从第一套系统COPY过来的文件如果同时运行，两个系统的ＭＡＣ地址会发生冲突由于将网卡删除，所以必须删除后启动第二套系统，启动过程中kudzu进程会提示系统有多余的配置文件（就是已经被删除网卡的配置文件），选择将多余的配置文件删除，然后再关闭linux2系统，重新给linux2添一块网卡。再启动linux2
启动linux2，启动过程中，由于重新添加了网卡，所以系统检测到了它，再重新配置网卡，设置linux2 IP地址为10.0.0.156,其它同linux1。（注：这样有人可能会觉得麻烦，不过网卡ＭＡＣ地址冲突，这也是没办法的事，谁让咱们偷懒不想再重装一套系统呢）
这时候检查以下各文件，修改主机名，网络配置文件
#vi?/etc/sysconfig/network
将HOSTNAME=linux1改为HOSTNAME=linux2
#vi?/etc/hosts
将10.0.0.155 linux1修改为10.0.0.156 linux2
(注：有些朋友可能会问，怎么不直接把hosts文件里把linux1,心跳地址都写进去，其实我现在这么做是为了让文档更清晰些，到下一步的时候再添加这些，虽然稍微麻烦点，但是可以避免一些朋友看不明白)
这样两套完整的AS3.0的系统就配置成功，进入第二阶段
二、使用Vmware虚拟出ＨＡ必需硬件设备，并进行配置
１．给两个系统各虚拟一个新的网卡
关掉两个系统，给两系统各一个增加以网桥方式工作的网卡，方法与第一图类似
２．创建共享磁盘
给HA系统创建共享磁盘sdb，大小为500M（自定义）,如下图所示
先打开linux1系统的设置，创建磁盘，磁盘文件名为，share.vmdk 选中Allocate all disk space now这一选项
建议将新加磁盘的装入点设为scsi 1:0，如下图所示，这就是系统的裸设备
然后打开linux2的设置，同样给linux2添加共享磁盘，不过这次选择已经存在的磁盘，使用的共享磁盘就是刚才为linux1创建的那个磁盘，如下图所示
同样在Configuration?editor?里面修改共享磁盘的”Vitual?disk?node”为scsi?1:0
这样，就给两个系统各创建了一个新网卡，又创建了一个共享磁盘。由于系统启动的时候会锁定磁盘，所以当启动linux1后共享磁盘被锁定了，linux2就起不来了,因此必须做一下设置，用编辑器打开两个Vmware文件夹的rhel3.vmx文件，最后增加一行：
Disk.locking?=?false
这样硬件就配置好了
３．配置新添加的网卡
启动linux1系统，系统在启动时候会检测到新添加的网卡，选择配置，将第二块网卡的IP设置为192.168.123.1,其它默认
修改linux1系统的/etc/hosts文件，改后内容如下
10.0.0.155 linux1
192.168.123.1 linux1
10.0.0.156 linux2
192.168.123.2 linux2
同时启动linux2系统，设置方法同linux1
４．配置共享磁盘
在linux1在shell里运行
#fdisk /dev/sdb //注使用parted也可以
将添加的共享磁盘，分为两个区：sdb1和sdb2,各250M大小
在两台服务器上分别编辑/etc/sysconfig/rawdevices文件，将分区绑定到裸设备。
#vi?/etc/sysconfig/rawdevices
加入
/dev/raw/raw1 /dev/sdb1
/dev/raw/raw2 /dev/sdb2?
重启服务
#service?rawdevices?restart
启动完成后执行
＃raw –qa,会显示以下内容
/dev/raw/raw1: bound to major 8, minor 17
/dev/raw/raw2: bound to major 8, minor 18
格式化共享磁盘,每个块大小为４Ｋ
mkfs.ext3 -j -b 4096 /dev/sdb1
mkfs.ext3 -j -b 4096 /dev/sdb2
注明：使用-b选项将磁盘区块设置为４Ｋ，过小的区块会导致磁盘检查的时候耗费过多的时间
然后在linux2里修改/etc/sysconfig/rawdevices同上，然后重新启动rawdevices服务，raw –qa检查系统
至此，硬件准备工作完成
三、安装并配置基本的HA系统
在这里我们只将AS3.0自带的CLUSTER服务配置好，涉及到具体的http,ftp,mysql,oracle的ＨＡ服务会在下一部分介绍
安装确认系统内安装了AS3.0的HA软件包
我们在这里要用到的软件包主要有两个，clumanager和redhat-config-cluster
请用rpm –q 命令检查系统是否安装这两个软件包,如果没有安装可以通过以下方法安装
使用ISO或光盘，AS3.0共有八张光盘，我们平时常用的只有前四张，另外有四张扩展光盘，其中扩展光盘的第三张是集群软件，还包括了IPVS
等软件，从光盘上安装，如下图或者通过网络上下载到这两个软件包进行单独安装
rpm --Uvh clumanager-
rpm --Uvh redhat-config-cluster-
注：网络上比较多的是src软件包，下载下来以后得使用rpmbuild命令进行重新编译，然后在安装
开始基本的ＨＡ配置
在linux1系统上，启动xwindows,我这里是gnome,开始运行配置工具
选择左下角图标 => 系统设置 =>服务器设置 => Cluster（或者在命令行里运行＃redhat-config-cluster）
出现以下画面(图里左上角乱码是因为我用的是远程ＸWINDOWS,设置有问题)
下一步操作，点菜单栏里的群集－＞配置
出现下图所示
在Cluster Name处可以更改你设置集群的名字，在这里我设置为test_cluster
然后我们开始添加集群内的成员，点菜单栏－＞新建 如下图所示
（注：此时保证列表处选中Members，才可以出现下面内容）
将两台机器Ip都填写进去，如下图
在这里选中菜单栏里的cluster->shared state,可以查看裸设备设置，如下图
点击确定继续
然后打开菜单栏clusterdaemon properties出现以下窗口
这个窗口就是集群的配置窗口,详细的说明请查看redhat的官方文档
有一个说明的就是中间的那个滑动条,就是配置服务器探测等待15秒,我们不能设的太小,这里我们就默认使用15秒
在clumembd这个窗口里选中Enable Broadcast Heartbeating然后点确定,这时候会弹出一个窗口提示,因为我们配置的就是双节点的HA,所以不
用管它,直接点确定然后在cluster configuration选择保存后退出此窗口
在菜单栏 群集启动本地群集守护进程,稍等一会儿,就会出现以下状态
这里就显示在linux1上的cluster配置成功
然后我们就要配置linux2了,配置linux2其实很简单,将linux1系统下/etc/cluster.xml文件COPY到linux2的/etc/目录下就可以了
(注：cluster.xml是在安装完两个软件包的时候不会产生，它是在第一次运行redhat-config-cluster命令的时候产生的，和AS2.1里的cluster.conf储存内容相同，只不过换了格式而已。这就是集群主要的配置文件，一定要确保集群上每个节点的此文件都是相同的，另外在redhat的官方文档上强烈警告用户：不要去手动的修改这个xml文件，)
将此文件copy上linux2以后，在linux2命令行里执行
＃service clumanager start
系统显示执行成功，再稍等一会儿，你就会发现在linux1上出现了变化，如下图
启动关闭集群服务的命令是service clumanager start | stop
(注：如果你在配置完成以后不想用图形界面监控节点运行，在shell里运行
＃clustat –i 10 / / 状态监控，每10秒中刷新一次
出现如下结果
Cluster Status - test_cluster 13:57:22
Cluster Quorum Incarnation #1
Shared State: Shared Raw Device Driver v1.2
Member Status
------------------ ----------
10.0.0.155 Active <-- You are here
10.0.0.156 Active
Service Status Owner (Last) Last Transition Chk Restarts
-------------- -------- ---------------- --------------- --- --------
这样，一个没有包含任何服务的“裸”的集群系统就配置成功了，因为它没有包含任何应用，也没有什么意义，下一步我们就在上面配置一个大家最常用的http服务来测试一下
四、举例说明：配置HTTP Server的HA服务
１．给http服务增加共享磁盘
磁盘上将存储两个系统上apache共用的程序文件，也就是说，把apache的DocumnetRoot放到这个共享磁盘上，创建方法同创建裸设备时一样，请注意，这个共享磁盘的作用不同于上面的裸设备
２．创建共享磁盘加载点，配置两台机器上的http服务
启动两台机器，我这里新添加硬盘为sdc,我以ext3格式将其格式化，在每个机器的根目录下创建文件夹www,为apache的web目录，同时将创建的sdc1分区加载到/www目录下
#mkdir /www
#mount /dev/sdc1 /www //这一步只在linux1上进行就行
然后安装apache,这就不用多说了吧，指出一点是，两台机器上的apache安装必须完全一样，包括配置文件，安装完成后，修改httpd.conf，将其根目录指向/www，我这里是用的是AS3.0自带的apache2.0的RPM包，
在linux1上，进入/www目录，在此目录下保存一个index.html作测试使用
这样，两台机器上的http服务就完全配置完成
３．配置基于此集群的http服务
在linux1的xwindows，启动集群配置工具（参看上），增加名为httpd的服务如图点菜单栏＂新建＂服务名为”httpd”，检测时间间隔设置为4秒，httpd服务的启动脚本就是apache的启动脚本，我这里使用的是rpm包默认安装的脚本/etc/rc.d/init.d/httpd
点＂确定＂，就增加了一个服务如下图所示
如上图所示，选中httpd这个service,单击菜单栏的”Add Child”，出现如下图
先给httpd服务增加共享设备Add Device，设备点为我们创建的sdc1,加载点为/www，格式为ext3，模式为”rw”读写模式,点确定，在给此服务添加一个IP地址，这个IP就是客户浏览器访问的IP，我们设置为10.0.0.157,掩码同网络设置，这里设置为255.0.0.0,广播地址设置为10.0.0.255
这样就完全添加成功了，如下图
保存设置，回到集群监控状态
以上所有操作均是在linux1上进行，现在为保证linux1和linux2集群配置相同，将linux1的/etc/cluster.xml复制到linux2的/etc/cluster.xm
l,同时启动两台机器上的集群服务，再次查看监控状态图，就发现有新的服务添加了，点击上面的＂启用＂及＂运行＂此服务，HTTP服务就开始运行了
这样，整个集群下的http服务就配置完成，并开始运行了
五、对配置好的服务进行简单的测试
１．基本功能的测试
在win的机器上IE里输入10.0.0.157,你就可以看到你准备在/www目录下的测试页
２．故障测试 任意的关闭掉其中一台机器，你就会发现10.0.0.157依然可以访问，你用ssh工具去连接这个IP地址，就会发现你连接的就是现在正在运行的机器了。
３．手动的去关闭apache服务，集群软件依然会将apache服务启动起来，也就是说：此时的服务由集群软件控制，而不是人为去控制了，除非你将clumanger服务停掉。
六、后记
使用AS3.0的集群软件，配置还是相当灵活的，在其官方文档上，就举例说明了如何里用这个软件来配置Oracle、MySQL、Samba、NFS、HTTP等多种服务，我也正在准备去配置一下Oracle的ＨＡ服务。由于本人水平有限，本文里肯定有不少错误，其实有的地方我也是一知半解，有错误的地方请大家指出，最近无事，我一直在研究集群、负载均衡这方面的东西，下一步就是作研究一下lvs了，对此感兴趣的朋友可以一起来研究研究，Email:xushli@163.net。
在ＣＵ里混了两年多了，第一次认真的写篇东西，真是惭啊。。。。。。。。
转载时请保留作者的个人信息，谢谢[/quote]
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此篇文章于前日写的那篇文章相对应,其实在console下redhat也提供了一组强大
的配置命令,其中最主要的就是redhat-config-cluster-cmd这个命令,此外还有
clusvcadm,clushutdown等多个命令,下面我们就对照上一篇文章用控制台下的命令将
配置重新做一边.
1、列出当前集群名字
redhat-config-cluster-cmd --cluster
2、设置当前集群名字为“test_cluster”
redhat-config-cluster-cmd --cluster --name='test_cluster'
3、显示当前裸设备状态
redhat-config-cluster-cmd –sharedstate
4、添加一个集群节点，名字为“10.0.0.155”
redhat-config-cluster-cmd --add_member --name=10.0.0.155
5、修改一个节点名字由member2到member3
redhat-config-cluster-cmd --member=member2 --name=member3
6、删除一个名为member3的节点
redhat-config-cluster-cmd --member=member3 --del_member
7、列出当前集群内的服务
redhat-config-cluster-cmd –services
8、添加一个名为httpd的服务
redhat-config-cluster-cmd --add_service --name=httpd
9、列出名为httpd的这个服务下的子节点
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd
10、设置httpd服务的相关信息，检测时间，启动脚本等等
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--checkinterval=15 \
--userscript=/etc/rc.d/init.d/httpd
11、删除名为httpd的集群服务
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--del_service
12、列出httpd服务的ip地址
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--service_ipaddresses
13、设置httpd的对外服务IP地址为10.0.0.157
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--add_service_ipaddress \
--ipaddress=10.0.0.157
14、设置对方服务ip的掩码地址及广播地址
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--service_ipaddress=10.0.0.157 \
--netmask=255.0.0.0 \
--broadcast=10.0.0.255
15、删除httpd服务的10.0.0.157的这个IP地址
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--service_ipaddress=10.0.0.157 \
--del_service_ipaddress
16、列出httpd服务的设备
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--devices
17、给httpd服务添加共享磁盘sdc1
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--add_device \
--name=/dev/sdc1
18、设置共享磁盘的参数
redhat-config-cluster-cmd --service=httpd \
--device=/dev/sdc1 \
--mount \
--mountpoint=/www \
--fstype=ext3 \
--options=rw \
19、启用10.0.0.155节点上的httpd服务
clusvcadm -e httpd -m 10.0.0.155
20、禁用10.0.0.155节点上的httpd服务
clusvcadm -d httpd -m 10.0.0.155
21、停止10.0.0.155节点上的httpd服务
clusvcadm -s httpd -m 10.0.0.155
更多命令请在控制台执行以下命令
＃man redhat-config-cluster-cmd
http://castep.bokee.com/viewdiary.13145140.html
非常全面的NFS文档
非常全面的NFS文档（FOR LINUX)
来源： 作者： 2006-08-11 出处：pcdog.com
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.net linux msn 操作系统 局域网
这是我写的第一份笔记式文档，是对自己最近在研究NFS方面的一个小小的总结，这个稳定也参考和引用了一部分别人的文档，这里表示感谢，这篇是根据LINUX来写的，有空的话我还会写一篇FOR FREEBSD和SOLARIS的。请斑竹帮忙加个精华，万分感谢
超全的NFS文档(FOR LINUX)
上海 天俊
欢迎大家和我交流网络方面的技术问题
msn:bcst@citiz.net qq:11300242
如果要转载的话请保留以上信息，谢谢配合
一、NFS简介
NFS-Network FileSystem的缩写，NFS是由Sun开发并发展起来的一项用于在不同机器，不同操作系统之间通过网络互相分享各自的文件。NFS server也可以看作是一个FILE SERVER,它可以让你的PC通过网络将远端得NFS SERVER共享出来的档案 MOUNT到自己的系统中，在CLIENT看来使用NFS的远端文件就象是在使用本地文件一样。
NFS协议从诞生到现在为止，已经有多个版本，如NFS V2（rfc1094）,NFS V3（rfc1813）（最新的版本是V4（rfc3010）。
二、各NFS协议版本的主要区别
V3相对V2的主要区别：
1、文件尺寸
V2最大只支持32BIT的文件大小(4G),而NFS V3新增加了支持64BIT文件大小的技术。
2、文件传输尺寸
V3没有限定传输尺寸，V2最多只能设定为8k，可以使用-rsize and -wsize 来进行设定。
3、完整的信息返回
V3增加和完善了许多错误和成功信息的返回，对于服务器的设置和管理能带来很大好处。
4、增加了对TCP传输协议的支持
V2只提供了对UDP协议的支持，在一些高要求的网络环境中有很大限制，V3增加了对TCP协议的支持
*5、异步写入特性
6、改进了SERVER的mount性能
7、有更好的I/O WRITES 性能。
9、更强网络运行效能，使得网络运作更为有效。
10、更强的灾难恢复功能。
异步写入特性（v3新增加）介绍：
NFS V3 能否使用异步写入，这是可选择的一种特性。NFS V3客户端发发送一个异步写入请求到服务器，在给客户端答复之前服务器并不是必须要将数据写入到存储器中（稳定的）。服务器能确定何时去写入数据或者将多个写入请求聚合到一起并加以处理，然后写入。客户端能保持一个数据的 copy以防万一服务器不能完整的将数据写入。当客户端希望释放这个copy的时候，它会向服务器通过这个操作过程，以确保每个操作步骤的完整。异步写入能够使服务器去确定最好的同步数据的策略。使数据能尽可能的同步的提交何到达。与V2比较来看，这样的机制能更好的实现数据缓冲和更多的平行（平衡）。而 NFS V2的SERVER在将数据写入存储器之前不能再相应任何的写入请求。
V4相对V3的改进：
1：改进了INTERNET上的存取和执行效能
2：在协议中增强了安全方面的特性
3：增强的跨平台特性
三、CLIENT和SERVER的具体操作和设置
在讲NFS SERVER的运作之前先来看一些与NFS SERVER有关的东西：
RPC（Remote Procedure Call）
NFS本身是没有提供信息传输的协议和功能的，但NFS却能让我们通过网络进行资料的分享，这是因为NFS使用了一些其它的传输协议。而这些传输协议勇士用到这个RPC功能的。可以说NFS本身就是使用RPC的一个程序。或者说NFS也是一个RPC SERVER.所以只要用到NFS的地方都要启动RPC服务，不论是NFS SERVER或者NFS CLIENT。这样SERVER和CLIENT才能通过RPC来实现PROGRAM PORT 的对应。可以这么理解RPC和NFS的关系：NFS是一个文件系统，而RPC是负责负责信息的传输。
NFS需要启动的DAEMONS
pc.nfsd:主要复杂登陆权限检测等。
rpc.mountd：负责NFS的档案系统，当CLIENT端通过rpc.nfsd登陆SERVER后，对clinet存取server的文件进行一系列的管理
NFS SERVER在REDHAT LINUX平台下一共需要两个套件：nfs-utils和PORTMAP
nfs-utils：提供rpc.nfsd 及 rpc.mountd这两个NFS DAEMONS的套件
portmap:NFS其实可以被看作是一个RPC SERVER PROGRAM,而要启动一个RPC SERVER PROGRAM，都要做好PORT的对应工作，而且这样的任务就是由PORTMAP来完成的。通俗的说PortMap就是用来做PORT的mapping的。
一：服务器端的设定（以LINUX为例）
服务器端的设定都是在/etc/exports这个文件中进行设定的，设定格式如下：
欲分享出去的目录 主机名称1或者IP1(参数1，参数2） 主机名称2或者IP2（参数3，参数4）
上面这个格式表示，同一个目录分享给两个不同的主机，但提供给这两台主机的权限和参数是不同的，所以分别设定两个主机得到的权限。
可以设定的参数主要有以下这些：
rw：可读写的权限；
ro：只读的权限；
no_root_squash：登入到NFS主机的用户如果是ROOT用户，他就拥有ROOT的权限，此参数很不安全，建议不要使用。
root_squash：在登入 NFS 主機使用分享之目錄的使用者如果是 root 時，那麼這個使用者的權限將被壓縮成為匿名使用者，通常他的 UID 與 GID 都會變成 nobody 那個身份；
all_squash：不管登陆NFS主机的用户是什么都会被重新设定为nobody。
anonuid：将登入NFS主机的用户都设定成指定的user id,此ID必须存在于/etc/passwd中。
anongid：同 anonuid ，但是變成 group ID 就是了！
sync：资料同步写入存储器中。
async：资料会先暂时存放在内存中，不会直接写入硬盘。
insecure 允许从这台机器过来的非授权访问。
例如可以编辑/etc/exports为：
/tmp *(rw,no_root_squash)
/home/public 192.168.0.*(rw) *(ro)
/home/test 192.168.0.100(rw)
/home/linux *.the9.com(rw,all_squash,anonuid=40,anongid=40)
设定好后可以使用以下命令启动NFS:
/etc/rc.d/init.d/portmap start (在REDHAT中PORTMAP是默认启动的）
/etc/rc.d/init.d/nfs start
exportfs命令：
如果我们在启动了NFS之后又修改了/etc/exports，是不是还要重新启动nfs呢？这个时候我们就可以用exportfs命令来使改动立刻生效，该命令格式如下：
exportfs [-aruv]
-a ：全部mount或者unmount /etc/exports中的内容
-r ：重新mount /etc/exports中分享出来的目录
-u ：umount 目录
-v ：在 export 的時候，将详细的信息输出到屏幕上。
具体例子：
[root @test root]# exportfs -rv <==全部重新 export 一次！
exporting 192.168.0.100:/home/test
exporting 192.168.0.*:/home/public
exporting *.the9.com:/home/linux
exporting *:/home/public
exporting *:/tmp
reexporting 192.168.0.100:/home/test to kernel
exportfs -au <==全部都卸载了。
客户段的操作：
1、showmout命令对于NFS的操作和查错有很大的帮助，所以我们先来看一下showmount的用法
showmout
-a ：这个参数是一般在NFS SERVER上使用，是用来显示已经mount上本机nfs目录的cline机器。
-e ：显示指定的NFS SERVER上export出来的目录。
例如：
showmount -e 192.168.0.30
Export list for localhost:
/tmp *
/home/linux *.linux.org
/home/public (everyone)
/home/test 192.168.0.100
2、mount nfs目录的方法：
mount -t nfs hostname(orIP):/directory /mount/point
具体例子：
Linux: mount -t nfs 192.168.0.1:/tmp /mnt/nfs
Solaris:mount -F nfs 192.168.0.1:/tmp /mnt/nfs
BSD: mount 192.168.0.1:/tmp /mnt/nfs
3、mount nfs的其它可选参数：
HARD mount和SOFT MOUNT：
HARD: NFS CLIENT会不断的尝试与SERVER的连接（在后台，不会给出任何提示信息,在LINUX下有的版本仍然会给出一些提示），直到MOUNT上。
SOFT:会在前台尝试与SERVER的连接，是默认的连接方式。当收到错误信息后终止mount尝试，并给出相关信息。
例如：mount -F nfs -o hard 192.168.0.10:/nfs /nfs
对于到底是使用hard还是soft的问题，这主要取决于你访问什么信息有关。例如你是想通过NFS来运行X PROGRAM的话，你绝对不会希望由于一些意外的情况（如网络速度一下子变的很慢，插拔了一下网卡插头等）而使系统输出大量的错误信息，如果此时你用的是HARD方式的话，系统就会等待，直到能够重新与NFS SERVER建立连接传输信息。另外如果是非关键数据的话也可以使用SOFT方式，如FTP数据等，这样在远程机器暂时连接不上或关闭时就不会挂起你的会话过程。
rsize和wsize：
文件传输尺寸设定：V3没有限定传输尺寸，V2最多只能设定为8k，可以使用-rsize and -wsize 来进行设定。这两个参数的设定对于NFS的执行效能有较大的影响
bg：在执行mount时如果无法顺利mount上时，系统会将mount的操作转移到后台并继续尝试mount，直到mount成功为止。（通常在设定/etc/fstab文件时都应该使用bg，以避免可能的mount不上而影响启动速度）
fg：和bg正好相反，是默认的参数
nfsvers＝n:设定要使用的NFS版本，默认是使用2，这个选项的设定还要取决于server端是否支持NFS VER 3
mountport：设定mount的端口
port：根据server端export出的端口设定，例如如果server使用5555端口输出NFS,那客户端就需要使用这个参数进行同样的设定
timeo=n:设置超时时间，当数据传输遇到问题时，会根据这个参数尝试进行重新传输。默认值是7/10妙（0.7秒）。如果网络连接不是很稳定的话就要加大这个数值，并且推荐使用HARD MOUNT方式，同时最好也加上INTR参数，这样你就可以终止任何挂起的文件访问。
intr 允许通知中断一个NFS调用。当服务器没有应答需要放弃的时候有用处。
udp：使用udp作为nfs的传输协议（NFS V2只支持UDP)
tcp：使用tcp作为nfs的传输协议
namlen=n：设定远程服务器所允许的最长文件名。这个值的默认是255
acregmin=n：设定最小的在文件更新之前cache时间，默认是3
acregmax=n：设定最大的在文件更新之前cache时间，默认是60
acdirmin=n：设定最小的在目录更新之前cache时间，默认是30
acdirmax=n：设定最大的在目录更新之前cache时间，默认是60
actimeo=n：将acregmin、acregmax、acdirmin、acdirmax设定为同一个数值，默认是没有启用。
retry=n：设定当网络传输出现故障的时候，尝试重新连接多少时间后不再尝试。默认的数值是10000 minutes
noac:关闭cache机制。
同时使用多个参数的方法：mount -t nfs -o timeo=3,udp,hard 192.168.0.30:/tmp /nfs
请注意，NFS客户机和服务器的选项并不一定完全相同，而且有的时候会有冲突。比如说服务器以只读的方式导出，客户端却以可写的方式mount,虽然可以成功mount上，但尝试写入的时候就会发生错误。一般服务器和客户端配置冲突的时候，会以服务器的配置为准。
4、/etc/fstab的设定方法
/etc/fstab的格式如下：
fs_spec fs_file fs_type fs_options fs_dump fs_pass
fs_spec:该字段定义希望加载的文件系统所在的设备或远程文件系统,对于nfs这个参数一般设置为这样：192.168.0.1:/NFS
fs_file:本地的挂载点
fs_type：对于NFS来说这个字段只要设置成nfs就可以了
fs_options:挂载的参数，可以使用的参数可以参考上面的mount参数。
fs_dump - 该选项被"dump"命令使用来检查一个文件系统应该以多快频率进行转储，若不需要转储就设置该字段为0
fs_pass - 该字段被fsck命令用来决定在启动时需要被扫描的文件系统的顺序，根文件系统"/"对应该字段的值应该为1，其他文件系统应该为2。若该文件系统无需在启动时扫描则设置该字段为0 。
5、与NFS有关的一些命令介绍
nfsstat:
查看NFS的运行状态，对于调整NFS的运行有很大帮助
rpcinfo：
查看rpc执行信息，可以用于检测rpc运行情况的工具。
四、NFS调优
调优的步骤：
1、测量当前网络、服务器和每个客户端的执行效率。
2、分析收集来的数据并画出图表。查找出特殊情况，例如很高的磁盘和CPU占用、已经高的磁盘使用时间
3、调整服务器
4、重复第一到第三步直到达到你渴望的性能
与NFS性能有关的问题有很多，通常可以要考虑的有以下这些选择：
WSIZE,RSIZE参数来优化NFS的执行效能
WSIZE、RSIZE对于NFS的效能有很大的影响。
wsize和rsize设定了SERVER和CLIENT之间往来数据块的大小，这两个参数的合理设定与很多方面有关，不仅是软件方面也有硬件方面的因素会影响这两个参数的设定（例如LINUX KERNEL、网卡，交换机等等）。
下面这个命令可以测试NFS的执行效能，读和写的效能可以分别测试，分别找到合适的参数。对于要测试分散的大量的数据的读写可以通过编写脚本来进行测试。在每次测试的时候最好能重复的执行一次MOUNT和unmount。
time dd if=/dev/zero of=/mnt/home/testfile bs=16k count=16384
用于测试的WSIZE,RSIZE最好是1024的倍数，对于NFS V2来说8192是RSIZE和WSIZE的最大数值，如果使用的是NFS V3则可以尝试的最大数值是32768。
如果设置的值比较大的时候，应该最好在CLIENT上进入mount上的目录中，进行一些常规操作（LS,VI等等），看看有没有错误信息出现。有可能出现的典型问题有LS的时候文件不能完整的列出或者是出现错误信息，不同的操作系统有不同的最佳数值，所以对于不同的操作系统都要进行测试。
设定最佳的NFSD的COPY数目。
linux中的NFSD的COPY数目是在/etc/rc.d/init.d/nfs这个启动文件中设置的，默认是8个NFSD,对于这个参数的设置一般是要根据可能的CLIENT数目来进行设定的，和WSIZE、RSIZE一样也是要通过测试来找到最近的数值。
UDP and TCP
可以手动进行设置，也可以自动进行选择。
mount -t nfs -o sync,tcp,noatime,rsize=1024,wsize=1024 EXPORT_MACHINE:/EXPORTED_DIR /DIR
UDP有着传输速度快，非连接传输的便捷特性，但是UDP在传输上没有TCP来的稳定，当网络不稳定或者黑客入侵的时候很容易使NFS的 Performance 大幅降低甚至使网络瘫痪。所以对于不同情况的网络要有针对的选择传输协议。nfs over tcp比较稳定， nfs over udp速度较快。在机器较少网络状况较好的情况下使用UDP协议能带来较好的性能，当机器较多，网络情况复杂时推荐使用TCP协议（V2只支持UDP协议）。在局域网中使用UDP协议较好，因为局域网有比较稳定的网络保证，使用UDP可以带来更好的性能，在广域网中推荐使用TCP协议，TCP协议能让NFS在复杂的网络环境中保持最好的传输稳定性。可以参考这篇文章：http: //www.hp.com.tw/ssn/unix/0212/unix021204.asp
版本的选择
V3作为默认的选择（RED HAT 8默认使用V2,SOLARIS 8以上默认使用V3），可以通过vers= mount option来进行选择。
LINUX通过mount option的nfsvers=n进行选择。
五、NFS故障解决
1、NFSD没有启动起来
首先要确认 NFS 输出列表存在，否则 nfsd 不会启动。可用 exportfs 命令来检查，如果 exportfs 命令没有结果返回或返回不正确，则需要检查 /etc/exports 文件。
2、mountd 进程没有启动
mountd 进程是一个远程过程调用 (RPC) ，其作用是对客户端要求安装（mount）文件系统的申请作出响应。mountd进程通过查找 /etc/xtab文件来获知哪些文件系统可以被远程客户端使用。另外，通过mountd进程，用户可以知道目前有哪些文件系统已被远程文件系统装配，并得知远程客户端的列表。查看mountd是否正常启动起来可以使用命令rpcinfo进行查看，在正常情况下在输出的列表中应该象这样的行：
100005 1 udp 1039 mountd
100005 1 tcp 1113 mountd
100005 2 udp 1039 mountd
100005 2 tcp 1113 mountd
100005 3 udp 1039 mountd
100005 3 tcp 1113 mountd
如果没有起来的话可以检查是否安装了PORTMAP组件。
rpm -qa|grep portmap
3、fs type nfs no supported by kernel
kernel不支持nfs文件系统，重新编译一下KERNEL就可以解决。
4、can't contact portmapper: RPC: Remote system error - Connection refused
出现这个错误信息是由于SEVER端的PORTMAP没有启动。
5、mount clntudp_create: RPC: Program not registered
NFS没有启动起来，可以用showmout -e host命令来检查NFS SERVER是否正常启动起来。
6、mount: localhost:/home/test failed, reason given by server: Permission denied
这个提示是当client要mount nfs server时可能出现的提示，意思是说本机没有权限去mount nfs server上的目录。解决方法当然是去修改NFS SERVER咯。
7、被防火墙阻挡
这个原因很多人都忽视了，在有严格要求的网络环境中，我们一般会关闭linux上的所有端口，当需要使用哪个端口的时候才会去打开。而NFS默认是使用111端口，所以我们先要检测是否打开了这个端口，另外也要检查TCP_Wrappers的设定。
六、NFS安全
NFS的不安全性主要体现于以下4个方面:
1、新手对NFS的访问控制机制难于做到得心应手,控制目标的精确性难以实现
2、NFS没有真正的用户验证机制,而只有对RPC/Mount请求的过程验证机制
3、较早的NFS可以使未授权用户获得有效的文件句柄
4、在RPC远程调用中,一个SUID的程序就具有超级用户权限.
加强NFS安全的方法：
1、合理的设定/etc/exports中共享出去的目录，最好能使用anonuid，anongid以使MOUNT到NFS SERVER的CLIENT仅仅有最小的权限，最好不要使用root_squash。
2、使用IPTABLE防火墙限制能够连接到NFS SERVER的机器范围
iptables -A INPUT -i eth0 -p TCP -s 192.168.0.0/24 --dport 111 -j ACCEPT
iptables -A INPUT -i eth0 -p UDP -s 192.168.0.0/24 --dport 111 -j ACCEPT
iptables -A INPUT -i eth0 -p TCP -s 140.0.0.0/8 --dport 111 -j ACCEPT
iptables -A INPUT -i eth0 -p UDP -s 140.0.0.0/8 --dport 111 -j ACCEPT
3、为了防止可能的Dos攻击，需要合理设定NFSD 的COPY数目。
4、修改/etc/hosts.allow和/etc/hosts.deny达到限制CLIENT的目的
/etc/hosts.allow
portmap: 192.168.0.0/255.255.255.0 : allow
portmap: 140.116.44.125 : allow
/etc/hosts.deny
portmap: ALL : deny
5、改变默认的NFS 端口
NFS默认使用的是111端口，但同时你也可以使用port参数来改变这个端口，这样就可以在一定程度上增强安全性。
6、使用Kerberos V5作为登陆验证系统
来源： 作者： 2006-08-11 出处：pcdog.com
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这是我写的第一份笔记式文档，是对自己最近在研究NFS方面的一个小小的总结，这个稳定也参考和引用了一部分别人的文档，这里表示感谢，这篇是根据LINUX来写的，有空的话我还会写一篇FOR FREEBSD和SOLARIS的。请斑竹帮忙加个精华，万分感谢
超全的NFS文档(FOR LINUX)
上海 天俊
欢迎大家和我交流网络方面的技术问题
msn:bcst@citiz.net qq:11300242
如果要转载的话请保留以上信息，谢谢配合
一、NFS简介
NFS-Network FileSystem的缩写，NFS是由Sun开发并发展起来的一项用于在不同机器，不同操作系统之间通过网络互相分享各自的文件。NFS server也可以看作是一个FILE SERVER,它可以让你的PC通过网络将远端得NFS SERVER共享出来的档案 MOUNT到自己的系统中，在CLIENT看来使用NFS的远端文件就象是在使用本地文件一样。
NFS协议从诞生到现在为止，已经有多个版本，如NFS V2（rfc1094）,NFS V3（rfc1813）（最新的版本是V4（rfc3010）。
二、各NFS协议版本的主要区别
V3相对V2的主要区别：
1、文件尺寸
V2最大只支持32BIT的文件大小(4G),而NFS V3新增加了支持64BIT文件大小的技术。
2、文件传输尺寸
V3没有限定传输尺寸，V2最多只能设定为8k，可以使用-rsize and -wsize 来进行设定。
3、完整的信息返回
V3增加和完善了许多错误和成功信息的返回，对于服务器的设置和管理能带来很大好处。
4、增加了对TCP传输协议的支持
V2只提供了对UDP协议的支持，在一些高要求的网络环境中有很大限制，V3增加了对TCP协议的支持
*5、异步写入特性
6、改进了SERVER的mount性能
7、有更好的I/O WRITES 性能。
9、更强网络运行效能，使得网络运作更为有效。
10、更强的灾难恢复功能。
异步写入特性（v3新增加）介绍：
NFS V3 能否使用异步写入，这是可选择的一种特性。NFS V3客户端发发送一个异步写入请求到服务器，在给客户端答复之前服务器并不是必须要将数据写入到存储器中（稳定的）。服务器能确定何时去写入数据或者将多个写入请求聚合到一起并加以处理，然后写入。客户端能保持一个数据的 copy以防万一服务器不能完整的将数据写入。当客户端希望释放这个copy的时候，它会向服务器通过这个操作过程，以确保每个操作步骤的完整。异步写入能够使服务器去确定最好的同步数据的策略。使数据能尽可能的同步的提交何到达。与V2比较来看，这样的机制能更好的实现数据缓冲和更多的平行（平衡）。而 NFS V2的SERVER在将数据写入存储器之前不能再相应任何的写入请求。
V4相对V3的改进：
1：改进了INTERNET上的存取和执行效能
2：在协议中增强了安全方面的特性
3：增强的跨平台特性
三、CLIENT和SERVER的具体操作和设置
在讲NFS SERVER的运作之前先来看一些与NFS SERVER有关的东西：
RPC（Remote Procedure Call）
NFS本身是没有提供信息传输的协议和功能的，但NFS却能让我们通过网络进行资料的分享，这是因为NFS使用了一些其它的传输协议。而这些传输协议勇士用到这个RPC功能的。可以说NFS本身就是使用RPC的一个程序。或者说NFS也是一个RPC SERVER.所以只要用到NFS的地方都要启动RPC服务，不论是NFS SERVER或者NFS CLIENT。这样SERVER和CLIENT才能通过RPC来实现PROGRAM PORT 的对应。可以这么理解RPC和NFS的关系：NFS是一个文件系统，而RPC是负责负责信息的传输。
NFS需要启动的DAEMONS
pc.nfsd:主要复杂登陆权限检测等。
rpc.mountd：负责NFS的档案系统，当CLIENT端通过rpc.nfsd登陆SERVER后，对clinet存取server的文件进行一系列的管理
NFS SERVER在REDHAT LINUX平台下一共需要两个套件：nfs-utils和PORTMAP
nfs-utils：提供rpc.nfsd 及 rpc.mountd这两个NFS DAEMONS的套件
portmap:NFS其实可以被看作是一个RPC SERVER PROGRAM,而要启动一个RPC SERVER PROGRAM，都要做好PORT的对应工作，而且这样的任务就是由PORTMAP来完成的。通俗的说PortMap就是用来做PORT的mapping的。
一：服务器端的设定（以LINUX为例）
服务器端的设定都是在/etc/exports这个文件中进行设定的，设定格式如下：
欲分享出去的目录 主机名称1或者IP1(参数1，参数2） 主机名称2或者IP2（参数3，参数4）
上面这个格式表示，同一个目录分享给两个不同的主机，但提供给这两台主机的权限和参数是不同的，所以分别设定两个主机得到的权限。
可以设定的参数主要有以下这些：
rw：可读写的权限；
ro：只读的权限；
no_root_squash：登入到NFS主机的用户如果是ROOT用户，他就拥有ROOT的权限，此参数很不安全，建议不要使用。
root_squash：在登入 NFS 主機使用分享之目錄的使用者如果是 root 時，那麼這個使用者的權限將被壓縮成為匿名使用者，通常他的 UID 與 GID 都會變成 nobody 那個身份；
all_squash：不管登陆NFS主机的用户是什么都会被重新设定为nobody。
anonuid：将登入NFS主机的用户都设定成指定的user id,此ID必须存在于/etc/passwd中。
anongid：同 anonuid ，但是變成 group ID 就是了！
sync：资料同步写入存储器中。
async：资料会先暂时存放在内存中，不会直接写入硬盘。
insecure 允许从这台机器过来的非授权访问。
例如可以编辑/etc/exports为：
/tmp *(rw,no_root_squash)
/home/public 192.168.0.*(rw) *(ro)
/home/test 192.168.0.100(rw)
/home/linux *.the9.com(rw,all_squash,anonuid=40,anongid=40)
设定好后可以使用以下命令启动NFS:
/etc/rc.d/init.d/portmap start (在REDHAT中PORTMAP是默认启动的）
/etc/rc.d/init.d/nfs start
exportfs命令：
如果我们在启动了NFS之后又修改了/etc/exports，是不是还要重新启动nfs呢？这个时候我们就可以用exportfs命令来使改动立刻生效，该命令格式如下：
exportfs [-aruv]
-a ：全部mount或者unmount /etc/exports中的内容
-r ：重新mount /etc/exports中分享出来的目录
-u ：umount 目录
-v ：在 export 的時候，将详细的信息输出到屏幕上。
具体例子：
[root @test root]# exportfs -rv <==全部重新 export 一次！
exporting 192.168.0.100:/home/test
exporting 192.168.0.*:/home/public
exporting *.the9.com:/home/linux
exporting *:/home/public
exporting *:/tmp
reexporting 192.168.0.100:/home/test to kernel
exportfs -au <==全部都卸载了。
客户段的操作：
1、showmout命令对于NFS的操作和查错有很大的帮助，所以我们先来看一下showmount的用法
showmout
-a ：这个参数是一般在NFS SERVER上使用，是用来显示已经mount上本机nfs目录的cline机器。
-e ：显示指定的NFS SERVER上export出来的目录。
例如：
showmount -e 192.168.0.30
Export list for localhost:
/tmp *
/home/linux *.linux.org
/home/public (everyone)
/home/test 192.168.0.100
2、mount nfs目录的方法：
mount -t nfs hostname(orIP):/directory /mount/point
具体例子：
Linux: mount -t nfs 192.168.0.1:/tmp /mnt/nfs
Solaris:mount -F nfs 192.168.0.1:/tmp /mnt/nfs
BSD: mount 192.168.0.1:/tmp /mnt/nfs
3、mount nfs的其它可选参数：
HARD mount和SOFT MOUNT：
HARD: NFS CLIENT会不断的尝试与SERVER的连接（在后台，不会给出任何提示信息,在LINUX下有的版本仍然会给出一些提示），直到MOUNT上。
SOFT:会在前台尝试与SERVER的连接，是默认的连接方式。当收到错误信息后终止mount尝试，并给出相关信息。
例如：mount -F nfs -o hard 192.168.0.10:/nfs /nfs
对于到底是使用hard还是soft的问题，这主要取决于你访问什么信息有关。例如你是想通过NFS来运行X PROGRAM的话，你绝对不会希望由于一些意外的情况（如网络速度一下子变的很慢，插拔了一下网卡插头等）而使系统输出大量的错误信息，如果此时你用的是HARD方式的话，系统就会等待，直到能够重新与NFS SERVER建立连接传输信息。另外如果是非关键数据的话也可以使用SOFT方式，如FTP数据等，这样在远程机器暂时连接不上或关闭时就不会挂起你的会话过程。
rsize和wsize：
文件传输尺寸设定：V3没有限定传输尺寸，V2最多只能设定为8k，可以使用-rsize and -wsize 来进行设定。这两个参数的设定对于NFS的执行效能有较大的影响
bg：在执行mount时如果无法顺利mount上时，系统会将mount的操作转移到后台并继续尝试mount，直到mount成功为止。（通常在设定/etc/fstab文件时都应该使用bg，以避免可能的mount不上而影响启动速度）
fg：和bg正好相反，是默认的参数
nfsvers＝n:设定要使用的NFS版本，默认是使用2，这个选项的设定还要取决于server端是否支持NFS VER 3
mountport：设定mount的端口
port：根据server端export出的端口设定，例如如果server使用5555端口输出NFS,那客户端就需要使用这个参数进行同样的设定
timeo=n:设置超时时间，当数据传输遇到问题时，会根据这个参数尝试进行重新传输。默认值是7/10妙（0.7秒）。如果网络连接不是很稳定的话就要加大这个数值，并且推荐使用HARD MOUNT方式，同时最好也加上INTR参数，这样你就可以终止任何挂起的文件访问。
intr 允许通知中断一个NFS调用。当服务器没有应答需要放弃的时候有用处。
udp：使用udp作为nfs的传输协议（NFS V2只支持UDP)
tcp：使用tcp作为nfs的传输协议
namlen=n：设定远程服务器所允许的最长文件名。这个值的默认是255
acregmin=n：设定最小的在文件更新之前cache时间，默认是3
acregmax=n：设定最大的在文件更新之前cache时间，默认是60
acdirmin=n：设定最小的在目录更新之前cache时间，默认是30
acdirmax=n：设定最大的在目录更新之前cache时间，默认是60
actimeo=n：将acregmin、acregmax、acdirmin、acdirmax设定为同一个数值，默认是没有启用。
retry=n：设定当网络传输出现故障的时候，尝试重新连接多少时间后不再尝试。默认的数值是10000 minutes
noac:关闭cache机制。
同时使用多个参数的方法：mount -t nfs -o timeo=3,udp,hard 192.168.0.30:/tmp /nfs
请注意，NFS客户机和服务器的选项并不一定完全相同，而且有的时候会有冲突。比如说服务器以只读的方式导出，客户端却以可写的方式mount,虽然可以成功mount上，但尝试写入的时候就会发生错误。一般服务器和客户端配置冲突的时候，会以服务器的配置为准。
4、/etc/fstab的设定方法
/etc/fstab的格式如下：
fs_spec fs_file fs_type fs_options fs_dump fs_pass
fs_spec:该字段定义希望加载的文件系统所在的设备或远程文件系统,对于nfs这个参数一般设置为这样：192.168.0.1:/NFS
fs_file:本地的挂载点
fs_type：对于NFS来说这个字段只要设置成nfs就可以了
fs_options:挂载的参数，可以使用的参数可以参考上面的mount参数。
fs_dump - 该选项被"dump"命令使用来检查一个文件系统应该以多快频率进行转储，若不需要转储就设置该字段为0
fs_pass - 该字段被fsck命令用来决定在启动时需要被扫描的文件系统的顺序，根文件系统"/"对应该字段的值应该为1，其他文件系统应该为2。若该文件系统无需在启动时扫描则设置该字段为0 。
5、与NFS有关的一些命令介绍
nfsstat:
查看NFS的运行状态，对于调整NFS的运行有很大帮助
rpcinfo：
查看rpc执行信息，可以用于检测rpc运行情况的工具。
四、NFS调优
调优的步骤：
1、测量当前网络、服务器和每个客户端的执行效率。
2、分析收集来的数据并画出图表。查找出特殊情况，例如很高的磁盘和CPU占用、已经高的磁盘使用时间
3、调整服务器
4、重复第一到第三步直到达到你渴望的性能
与NFS性能有关的问题有很多，通常可以要考虑的有以下这些选择：
WSIZE,RSIZE参数来优化NFS的执行效能
WSIZE、RSIZE对于NFS的效能有很大的影响。
wsize和rsize设定了SERVER和CLIENT之间往来数据块的大小，这两个参数的合理设定与很多方面有关，不仅是软件方面也有硬件方面的因素会影响这两个参数的设定（例如LINUX KERNEL、网卡，交换机等等）。
下面这个命令可以测试NFS的执行效能，读和写的效能可以分别测试，分别找到合适的参数。对于要测试分散的大量的数据的读写可以通过编写脚本来进行测试。在每次测试的时候最好能重复的执行一次MOUNT和unmount。
time dd if=/dev/zero of=/mnt/home/testfile bs=16k count=16384
用于测试的WSIZE,RSIZE最好是1024的倍数，对于NFS V2来说8192是RSIZE和WSIZE的最大数值，如果使用的是NFS V3则可以尝试的最大数值是32768。
如果设置的值比较大的时候，应该最好在CLIENT上进入mount上的目录中，进行一些常规操作（LS,VI等等），看看有没有错误信息出现。有可能出现的典型问题有LS的时候文件不能完整的列出或者是出现错误信息，不同的操作系统有不同的最佳数值，所以对于不同的操作系统都要进行测试。
设定最佳的NFSD的COPY数目。
linux中的NFSD的COPY数目是在/etc/rc.d/init.d/nfs这个启动文件中设置的，默认是8个NFSD,对于这个参数的设置一般是要根据可能的CLIENT数目来进行设定的，和WSIZE、RSIZE一样也是要通过测试来找到最近的数值。
UDP and TCP
可以手动进行设置，也可以自动进行选择。
mount -t nfs -o sync,tcp,noatime,rsize=1024,wsize=1024 EXPORT_MACHINE:/EXPORTED_DIR /DIR
UDP有着传输速度快，非连接传输的便捷特性，但是UDP在传输上没有TCP来的稳定，当网络不稳定或者黑客入侵的时候很容易使NFS的 Performance 大幅降低甚至使网络瘫痪。所以对于不同情况的网络要有针对的选择传输协议。nfs over tcp比较稳定， nfs over udp速度较快。在机器较少网络状况较好的情况下使用UDP协议能带来较好的性能，当机器较多，网络情况复杂时推荐使用TCP协议（V2只支持UDP协议）。在局域网中使用UDP协议较好，因为局域网有比较稳定的网络保证，使用UDP可以带来更好的性能，在广域网中推荐使用TCP协议，TCP协议能让NFS在复杂的网络环境中保持最好的传输稳定性。可以参考这篇文章：http: //www.hp.com.tw/ssn/unix/0212/unix021204.asp
版本的选择
V3作为默认的选择（RED HAT 8默认使用V2,SOLARIS 8以上默认使用V3），可以通过vers= mount option来进行选择。
LINUX通过mount option的nfsvers=n进行选择。
五、NFS故障解决
1、NFSD没有启动起来
首先要确认 NFS 输出列表存在，否则 nfsd 不会启动。可用 exportfs 命令来检查，如果 exportfs 命令没有结果返回或返回不正确，则需要检查 /etc/exports 文件。
2、mountd 进程没有启动
mountd 进程是一个远程过程调用 (RPC) ，其作用是对客户端要求安装（mount）文件系统的申请作出响应。mountd进程通过查找 /etc/xtab文件来获知哪些文件系统可以被远程客户端使用。另外，通过mountd进程，用户可以知道目前有哪些文件系统已被远程文件系统装配，并得知远程客户端的列表。查看mountd是否正常启动起来可以使用命令rpcinfo进行查看，在正常情况下在输出的列表中应该象这样的行：
100005 1 udp 1039 mountd
100005 1 tcp 1113 mountd
100005 2 udp 1039 mountd
100005 2 tcp 1113 mountd
100005 3 udp 1039 mountd
100005 3 tcp 1113 mountd
如果没有起来的话可以检查是否安装了PORTMAP组件。
rpm -qa|grep portmap
3、fs type nfs no supported by kernel
kernel不支持nfs文件系统，重新编译一下KERNEL就可以解决。
4、can't contact portmapper: RPC: Remote system error - Connection refused
出现这个错误信息是由于SEVER端的PORTMAP没有启动。
5、mount clntudp_create: RPC: Program not registered
NFS没有启动起来，可以用showmout -e host命令来检查NFS SERVER是否正常启动起来。
6、mount: localhost:/home/test failed, reason given by server: Permission denied
这个提示是当client要mount nfs server时可能出现的提示，意思是说本机没有权限去mount nfs server上的目录。解决方法当然是去修改NFS SERVER咯。
7、被防火墙阻挡
这个原因很多人都忽视了，在有严格要求的网络环境中，我们一般会关闭linux上的所有端口，当需要使用哪个端口的时候才会去打开。而NFS默认是使用111端口，所以我们先要检测是否打开了这个端口，另外也要检查TCP_Wrappers的设定。
六、NFS安全
NFS的不安全性主要体现于以下4个方面:
1、新手对NFS的访问控制机制难于做到得心应手,控制目标的精确性难以实现
2、NFS没有真正的用户验证机制,而只有对RPC/Mount请求的过程验证机制
3、较早的NFS可以使未授权用户获得有效的文件句柄
4、在RPC远程调用中,一个SUID的程序就具有超级用户权限.
加强NFS安全的方法：
1、合理的设定/etc/exports中共享出去的目录，最好能使用anonuid，anongid以使MOUNT到NFS SERVER的CLIENT仅仅有最小的权限，最好不要使用root_squash。
2、使用IPTABLE防火墙限制能够连接到NFS SERVER的机器范围
iptables -A INPUT -i eth0 -p TCP -s 192.168.0.0/24 --dport 111 -j ACCEPT
iptables -A INPUT -i eth0 -p UDP -s 192.168.0.0/24 --dport 111 -j ACCEPT
iptables -A INPUT -i eth0 -p TCP -s 140.0.0.0/8 --dport 111 -j ACCEPT
iptables -A INPUT -i eth0 -p UDP -s 140.0.0.0/8 --dport 111 -j ACCEPT
3、为了防止可能的Dos攻击，需要合理设定NFSD 的COPY数目。
4、修改/etc/hosts.allow和/etc/hosts.deny达到限制CLIENT的目的
/etc/hosts.allow
portmap: 192.168.0.0/255.255.255.0 : allow
portmap: 140.116.44.125 : allow
/etc/hosts.deny
portmap: ALL : deny
5、改变默认的NFS 端口
NFS默认使用的是111端口，但同时你也可以使用port参数来改变这个端口，这样就可以在一定程度上增强安全性。
6、使用Kerberos V5作为登陆验证系统
MPICH常用网站
MPICH常用网站
2007-05-13 17:32
主要的MPI主页及MPI标准
MPIF主页：http://www.mpi-forum.org
MPI主页：http://www.mcs.anl.gov/mpi
netlib上的MPI站点：http://www.netlib.org/mpi/index.html
MPI的实现
ANL/MSU实现的MPICH主页：http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich
MPICH实现：http://www.mcs.anl/mpi/mpich
MPICH实现：ftp://ftp.mcs.anl.gov/pub/mpi
其它的MPI实现：http://www.mpi.nd.edu/MPI
MPI实现列表：http://www.lsc.nd.edu/MPI2
MSU的MPI项目：http://www.erc.msstate.edu/mpi
LAM的MPI项目：http://www.mpi.nd.edu/lam
关于MPI的文档、讨论与例子
MPI相关材料：http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/tutorial
常见问题：http://www.erc.msstate.edu/mpi/mpi-faq.html
常见问题解答：http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich/faq.html
勘误：http://www.mpi-forum.org/docs
关于MPI的新闻组：
MPI文档：ftp://ftp.mpi-forum.org/pub/docs/
MPI教程：http://www.mcs.anl.gov/mpi/usingmpi
MPI教程：http://www.mcs.anl.gov/mpi/usingmpi2
MPI例子程序：ftp://ftp.mcs.anl.gov/pub/mpi/using/examples
MPI例子程序：ftp://ftp.mcs.anl.gov/pub/mpi/using2/examples
MPI例子程序：http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/tutorial/mpiexmpl/contents.html
其它资源
MSTU Debian FTP：http://torvalds.cs.mtsu.edu/~zach/debian/current/
中科院数学所FTP：ftp://ftp.cc.ac.cn匿名登录
一个科大的FTP：ftp://imt.ustc.edu.cn匿名登录
2007-05-13 17:32
主要的MPI主页及MPI标准
MPIF主页：http://www.mpi-forum.org
MPI主页：http://www.mcs.anl.gov/mpi
netlib上的MPI站点：http://www.netlib.org/mpi/index.html
MPI的实现
ANL/MSU实现的MPICH主页：http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich
MPICH实现：http://www.mcs.anl/mpi/mpich
MPICH实现：ftp://ftp.mcs.anl.gov/pub/mpi
其它的MPI实现：http://www.mpi.nd.edu/MPI
MPI实现列表：http://www.lsc.nd.edu/MPI2
MSU的MPI项目：http://www.erc.msstate.edu/mpi
LAM的MPI项目：http://www.mpi.nd.edu/lam
关于MPI的文档、讨论与例子
MPI相关材料：http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/tutorial
常见问题：http://www.erc.msstate.edu/mpi/mpi-faq.html
常见问题解答：http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich/faq.html
勘误：http://www.mpi-forum.org/docs
关于MPI的新闻组：
MPI文档：ftp://ftp.mpi-forum.org/pub/docs/
MPI教程：http://www.mcs.anl.gov/mpi/usingmpi
MPI教程：http://www.mcs.anl.gov/mpi/usingmpi2
MPI例子程序：ftp://ftp.mcs.anl.gov/pub/mpi/using/examples
MPI例子程序：ftp://ftp.mcs.anl.gov/pub/mpi/using2/examples
MPI例子程序：http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/tutorial/mpiexmpl/contents.html
其它资源
MSTU Debian FTP：http://torvalds.cs.mtsu.edu/~zach/debian/current/
中科院数学所FTP：ftp://ftp.cc.ac.cn匿名登录
一个科大的FTP：ftp://imt.ustc.edu.cn匿名登录
Redhat Linux修改机器名和Ip方法
Redhat Linux修改机器名和Ip方法
用vi编辑 /etc/sysconfig/network and /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0
1) /etc/sysconfig/network
NETWORKING = yes
FORWARD_IPV4 = yes
HOSTNAME = xxxx.com #你的主机名
GATEWAY = 123.123.123.123 #网关
GATEWAYDEV = eth0
2) /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0
DEVICE = eth0
IPADDR = xxx.xxx.xxx.xxx #你的IP地址
NETMASK = xxx.xxx.xxx.xxx #你的子网掩码
NETWORK = xxx.xxx.xxx.xxx #你的工作网络
BROADCAST = xxx.xxx.xxx.xxx #你的广播址
ONBOOT = yes
然后运行 /etc/sysconfig/network-scripts/ifup eth0 启动。
用vi编辑 /etc/sysconfig/network and /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0
1) /etc/sysconfig/network
NETWORKING = yes
FORWARD_IPV4 = yes
HOSTNAME = xxxx.com #你的主机名
GATEWAY = 123.123.123.123 #网关
GATEWAYDEV = eth0
2) /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0
DEVICE = eth0
IPADDR = xxx.xxx.xxx.xxx #你的IP地址
NETMASK = xxx.xxx.xxx.xxx #你的子网掩码
NETWORK = xxx.xxx.xxx.xxx #你的工作网络
BROADCAST = xxx.xxx.xxx.xxx #你的广播址
ONBOOT = yes
然后运行 /etc/sysconfig/network-scripts/ifup eth0 启动。
MS4.0在安腾IA64位服务器上的安装总结
1.操作系统的选择
MS安装指南里 System requirements and recommendations部分说明IA64 Linux可用以下版本
Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 3.0 (updates 4 and 5) and 4.0
SuSE Linux Enterprise Server 9 - SP2 (for standalone execution of CASTEP, Discover, and DMol3 only)
但实际测试发现Itanium 2 Linux中只有以下版本支持JRE1.4.2
Red Hat Enterprise Linux WS 3.0 Gnome2.2.2-metacity 2.4
Red Hat Enterprise Linux ES 3.0 Gnome2.2.2-metacity 2.4
Red Hat Enterprise Linux AS 3.0 Gnome2.2.2-metacity 2.4
Red Hat Enterprise Linux WS 2.1 Gnome-sawfish 1.0
Red Hat Enterprise Linux ES 2.1 Gnome-sawfish 1.0
Red Hat Enterprise Linux AS 2.1 Gnome-sawfish 1.0
SUSE Linux Enterprise Server (SLES) 8 Gnome2-metacity 2.
详见http://castep.bokee.com/viewdiary.180187010.html
如果在其他版本的操作系统上安装MS4.0会出现"Bundled JRE is not binary compatible with host OS/Arch or it is corrupt. Testing bundled JRE failed."的错误。这个问题困扰我好久，网上一直没找到解决方法，在反复多次实验后终于发现是OS版本的问题。
2.在所有节点上安装HPMPI，rpm -ivh /tmp/hpmpi-2.01.00-08.ia64.rpm
3.切换到MS的用户名，安装MS，注意要加cluster参数以用于并行 Install --type cluster
4.安装授权文件
5.配置各节点/etc下hosts入各节点IP和域名,在hosts.equiv文件中加入各节点域名，将hosts.equiv拷贝到用户主目录中并更名为.rhosts
6.修改/etc/exports文件，将MS安装目录共享出去
7.在其他节点上挂载MS安装目录mount -t nfs -o rw,sync,hard,intr ia02:/home/msi/ms /home/msi/ms
8.根据需要配置RSH或SSH
SSH参考帮助里的方法就可以了，在各节点上ssh-keygen -t rsa，然后三个回车，将各节点生成的id_rsa.pub文件合并成一个并改名为authorized_keys2放入各节点的用户主目录下.ssh文件夹中。
配置RSH时可以用rpm -qf `which rlogin` 查看一下目前使用的rlogin是从哪个套件产生的，如果是krb5-workstation就用以下命令rpm -e krb5-workstation 把他卸载 ，不然后出现Trying krb4 rlogin… Connection refused的错误。
9.修改参与计算CPU个数
vi share/data/machines.LINUX
venus:2 //节点名：CPU个数
earth:2
mars:2
vi Gateway/root_default/dsd/conf/gwparams.cfg //修改CPU总数
vi Gateway/root_default/dsd/conf/gw-info.sbd //修改CPU总数
10.配置网关自启动
cp msgateway_control_18888 /etc/rc.d/init.d
/sbin/chkconfig --add msgateway_control_18888
11.IA64上的大量floating-point assist fault 出错提示屏蔽
在用于安装MS的用户登录脚本login script (.profile, .bash_profile, .login, etc.) 里加入下面一行：
prctl --fpemu=silent
以上只是一些注意事项，其他细节参考MS的README_MS_Modeling.htm文件中关于安装卸载部分就可以搞定了，以上是在安腾服务器上安装的步骤，其他架构CPU机器上的安装要简单的多。
MS安装指南里 System requirements and recommendations部分说明IA64 Linux可用以下版本
Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 3.0 (updates 4 and 5) and 4.0
SuSE Linux Enterprise Server 9 - SP2 (for standalone execution of CASTEP, Discover, and DMol3 only)
但实际测试发现Itanium 2 Linux中只有以下版本支持JRE1.4.2
Red Hat Enterprise Linux WS 3.0 Gnome2.2.2-metacity 2.4
Red Hat Enterprise Linux ES 3.0 Gnome2.2.2-metacity 2.4
Red Hat Enterprise Linux AS 3.0 Gnome2.2.2-metacity 2.4
Red Hat Enterprise Linux WS 2.1 Gnome-sawfish 1.0
Red Hat Enterprise Linux ES 2.1 Gnome-sawfish 1.0
Red Hat Enterprise Linux AS 2.1 Gnome-sawfish 1.0
SUSE Linux Enterprise Server (SLES) 8 Gnome2-metacity 2.
详见http://castep.bokee.com/viewdiary.180187010.html
如果在其他版本的操作系统上安装MS4.0会出现"Bundled JRE is not binary compatible with host OS/Arch or it is corrupt. Testing bundled JRE failed."的错误。这个问题困扰我好久，网上一直没找到解决方法，在反复多次实验后终于发现是OS版本的问题。
2.在所有节点上安装HPMPI，rpm -ivh /tmp/hpmpi-2.01.00-08.ia64.rpm
3.切换到MS的用户名，安装MS，注意要加cluster参数以用于并行 Install --type cluster
4.安装授权文件
5.配置各节点/etc下hosts入各节点IP和域名,在hosts.equiv文件中加入各节点域名，将hosts.equiv拷贝到用户主目录中并更名为.rhosts
6.修改/etc/exports文件，将MS安装目录共享出去
7.在其他节点上挂载MS安装目录mount -t nfs -o rw,sync,hard,intr ia02:/home/msi/ms /home/msi/ms
8.根据需要配置RSH或SSH
SSH参考帮助里的方法就可以了，在各节点上ssh-keygen -t rsa，然后三个回车，将各节点生成的id_rsa.pub文件合并成一个并改名为authorized_keys2放入各节点的用户主目录下.ssh文件夹中。
配置RSH时可以用rpm -qf `which rlogin` 查看一下目前使用的rlogin是从哪个套件产生的，如果是krb5-workstation就用以下命令rpm -e krb5-workstation 把他卸载 ，不然后出现Trying krb4 rlogin… Connection refused的错误。
9.修改参与计算CPU个数
vi share/data/machines.LINUX
venus:2 //节点名：CPU个数
earth:2
mars:2
vi Gateway/root_default/dsd/conf/gwparams.cfg //修改CPU总数
vi Gateway/root_default/dsd/conf/gw-info.sbd //修改CPU总数
10.配置网关自启动
cp msgateway_control_18888 /etc/rc.d/init.d
/sbin/chkconfig --add msgateway_control_18888
11.IA64上的大量floating-point assist fault 出错提示屏蔽
在用于安装MS的用户登录脚本login script (.profile, .bash_profile, .login, etc.) 里加入下面一行：
prctl --fpemu=silent
以上只是一些注意事项，其他细节参考MS的README_MS_Modeling.htm文件中关于安装卸载部分就可以搞定了，以上是在安腾服务器上安装的步骤，其他架构CPU机器上的安装要简单的多。
Materials-Studio 论坛问答全集
Materials-Studio 论坛问答全集（精选众多论坛讨论贴）
1、问：用MS构造晶体时要先确立空间群,可是那些空间群的代码是啥意思啊,看不懂,我想做的是聚乙烯醇的晶体,嘿嘿,也不知道去哪
可以查到它的空间群
答：A、要做晶体，首先要查询晶体数据，然后利用晶体数据再建立模型。晶体数据来源主要是文献，或者一些数据库，比如CCDC。
你都不知道这个晶体是怎么样的，怎么指定空间群呢？要反过来做事情哦：）
B、我不知道你指示的代码是数字代码还是字母代码,数字代码它对应了字母的代码，而字母的代码它含盖了一些群论的知识(晶系,对
称操作等),如果要具体了解你的物质或者材料属于那一个群，你可以查阅一下相关的手册,当然你要了解一些基本的群论知识.MS自带
了一些材料的晶体结构,你可以查询一下.
2、问：各位高手，我用ms中的castep进行运算。无论cpu是几个核心，它只有一个核心在工作。这个怎么解决呢？
答：请先确认以下几个问题：
1，在什么系统下装，是否装了并行版本。
2，计算时设置参数的地方是否选择了并行。
3，程序运算时，并不是时时刻刻都要用到多个CPU
3、问：我已经成功地安装了MS3.1的Linux版本，
串行的DMol3可以成功运行。
但是运行并行的时候出错。
机器是双Xeon5320(四核)服务器，rsh和rlogin均开启，RHEL4.6系统。
其中hosts.equiv的内容如下：
localhost
ibm-console
machines.LINUX的内容如下：
localhost:8
现在运行RunDMol3.sh时，脚本停在
$MS_INSTALL_ROOT/MPICH/bin/mpirun $nolocal -np $nproc $MS_INSTALL_ROOT/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe $rootname
$DMOL3_DATA
这一处，没法执行这一命令
并行运算时，出现以下PIxxxx(x为数字)输出
ibm-console 0 /home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe
localhost 3 /home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe
请问这是什么原因？谢谢！
答：主要是rsh中到ibm-console的没有设置
把/etc/hosts改为
127.0.0.1 localhost.localdomain localhost ibm-console
在后面加个ibm-console
也希望对大家有帮助!
4、问：在最后结果的dos图中,会显示不同电子spd的贡献,我想问的是,
假设MS考虑的原子Mg的电子组态为2p6 3s2,那么最后的dos结果中的s,p是不是就是2p,跟3s的贡献.比如更高能量的3p是否可能出现在
dos中?
如果可能的话，在这种情况下,如何区分2p和3p的贡献,谢谢.
答：A、取决于你的餍势
势里面没有3p电子，DOS怎么会有呢？
自然，你的1p1s也不会出现在你的DOS中。
B、我觉得原子没有d轨道但是计算出来的DOS图上有d轨道的贡献，这可能是电子跃迁所引起的，虽然按照教科书上的d轨道上没有电
子，但是不排除有电子跃迁过去，但及时跃迁也应该只是很少的而且一般也都是这样。
C、我考虑的是dos并非指电子出现的几率,而是能级的密度.3p构成导带能级不可能吗?
没有d电子出现d的贡献可以理解是跃迁过去,那是不是也不否认3p的可能?
既然不可能有3p,怎么会有1s1p?毕竟一开始计算中已经做了近似?
D、第一性原理计算高于费米面的能带本来就不怎么可靠的。
现在，计算的带隙小于实验值，很大的原因就来源于价带计算不准。
p能量高于s不太好理解
这里有成键反键的因素
p的反键是有可能小于s的成键的
另外有时候原子电子组态没有d电子的时候计算结果也出现了d轨道
估计是做轨道投影的问题。vasp就有这个问题，但是可以消除这个错误的。
5、问：那位高手能够介绍一下MS中CASTEP的势能模型的适用范围？
比如说LDA的（PWC,VWN），GGA的（PW91,BP,PBE,BLYP,BOP,VWN-BP,PRBE,HCTH），能够简述一下其大致差别更好
答：LDA局域密度近似（LDA）：局域密度近似（LDA）是第一阶梯。它仅仅采用空间点r处的电子密度n（r）来决定那点交换-相关能
密度的形式。交换-相关能密度由密度相同的均匀电子气完全确定。泛函的交换部分就准确的用均匀电子气的微分表达。各种不同的
局域密度近似（LDA）仅仅是相关部分表示方法不同，所有现代应用的局域密度泛函都基于Ceperly和Alder`s在８０年代对均匀电子
气总能量的Monte Carlo模拟。
广义梯度近似（ＧＧＡ）：ＧＧＡ是Jacob阶梯的第二个台阶，将电子密度的梯度也作为一个独立的变量（|∇n(r)|），在描述交换－
相关能方面，梯度引入了非定域性。ＧＧＡ泛函包含了两个主要的方向：一个称为“无参数”，泛函中新的参数通过已知形式中参数
或在其它准确理论帮助下得到。另外一个就是经验方法，未知参数来自于对实验数据的拟和或通过对原子和分子性质准确的计算。
Perdew,Burke and Emzerhof(PBE)以及Perdew-Wang from 1991(PW91)是无参数的，在量子化学中广泛采用的GGA，比如
Becke,Lee,Parr and Yang(BLYP)是经验性。LYP校正采用了密度的二阶Laplace算符，因此严格上讲属于Jacob阶梯的第三阶，但通常
仍然归类为GGA.
6、[求助]Linux上MS的安装问题
我在RHES4.6上安装MS3.0
但是在castep和dmol下的RunDMol3.sh大小为零，没有东西，
同时在share下也没有bin目录，也找不到ms_setuo.sh脚本
请问是什么原因？
相应的出现这样的错误信息：
/home/sript/MSI/3.0/3rdParty/regxpcom: error while loading shared libraries: libcxa.so.3: cannot open shared object
file: No such file or directory
答：假如你有Materials Studio 3.1的ISO版本以及licene.dat。在linux机器上的用户名为firefox。下面是安装Materials
Studio3.1 linux版本的步骤
1、假定把Materials Studio3.1的iso文件mount到/home/firefox/ms目录，切换到root帐号下，然后用下面的命令如下：
mount -o loop /home/firefox/MS_MODELING.iso /home/firefox/ms
2、文件mount上去后，退出root帐号，回到firefox帐号。然后到/home/firefox/ms/UNIX目录，运行下面的：
./Install
3、开始按提示安装了
1）、指定你要Materials Studio安装到的目录，比如/home/firefox/MaterialsStudio
2）、下面就是指定你所需要安装的模块了，根据自己的需要选择，当然也可以全部选上
3）、然后指定你License_Pack所在的目录，我们假定也是放到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack目录中，那么先建
立这样的目录：mkdir /home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack
接着按提示Enter。开始安装Licens_Pack了。
4）、下面把你所得到的licene文件msilic.lic拷贝到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses目录中，并改名为
msilicense.dat。
5)、把/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses/msilicense.dat完整的文件名按提示输入。这些完成后。就基本
安装好了。下面就是把gateway运行起来。
4、到/home/firefox/MaterialsStudio/Gateway目录，运行下面的命令：
./msgateway_control_18888 start
提示说Gateway start succeeded - running as process xxxx。后，就启动成功了。
5、在ie的地址栏输入，http://127.0.0.1:18888/ ; 则页面会显示该机器上已经安装好的计算模块
基本就安装成功了。(注意之处：不要用root安装它)。
7、问：我想对NaYF4的电子云分布进行模拟计算,请各位高手指点怎么计算??
如果有NaYF4的结构的话,请分享一下.
答：如果是晶体的话，可以找相关的文献看晶格常数和原子坐标，自己构建模型后计算
如果没有文献，可以上无机晶体结构数据库ICSD查询，如果查到，直接导出来
就可以用ms算了
电子云分布算一下电子密度就可以了
可以用dmol和castep
如果要某个轨道的电子云，dmol算homo－lumo上下若干个轨道
castep算能带
最后那visulizer看电子云密度图就ok了
8、问：各位高手请教一下用demolJ计算分子轨道怎么看HUMO,LUMO图，其中的黄色蓝色代表什么啊，谢谢了
答：dmol计算的时候选择properties里面的orbitals
把homo和lumo选上
然后计算，算完以后打开analysis对话框
选择orbitals，就看到你算的homo和lumo了，然后import就在模型中可以看见homo和lumo了
9、求助有MS并行计算经验的朋友解答一下
我虽然在LINUX CLUSTER并行成功了，但是并行的时候CPU计算利用率很不均衡也不稳定
有时候100%有时候0%
而且计算到一定程度的时候会变换运行程序在LINUX中的进程名
换了一次之后CPU使用就开始出现不均衡的情况，有一个CPU 90% ，别的都是2-5%的样子进程处与sleeping状态只有那一个CPU在RUN
另外说一下我每个节点的硬件配置相同，用的是CASTEP模块，K点数是CPU数的整数倍，但是算能带的时候不知道如何调节K点数目，
不均衡不知道是不是算能带的时候导致K点在每个CPU上分布不均造成的
还想问一下 我各个节点都是同一个交换机下的机器，NFS的效率如何评估
答：A、你应该看看内存的使用率,一般如果内存不足,会造成你说的现象
B、所有节点空闲内存都在50%以上啊，发现只有一个节点的CPU占用的厉害 别的不超过10%
C、你选用的几个cpu进行计算,如果是一个,那就是你发生的问题原因,如果不是一个,而是选择几个cpu进行计算,那么应该是节点之间
的通讯问题了,这需要进行机群的的调节了
10、问：CASTEP能算pdos的自旋情况吗
答：可以计算体系的自旋态密度
alpha和beta分别为自旋向上和自旋向下
total spin是总自旋
计算的时候必须把自旋极化－spin polarized 选上才能画自旋态密度
11、问：大家帮忙看看这是什么问题
我再用demol计算动力学的时候,不管怎么设置参数它老出现这个提示
Error: SCF iterations not converged in 50 iterations
Message: SCF not converging. Choose "Use Smearing" on DMol3 SCF panel
or set "Occupation Thermal" in the input file
You may also need to change spin or use symmetry
Resubmit DMol3
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
请教高手这是什么原因啊?
答：SCF not converging. Choose "Use Smearing" on DMol3 SCF panel
or set "Occupation Thermal" in the input file
无法收敛，加大计算步数。
你错误的原因是体系在50步内不能收敛,你可以增加收敛计算步数,比如增加到100
系统提示你改变"Use Smearing"和"Occupation Thermal" 的设置参数(这两个参数在设置对话框中),还提出建议让你改变自旋和对
称设置来试一试。
不收敛，解决方法一加大圈数，DMol3 calculations－》electronic标签下More选项－》SCF选项，中Max. SCF Cycles加大，最多
1000圈，如果1000圈收敛不了
就用方法二，加大smearing
在SCF标签下把orbital occypancy下面的勾打上，然后设置smearing
设置重小到大逐渐增大，smearing如果很大，虽然能收敛但是最后的构型有问题。
做MS计算，我的感觉是没有必要一步算到位，就是说你的计算精度（能量，力等等）可以一步一步来，或者是smearing慢慢变小，这
样容易收敛些。
12、新手请教几个不专业的问题
1.(1x1)CO中(1x1)是什么意思？
2.态密度、能态密度和电子态密度的区别？
3. K││-resolved是什么意思？
4.如何在半导体上建金属表面？
5.如何翻译？
supercell geometry
the Vienna ab-initio simulation package (VASP)
the generalized gradient approximation
the plane wave expansion
structural relaxations
a tight-binding linear muffintin orbital (TB-LMTO) method
the TB-LMTO method
the principal-layer Green’s function technique
the K││-resolved transmission
6．K││-resolved DOS at the Fermi energy这句话怎么理解啊？
7．用MS能不能计算一个体系的电导？如何去算？
答：1. (1×1)表示的是表面的构型，2×2是(1×1)的四倍，也就是x和y上分别用两倍单位平移定义表面的晶格常数a和b，c轴与表面
方向平行，c的大小取决于原子层和真空层厚度
2.应该是没有区别，可能是称呼不同而已。
3.不清楚什么意思
4. 用ms里面的layer builder构建界面，基底为半导体，半导体上长金属层是通过layer builder构建的
5. supercell geometry——超胞结构
the Vienna ab-initio simulation package (VASP) ——维也纳从头算模拟软件包
the generalized gradient approximation——广义梯度近似
the plane wave expansion——平面波展开
structural relaxations——结构弛豫
a tight-binding linear muffintin orbital (TB-LMTO) method——紧束缚线性丸盒轨道
the TB-LMTO method——紧束缚线性丸盒轨道方法
the principal-layer Green’s function technique——？
the K││-resolved transmission——？
6.不是很清楚，没有上下文
7 先计算出态密度。然后通过由玻尔兹曼方程推导出的电导率公式来算,见固体物理。提供两篇参考文献是做输运系数的计算的：
Georg K.H.Madsen, David J.Singh. Computer Physics Communications 175 (2006 67~71.
Philip B. Aleen ,Warren E.Pickett, Henry Karkauer. Physcical Review B 37 (1988) 2721~2726.
13、请问： 在用CASTEP计算材料空位缺陷时，如何才能实现只取一个空位呢？
答：降低对称性，再DELETE一个原子就可以了
在build下的symtrey有make P1
不是降低对称性，是构建超胞
make supper cell
然后就可以删去一个原子了
正常的话如果晶体是原胞，直接删除一个原子可能造成很大影响
可以建大一点的超晶胞(比如2×2×2超晶胞)然后删掉一个原子，这样比较合理，
毕竟缺陷浓度是很低的。
14、[求助] MS是否可以做原子数在10-20个左右的簇合物的结构模拟
我想得到一些原子数在10-20个左右的一元或二元原子簇合物的低能构型。
MS里的分子模拟功能是否可以模拟出一些能量局部最小化的构型？
如果不行的话，麻烦熟悉这方面的虫子给推荐个软件，最好是免费的。
我的要求很简单，就只要找到低能量构型即可。
手动直接构建实在是太麻烦了，而且说服力很低。
谢谢指教！
答：A、可以，dmol模块可以达到你的要求
B、感谢楼上各位。
不过我琢磨了半天，好像无论是Gaussian还是MS,都是要给定基本定型的构型，然后进行优化后获得更精炼一些的构型。
我想做这样一件事： 已知原子数为 10 的构型，第 11 个原子任意放置，然后程序自动变化第11个原子的位置，甚至变化 11 个原
子的位置 （既第11个原子对其他10原子的构型进行微扰）得到不同能量的局部的低能构型。
自己琢磨的，肯定很多不足，不是否有相关的参考资料。还请赐教，
15、ms discover停电后如何处理
ms discover算了一个星期，还有三天就算完了，结果停电全没了
重开机，启动ms，提示有任务非正常关掉，载入auto recover，job explorer里面还显示未算完的任务，server console打不开，无
法查看是否正在算
查任务管理器，没有找到discover.exe进程，只有msstudio的进程，而且cpu占用高
手动停止job，然后从discover的dynamics模块下选中use restart result，但是结果显示完全从头开始算
没钱买ups，很不走运，两个星期内，这种停电出现两次了
请教大家有什么好的方法，从断电时的数据开始接着算
谢谢
答：如果你在dynamic中trajectory的选项里save选择了full，那么在重启动时，在restart选项里，选中use restart date选项，就
可以了。
16、求助：黄色和蓝色的电子云代表什么问题
请教各位一个问题，在MS的Dmol3下计算能量，在分析里查看HOMO和LUMO轨道的电子云的计算结果时，有两种颜色，默认的是黄色和
蓝色。这种颜色的不同代表什么意思？
还有一般用HOMO和LUMO轨道的电子云说明什么问题啊？我看很多文献说什么(π-π)派-派跃迁就是3.1415926所代表的那个希腊字母
，这里不知道怎么输入。还有（σ-σ)西格玛-西格玛等等，学习化学的人应该能够了解，可以从这上面看出来吗？
答：A、其实两种颜色的电子云不是代表homo和lumo的，只是说这个地方波函数是正号还是负号。因为对于电子云来说，其实是波函
数的平方，这个地方为了区别波函数的正负号，所以引进了两种颜色的电子云
B、在分子进行反应时，最高占据轨道（HOMO）和最低空轨道（LUMO）其有特别重要的作用。
分子轨道对称性守恒原理认为：在反应过程中，当有反应物分子轨道转变成产物的分子轨道时，其对称性始终保持不变，即始终都属
于同一个不可约表示。
如果反应物基态的分子轨道变成的是产物的基态的分子轨道，那么反应就是热允许的。（意即温和加热就可进行）
如果变成的是激发态的分子轨道，就是热禁阻的（意即不可能用温和加热的方法促其进行）。
如果反应物受光激发后由电子占据的分子轨道（激发态轨道）转变成产物的基态分子轨道，这一过程就是光允许的（意即用适当的光
照就可使其进行）。
若转变成产物的更高激发态分子轨道，就是光禁阻的（意即无法用光照促其进行）。
17、请问MS计算能带的问题
由CASTEP或DMol计算得到的能带，要看能带的带系宽度，是怎样看？
是默认费米能级为0吗？那就是只看0附近的宽度吗？
答：A、0两边的宽度，最高占据和最低未占据之间的宽度就是带隙
B、我没有仔细的看过castep的能带，但是看过课题组的人做过报告。
我印象中，对于非金属，castep的费米能级是在价带顶，找出价带顶最大的那个能量和导带底对应的最小的能量之差，就是带隙吧。
至于有的说dos看带隙，这个不大可靠，要看你取了多大的展宽因子，展宽因子大，非金属也变成金属了，没带隙。
另外对于dmol来说，何来什么能带 全部分子能级，不过可能有gap，要从homo-lumo的差值去算gap
C、横轴是布里渊区的高对称点，与晶体的对称性有关
纵轴表示能带的能量。
带隙可以分成直接带隙和间接带隙
直接带隙就是0eV上下最高和最低两个能带在某个高对称点(如G，X、R点等)之间的能量差。
间接带隙就是0eV上能量最低的能带上的最低点的能量值减去0eV下能量最高的能带的最高点的能量值。
18、什么是Overlap populations？
在一篇文章上看见
?Table 2 Bond distances (A? ) and Overlap populations (/E/in brackets)
TiO2 TiO2/Sn6c TiO2/Sn5c TiO2/Sn6-in TiO2/Sn5-in
Ob–Me6c 1.831 (172) 1.963 (220) 1.83 (165) 1.831 (172) 1.832 (171)
Op–Me6c 2.066 (86) 2.107 (32) 1.989 (64) 2.070 (84) 2.069 (83)
Op–Me5c 1.938 (122) 1.912 (114) 1.995 (139) 1.988 (123) 1.933 (120)
O1–Me6c 2.065 (86) 2.165 (86) 2.097 (117) 2.072 (115) 2.086 (119)
O2–Me5c 1.853 (130) 1.854 (119) 2.006 (122) 1.865 (134) 1.890 (112)
O1–Me6-in 1.936 (160) 1.950 (142) 1.983 (163) 2.056 (177) 1.968 (161)
O2–Me5-in 1.968 (83) 1.961 (84) 1.950 (96) 1.976 (86) 2.047 (90)
请问Overlap populations 是什么？如何得到的？
答：A、Overlap populations
重叠布居
CASTEP计算性质时的population选项可以算
B、重叠布居
相当于键级的概念
一般来说，正值表示成共价键，正值越大，共价性越强
0表示纯离子键。
负值表示反键。
主要用于定性分析。不同的赝势、泛函计算的结果可能有差别
19、请教一下
这些数据在那？
您能把您算过的这部分给贴上来吗？
CASTEP计算性质时的population选项这个我已经算了
但是我找不到它在那
谢谢
答：CASTEP 中计算的时候选择properties里面的population analysis下面的
bond population 计算得到的结果除了有atomic population以外还有就是bond population 也可以叫overlap population
在.CST或者.CASTEP文件最后部分。
20、用MS需要什么样的配置？谢谢！
老师打算买一台新的电脑做计算，我不知道一般需要什么样的配置就可以了！希望大家多提供点信息！谢谢了！
答：A、双核 至少奔D 2.8GHz 1G内存
高分子结构 最好准备买服务器！！！！
B、楼上的，没那么夸张吧？
CPU好像用不太多啊，一般的30-60原子有个普通双核也够用了吧？我没感觉出来双核比P2.8快多少啊？
你非要算蛋白质的话，那服务器也肯定不够。。。
内存大些倒是真是，应该需要2G也不嫌多的！
C、我觉得看你做什么体系
你如果做简单的分子体系
用demol可以解决的
谱图电脑夜可以的
如果算晶体
那必须是搞配置的机子
D、关键是cpu，内存，和硬盘
ms计算的结果还是蛮大的，我的硬盘都满了
要速度的话cpu双核可能没有单核快，因为并行效率在windows下好像不是很高
内存大是必须的，2G基本上可以，如果4G更好，反正现在内存也不是太贵
尽量多加点内存把，否则你想算一个稍大的体系，往往发现内存不够，确实够郁闷的。^_^
21、问：模拟晶体表面吸附时，怎么样才能做到只允许垂直于表面方向弛豫，而平行表面的方向不允许呢？是用“Modify--
Constraints”实现的吗？如何实现？
答：就是用“Modify--Constraints”
步骤：第一：选择要加限制的原子
第二：打开constrain对话框
第三：设置固定XY方向不考虑弛豫，实际上就是在x和y方向的笛卡儿或者分数坐标前打勾即可
22、问：与计算速度有关的都有什么因素，我计算的时候，CPU利用率约为百分之五十，刚开始出了几个点，可是后来好几天也没出
一个点，而且job explorer 显示是running,不知道怎么回事？
答：与计算速度有关的因素：cpu速度，内存大小，缓存多少，硬盘和主板接口速度等。
不知道你是用winxp版本还是linux/unix版本
如果是winxp版本，可能cpu是双核/双线程的，你交作业的时候选择单cpu
没有选择用2个cpu，所以cpu利用率大概在50％
23、请问我在CASTEP中计算掺杂后的模型，能用Reflex模块中XRD在计算吗？我直接将CASTEP中的.xsd文件激活后使用了Reflex结果
感觉很不对。
向各位请教！谢谢 我就是建立了一个结构.xsd，然后选了那个模块计算，出来的结果感觉是非常不合理的。你能给我举个例子吗？
答：新建一个文件，导入数据库中的FeS2（pyrite）
在reflex里面选power diffraction
设置xrd谱图的范围，靶的种类等等
点caculate
就ok了
24、问：如何将MS的car文件装换为xyz文件， 坐标比较多。
答：利用MS的 Export 输出为mol 格式的文件
然后利用Hyperchem打开上面的输出文件
另存为xyz文件即可
25、Dmol计算的频率如何看明白啊？
偶用Dmol3算体系的能量，算了其频率，输出文件中一大堆数据看不懂都是什么啊？哪里有详细说明吗？help里好象没有啊。不知道
有这方面的文献吗（中文最好）？请高手们指教啊！
答：性质中频率是算声子的。
最后给出的振动模式 vibrational mode
输出文件主要看outmol文件，文件最后部分有振动频率的数据
如果不是周期体系，且假设体系有N个原子，则给出3N－6个振动频率
其中正值表示稳定振动，负值（虚频）表示不稳定振动，即振动将导致体系能量下降
如果是晶体则有3N个振动频率，其中有3个为刚性振动，频率接近0，表示所有原子沿着相同方向振动。除了振动频率的数值（振模频
率），还有振动的本征矢，每一个频率对应一组本征矢，本征矢表示原子的振动方向（x，y，Z）和幅度。
当发现晶体具有虚频的时候，那么原子按照本征矢方向振动，体系能量下降，会导致结构相变发生。
注意，dmol振动性质的计算并没有考虑电场和原子位移的耦合作用，没有考虑LO和TO分裂，而且对于晶体而言只能算布里渊区G点的
振动频率，而不能计算其他点的振动频率。
完毕
26、问：在计算的过程中CPU利用率变为0，重启以后任务还显示再计算，单CPU 利用就是0，再开始新的任务利用率就不是0 了，这
是为什么？怎么解决阿？谢谢了！
答：虽然软件界面显示在run，但此乃假象也！！cpu为0肯定是没算了。之所以还显示在算，主要原因是你的内存可能不够用了，电
脑不能正确反应实际情况而已。
正常现象，如果交个作业，然后把进程杀了，还显示正常运行，但是运行无法结束
也没有结果。所以看作业是否运行，不单单得看网关的运行状态，还得看cpu的利用率
还有两种可能
第一：就是算完了，网关的内容却没有下载到本地目录。
比如，交一个作业到服务器，算完以后，服务器的cpu利用率变为0，然后
由于网络原因，服务器数据往回传输的时候突然断网，这样可能数据就无法传回来了
由于传送指令发过一次以后，服务器相关的数据目录就发生变化，因此，在网络好的时候选择achieve，可能数据仍是不完整的。
第二：交完作业以后，网络就断了，在这个过程中作业因很多原因死了，cpu利用率为0，此时如果网络好了，在连接服务器，状态不
是完成状态，所以可能一直是runing状态，因此不会有结果。
如果服务器和客户端是一个机器，也可以发生第二种情况。
27、请问：
在CASTEP计算中，k point设置不同，对计算结果有什么影响？
k point设置表示什么？
如设置为4乘4乘4，和设置成9乘9乘6有什么不同，区别在哪？
答：很难一般地回答，只能给出一般建议。注意：一定要检查k网格，首先用较粗糙的网格计算，接下来用精细的网格计算。通过比
较两次的结果，决定选用较粗糙的网格，或是继续进行更精细网格的计算，直到达到收敛。金属体系需要精细的网格，绝缘体使用很
少的k点通常就可以。小单胞需要精细格点，大单胞很可能不需要。因此：单位晶胞内原子数很多（比如40-60个）的绝缘体，可能仅
需要一个（移动后的）k点。另一方面，面心立方的铝可能需要上万个k点以获得好的DOS。对于孤立原子或分子的超晶胞，仅需要在
Gamma点计算。对于表面（层面）的超晶胞计算，仅需要（垂直于表面）z方向上有1个k点。甚至可以增加晶格参数c，这样即使对精
细格点，沿z方向上也只产生一个k点（产生k点后，不要忘记再把c改回）。
k点主要是用来积分计算用的
例如对于连续的波函数，实际的计算是无法采用基于函数的表达式进行计算，而是基于离散数据进行计算，所以需要将空间进行划分
，如果空间中的离散点划分得越细，那么最后通过数值积分得到的结果就越接近体系的真实情况，如果空间的划分越粗糙，计算的结
果越不准确。k点面实际上就是在倒易空间按照a，b，c三个方向进行划分
因此用三个数值表示k点面，第一个数值越大，说明沿着a方向的数值积分点数越多，计算精度越高。在实际计算中，需要进行测试，
一般是逐渐增加k点数，计算能量收敛曲线。
对于表面相关计算，k点面中第三各数值往往取较小，一般为1或2，就是不考虑z轴方向上的周期性。
28、请教：
运行DPD模块，如果运行了1000步，结束后，想继续运行下1000步，怎么办？
是要重新setup中，设定2000嘛？有办法让他在1000步基础上继续运算嘛？
答：Restarting a DPD run
At the end of a DPD run and at specified intervals during the run, DPD saves a restart data file, .Dpd_rst. This
file is downloaded at the end of the run and contains the positions and velocities of all the beads. It enables you
to restart the simulation from part way through or at the end of the previous DPD run.
To restart a simulation
1. Select the mesoscale trajectory document from the run you wish to restart.
2. Choose Modules | DPD | Calculation from the menu bar.
3. Load the parameters from the run you wish to restart, by double-clicking on the associated Settings file
in the Project Explorer.
4. Check Restart.
5. On the Setup tab, choose whether to Reinitialize averages.
6. Change the length of the run.
Note. The time step counter is not reset between simulations. Therefore, the restarted DPD simulation will run for
the Number of steps specified on the Setup tab less the number of steps already completed.
7. If desired, specify new output options, simulation conditions and interaction parameters.
8. Press Run.
Note. The Restart checkbox is enabled only if a restart file is present. However, this file cannot be seen in the
Project Explorer window. You can use the Windows Explorer to verify that the file exists.
Note. When you restart a simulation you can modify some parameters such as the length of the run, output period
options, simulation conditions, interaction parameters, etc. However, others, such as simulation cell size, grid
spacing, cell contents, etc., must remain the same as they were before the restart. These options are disabled when
Restart is checked.
勾选 restart
在点中最后那个.xtd图形文件的条件下,run
你举的例子应该把步数改为 2000
29、求教CASTEP中几何优化问题
1. 几何优化可以在多大范围内改变原子的位置啊？感觉每次优化后的位置调整不是很多啊？
2. 大家在算能带和态密度的时候的时候是用单点能计算给出能带还是几何优化给出能带啊？
另请问WINDOWS版的KEY和LINUX版的KEY能不能混用 求一个MATERIAL STUDIO 4.0的LINUX版本的KEY一个 QQ29988789
十分感谢
答：问题1
几何优化的目的是寻找压力最小的几何结构，原子位置改变不多是因为你建的构形比较合理，比如直接从软件数据库中导入的结构在
0压力下改变很小，如果加个压力就会变化大一些。
问题2
一般都是优化的时候算，如果你想算特定构形的能带或其它性质，就可以用单点能；
30、请问CASTEP计算氧化物磁性,例如CuO的,Modify--------Spin里怎么设置?
Dmol 计算自旋设置时,Multiplicity设置为Auto是系统自动寻找自旋多重度
吗?Multiplicity是设置Auto好,还是设置具体的值好?
答：Multiplicity设置为Auto是系统自动寻找能量最低、最稳定的自旋多重度
31、请教关于MS castep的几个问题
希望各位大侠帮忙，
1 计算表面过程中，计算成功，但是castep结果中提示
------------------------------------------------------------------------ <-- SCF
SCF loop Energy Fermi Energy gain Timer <-- SCF
energy per atom (sec) <-- SCF
------------------------------------------------------------------------ <-- SCF
Initial -1.24983546E 004 5.76278315E 001 55.44 <-- SCF
1 -1.59703259E 004 -1.69750335E 000 2.89330938E 002 197.97 <-- SCF
Warning: There are no empty bands for at least one kpoint and spin; this may slow the convergence and/or lead to an
inaccurate groundstate. If this warning persists, you should consider increasing nextra_bands and/or reducing
smearing_width in the param file. Recommend using nextra_bands of 11 to 24.
2 -1.62762609E 004 -6.23532889E 000 2.54945870E 001 356.62 <-- SCF
Warning: There are no empty bands for at least one kpoint and spin; this may slow the convergence and/or lead to an
inaccurate groundstate. If this warning persists, you should consider increasing nextra_bands and/or reducing
smearing_width in the param file.Recommend using nextra_bands of 11 to 24.
2 要在表面上吸附小分子，如H2 ，或者CO，可以选择不同的位置，比如top, bridge, 等，但是如何确定具体每个原子的position?
直接根据原子半径按照几何知识来计算吗？另外在计算表面吸附total energy的时候，是否选择上"optimized cell" ?
如果不选择，就应该是每个原子的位置保持固定，那么如何知道所确定的吸附原子的位置是对的呢？
3 进行计算时选择上"spin polarized", 对于不同元素，其参数如何设置？"initial pin"和"charge"。
答：A、你把empty band里的空带数目增加试试或者减少smearing 的数值，这两个办法都可以增加精度。
你先把晶胞优化完成后再算吸附，只是注意两次计算所用方法要一致。确定原子的position是要根据能量高低来确定。
B、第一个文标题： 从他提示的关键词来看
NEXTRA_BANDS
This keywords controls the number of extra bands in addition to the number of occupied bands. These extra bands are
necessary for metals or finite temperature insulators. The default value for this parameter is 0.
SMEARING_WIDTH
This keyword determines the width of the Fermi-surface smearing if the system is being treated as a metal.
因为不知道你的具体物质，所以我猜测有两种情况，一是你的结构有问题。二是因为你的结构的特殊性，所以你默认的设置计算是不
可信的，就如提示而言。如果你的结构没问题，你可以按照提示调整一下参数算一算。
.param为后缀名的文件里，有以上两个参数，你打开调整一下，然后计算你调整后的文件，就是点Files，然后Run Files。如果你调
整后没有提示，就说明你的结构需要调整参数。
第二个问题
原子在表面吸附就那么几种位置，你都要计算试一试，找到能量最小的吸附位置。至于吸附原子放在什么位置，你可以通过原子半径
计算，这样计算能加快你的收敛速度。如果不是计算，而是大致放个位置，收敛就和你放的位置有关，如果放的位置很接近收敛位置
，就会很快收敛。因为这这两种方法最终的计算收敛后，他们的位置应该是一样的（误差范围之内）。至于计算表面吸附total
energy的时候，是选择"optimized cell"还是固定表面，我看文献上这两种都有，因为这要和你计算的体系有关，如果体系不是很大
，应该选择optimized cell，这样更近现实验情况。
第三个问题，initial Spin设置，MS提供两种方法，你可以参考。
There are two ways of defining the initial magnetic configuration: either specify the total magnetic moment per unit
cell, which gets uniformly distributed over the space, or provide detailed information on the absolute values and
direction (up or down) of the spins for each atom in the unit cell. The former method can be used for relatively
simple systems where only two solutions are expected (magnetic and non-magnetic). The latter method, which specifies
the spin state of the atoms in the system, is more general and gives much more flexibility. It is possible to set up
ferromagnetic, ferrimagnetic, or antiferromagnetic calculations to get different starting spin arrangements.
不过我记得好像他们公司说过，一般formal spin都可以，除非是计算一些磁性物质，比如Fe、Co这种。目前我都是默认。至于
charge就是系统的电荷，如果不带电就是0，实际是多少就是多少。
自己的一点拙见，仅供参考
C、问题3
MS中的帮助文件中的内容是：
The initial value of the spin moment is quite important for spin-polarized calculations. It should be as close as
possible to the expected value. You can evaluate the spin moment using the high-spin approximation combined with
formal charges. For example, if there are ten Fe3 ions in the system, you assume that each of them has a valence
electronic configuration of d5 (the neutral configuration is s2d6) which corresponds to five unpaired electrons per
Fe ion. The initial spin value for the CASTEP calculation is therefore fifty.
我如果计算Ni， s2d8 应该是2个 unpaired electrons, 所以，设置2*supercell中的Ni个数， 对吗？
D、通常磁性物质需要考虑spin是因为体系中有unpaired electrons。所以spin=unpaired electrons 1，是根据有无未配对电子设置
。你可以几种都试试，以能量低的为准。
E、从帮助的说明来看，应该是设置2*supercell中的Ni个数
另外就是注意你是周期性系统，边上、角上的原子不能算做一个原子，可能有的只是半个会四分之一个。
F、1 这样的提示我在计算掺杂Eu的体系中也见到过,当时也增加了empty bands,另外smear值有人说调大有人说调小,反正我都试了试
,效果都不是很好.我想可能是结构的原因,结构如果不合理的话其他调整不是那么明显.
另外也想补充个问题:我发现跟我没有调整这两个参数的计算结构比较,无论是band structure还是dos结果都有变化,不知道那样才是
合理?
2 我看到一些资料表面吸附时,通常的做法是把结构先optimized cell,然后用优化后的结构参数吸附分子模拟.位置先估计一下,然
后限制下层原子位置,表面的可以弛豫.
3 "spin polarized"的设置我就没怎么接触过了,看lz提供的ms帮助,受教了,谢谢
G、第二个问题：
吸附时每个吸附位都要考虑，而初始位置到底是怎么样的，一方面要看文献有没有类似的计算，另一方面就是经验的问题了。
在晶胞优化的时候才选上"optimized cell"，而在计算表面吸附的时候是不能选的。至于固定几层原子，这和你的体系大小有
关，一般来说体系越大就可以多固定几层，体系小就少固定几层，固定原子越多，计算效率就高，花费时间相对就较短，这与你的初
始构型也是相关的，构型好计算就快。如果是在不知道固定几层，就参考文献值，总不会错的，或者固定一半（小体系）或三分之二
（大体系）。
F、总结一下：
问题1
基本上是找到了问题，而且必须解决，通过软件的提示和大家的讨论，可以增加bands或者减小smearing，我会先试试减小smearing
，看看结果如何
问题 2
看来大家大多数认为在吸附的relax过程中不选择optimized cell，原子的位置靠几何计算得到。我先这样试试，但是我还有一点疑
虑，就是如果不选择optimized cell，吸附分子或者原子的位置是不是就保持固定了呢？csfn认为位置也不是保持固定，大家有经验
的可以谈谈。我算完之后其实测量一下就知道到底固定不固定了：）
问题3
争议还比较大，
1 不设置，保持默认，但是默认的initial spin是0，这样不知道对不对？
2 设置spin=unpair electron 1，这个不知道是什么意思？有没有具体文献。
3 按照帮助文件设置，但是要考虑计算中超胞中很多原子是共用。
I、问题2
“但是我还有一点疑虑，就是如果不选择optimized cell，吸附分子或者原子的位置是不是就保持固定了呢？”
这个我应该说可以肯定的，吸附分子或者原子的位置是没有保持固定的，但是你的的单包的体积和形状是改变的，假设你是a，b，c
为10，10，10的边长，优化过后，还是10，10，10。但是你选择“optimized cell”，你会发现变化，可能是9，9，9或者是11， 11
， 11，就是说这个盒子的边长，体积等都在变化了。那么不管你选择还是不选择这个选项，你的原子都是没有固定的。固定的只有
两个情况可以固定，一个是对每个原子采用了固定的设置，这个是一个小技巧，你不去操作是不会自动加上的。第二个是你选择任务
的时候，没有选择结构优化的任务，比如算能量，那么这个时候结构不优化当然原子坐标不变化。应该是比较清楚了吧 这些我是可
以肯定的，不大信的话，你可以做一个小体系测试嘛。
问题1，和问题2，你自己判别了，好像不是什么问题了。总之这个软件是比较智能化了，只要你的结构设置合理，吸附的位置放置合
理，不太离谱，一般来说计算采用它的默认设置都是比较好的。
J、spin=unpairi electron 1，是来自量子化学或者第一性原理计算本身，说明书中不会有介绍。可以参看原子物理学关于角动量
耦合的章节或者读读潘道凯的物质结构。实际上spin=从1到unpairi electron 1的所有可能值，这是因为实际上我们事先不能肯定
它们已经配对。到底最终选择哪个数值需要看能量确定。在CASTEP中考虑spin主要是因为需要处理掺杂、磁性、以及吸附离子等电子
没有完全配对的情况。
K、我讲讲我做化学表面反应计算的步骤吧：
1 晶胞优化；就是搭建你要的基底晶胞并进行优化，这个时候选中optimized cell，这时会给你优化的晶胞参数，以后就不要在去管
了；
2 切面：一般是切低指数表面，优化表面后计算表面能.表面切几层，这要根据实际情况分析，我上面说过，层数越多计算量越大，
同时还要看你固定几层，这个楼上的说得比较详细，只是我看了下文献，好像两个表面的比较少。一般表面能越低，表面越稳定。
3 吸附：把吸附原子或分子放到目标基底上，这个初始结构很重要，给得好则很快收敛，否则收敛很慢甚至不收。初始构型也要多方
面考虑，各个吸附位各种吸附构型还有不同基底等等。
一般最好是先算构型优化，再算能量及DOS等其它性质，计算速度要快一点吧。至于其它参数例如自旋（看你的体系有没有单
电子）等的设置，一般参考文献就好。
L、这些问题已经基本解决,谢谢大家关注!
问题1, 改变empty band的值,按他的要求设置到11-24,就可以解决,但是单纯减小smearing的值似乎解决不了...
问题2 uncheck 'optimized cell"
问题3 好像这个参数并不是影响很大,因为这只是个初始值, 欢迎大家继续套路讨论这个问题,有什么经验的说说吧
M、问题1
我也碰到过这样的问题，一般只要按提示要求改一下空带个数就可以了
问题2
一般是先优化胞，再切表面，加上吸附原子，再优化，第一次优化要选optimize cell，第二次不选,一般要固定最底层的几层原子;
加原子时，如在bridge时，与表面平行的方向上的坐标为表面上两最近邻原子的中点，垂直方向上自己根据实验值或其它的估计，估
计不好就多算一会，top位置就在表面原子的正上方;
问题3
一般算的胞的所有原子的电子个数和是奇数是选spin polarized，偶数时不选;算磁性的时候就看情况了，那两格参数一般不用设置
，如果不是带电体的话
32、怎么可以计算比较准确的扩散激活能？用TS RESEARCH 算的时候所有的基体原子都不能移动，与实际过程不同，得到的激活能准
确嘛？有什么方法可以解决这个问题嘛？
谢谢赐教！
答：A、做表面相关的计算不能优化cell把，如果优化cell的话基本上是算不了了
表面＋真空层，晶胞体积太大，算不动的。
一般是先优化晶胞的平衡构型，然后在切表面，
在进行相应计算
B、谢谢各位的建议！可是我想算体扩散，比如在H在Ti中的扩散，先优化含氢的一个构形，再优化另一个构形，可是它要求所有基体
原子不动，只有扩散的原子运动，所以优化的时候就得让基体原子都不动，我不知道这样算的结果是不是合理
C、体扩散应该难度不大，个人认为远离H的原子可以固定，在H附近的原子不能固定，要不然结果可能不具有可信度。如果不好确定H
附近的原子，则建议全部不固定。
D、楼主说的有点像渗碳 渗氮。这是一个扩散穿质的过程，解一个二阶偏微分方程，解的准确性关键在一些系数的选取，像扩散系数
D。不知道第一性原理能不能算这种很具体的系数。
33、请教DMol3 Calculation 出现的问题
我是新手，DMol3 Calculation 点Run后出现一个对话框
Failed to create job for the server: DMol3.
No default location defined for server DMol3.
Use Server Console to specify a gateway.
答：A、网关没有启动，或者被防火墙拦截了。
如果是winxp系统，把系统防火墙关闭，如果还有杀毒软件的防火墙，
第一次运行，要允许Apache.exe等访问网络
还有一个可能就是你安装的只是客户端，而没有安装服务器段
如果全部都安装的话，第一次运行你可能没有让网关启动。
B、根据我的经验如果在安装的时候没出什么错误的话是不用重装的，这可能是serve console里面出错了，你试试把以前的sever删
掉，再新建一个，选服务器（如果是自己的机子就输入你的计算机名），在这之前确保网络是通的，防火墙关掉（WINDOWS自带的也
关掉），装完之后test一下。如果这样不行的话，你可以在cmd命令行中输入：ping IP地址，看一下网络是否是通的；ping 服务器
名字，看一下名称解析是否有问题。出现这种问题往往是由于网络的问题，比如在运行任务的时候，修复一下IP地址，马上会出现问
题。奇怪的是在服务器是自己的电脑的情况下，在新建SERVE 的时候也必须关掉防火墙。
C、可如果有防火墙的话,到防火墙里面开启相关项如Apache.exe,alg,lmgrd,perl,msi等,看看行不
34、请问能在castep中得到内聚能吗?怎样得到,请高手指教,谢谢
答：1。如果是结合能，castep和dmol都可以算
dmol能直接给出结果，在outmol文件中。
castep得自己算。
算法：晶体的总能量(final energy)－（N1×晶胞中原子1个数原子＋N2×晶胞中原子2个数原子＋。。。。），就是原子成键后导致
体系的能量下降。
原子的能量在.castep文件开始算赝势的地方找。
35、请教MS中切面几何优化和原子之间的配位
1.我用MS-中DMol3切面做几何优化，假如主族氧化物A2O3,切三层，五层，七层，分子式分别为A8O16,A16O28,A24O40,五层优化始终
不收敛，设置自旋激化，和无自旋激化都试了就是不收敛，其他都是默认值。请问应该怎样设置？为什么？
2.体相O是四配位的，A是六配位的，切面时第一层是O第二层是A出现两种情况，一种O是两配位，A是六配位,另一种O是两配位，A有
四配位和五配位，做吸附气体小分子哪种切面好，为什么？
谢谢指教
答：A、你看一下你的输出结果，看一看他的收敛程度
如果没有收敛，那就改变一下结构试一试
如果一直是往收敛的方向走，那就增大一下SCI cycles 试一试
也许在多进行几步SCI 就可以收敛
第二问题，这两种情况你都要计算
进行比较，找出最有利的吸附构型，具体那个面容易吸附
积要看你的吸附体，也要看你的吸附质
不同的物质不一样
一般情况下，容易发生在晶面间距较大的面
B、SCI设置为1000轮了,就是每次几何优化第九轮时自洽迭代不收敛,一会儿变小,一会儿变大,不收敛.Smearing为０.００５或０.０
１都试了不收敛．还可以调什么参数？就是想计算表面能看选五层还是七层就可以,选层方面有其他方法确定吗?
选１００面晶面间距是较大，吸附小分子ＣＯ，ＮＯ，ＮＯ２，Ｎ２Ｏ，Ｈ２
ＣＨ４等应该选哪种面？
C、如果这样，五层每次都是第九步不收敛，我觉得可能有一下几方面原因，（自己的拙见，仅供参考）：
一、再检查一下你的结构是不是有问题，七层都可以收敛，说明你的计算机是满足要求的。不会能因为内存不足等原因。建议你先用
半经验优化一下，然后再用Dmol优化，这样l优化后的结构Dmol再优化会收敛快一些，也比较容易收敛。
二、循环次数你已经增大了，如果是你说的一会变大，一会变小，那就是结构在震荡，也有可能说明这个表面结构就是不稳定的。
如果不行，只能调节收敛精度了。
至于选层，没有什么具体要求，一般都是3－6层，这样要你自己计算，一般都是把基层都优化以下，看看表面结构影响到几层。比如
，你有优化的3层，4层结构，发现第三层、第四层对表面影响很小，计算到第三层就可以了。
至于吸附，选什么面。一般情况下首先晶面间距较大的面。但也要具体问题具体分析。比如对CO，一方面看表面是C吸附，还是O吸附
，还要看是金属吸附还是O吸附，
他们会选择最有利于吸附的晶面。比如是金属吸附C，那就会选择含金属原子比较多的面。
D、跟smearing 设置有关，你可以试一下
smearing从小逐渐增大，就收敛了。不过smearing太大，最后优化的构型可能会有问题。DMOL优化不收敛，一般得设置smearing，你
可以看outmole文件，里面如果不收敛的话会有体系你修改什么参数的。
好运
36、请教用MS计算半导体氧化物的能带时怎样设置路径?
用MS计算半导体氧化物的能带时,More按扭里有K点Path给出有G(0 0 0),F(0 0.5 0),Q(0 0.5 0.5),Z(0 0 0.5),B(0.5 0 0).其自动
的路径是Ｇ－Ｆ－Ｑ－Ｚ－Ｇ，但是得到的能带很乱，请高手指点怎样设置路径能够好些？
答：A、实际能带结构应该是4维图像，而从对称性来考虑，我们关心的仅仅是一些高对称点之间的能量分布，所以一般的结构都是给
出的2维图像。再者，通常意义上能带结构中k-point的数值只有相对的意义。
能带关系就是E_k关系，所以如果在CASTEP中把能带图export成数据格式的话，看到的两列数据分别是k和能量。k对应的数值
如何理解，这个好像不同软件包做法并不一样。CASTEP中将所选的所有bandline也就是kpoint-path的长度定义为一，不同区域的宽
度(kpoint-path)对应两个高对称点的相对距离。
如果你使用的是Castep自己默认的，那么他确认的都是高对称k-point，得出的图像E和K-point应该是对应的。你可以自己设
置，但是这样计算，你的出的DOS是不可用的。
你检查一下你的模型是不是有问题
最好能够把你的图传上，这样好分析原因
B、最后的方法就是所有的点都两两相邻，
比如系统有G，X，M,R四个点
路径如下G－X－M－G－R－X－M－R所有的点都两两相邻
这样反应能带的信息更全一些。
37、请教MS里面的图怎样复制到WORD里面来?
我在MS计算出的图中点复制,然后在WORD 里面粘贴出来的 是一些数据，请问改如何操作呢？谢谢
答：1、你可以利用这些数据在Origin里作图，这种方法你可以调解坐标轴，坐标。然后把Origin里的图拷贝到Word里。
2、利用MS的File菜单下的Export，将你要的图形输出为图形，好像只能输出为bmp格式，然后插入到你的Word里
3、就是利用一些抓图软件，我常用的是UltraSnap，通过抓图软件将你要的图形粘贴到Word里
38、请教
主族金属氧化物切面做吸附小分子要不要考虑自旋极化?
不吝指教
答：A、这个不好说
要看你计算什么物质
自旋极化对他们有没有影响，如果有影响必须考虑
如果没有影响，或影响很小，可以忽略
B、假如A2B3,是主族的,切面三层分子式为A6B12,五层A12B21,七层是A18B30,都不是A2B3的整数倍,考虑自旋极化,五层七层不收敛,是
不是不用自旋极化?
还有要是不用自旋极化,如果做吸附NO,NO 分子有单电子那要不要考虑自旋激化?
谢谢指点!
C、不收敛和用不用自旋极化应该没有关系，不收敛应该检查Cut-off energy、smear、 Band数、体系是否合理等问题
39、请问各位大侠，在很多文章中都可以看到电荷密度图
这是怎么来的？
如何在CASTEP中实现电荷密度图示？？？？
答：A、电荷密度图在ms里面是很容易实现的，首先你在选择计算任务的时候，找到电荷密度的单词，然后选中进行计算。
算完以后，你在分析的时候，选择分析电荷密度，就可以看到电荷密度图示。既可以调节2d也可以看3d的图。
如果你是vasp算的电荷密度图，那么就要程序转换成ms认识的格式，才能导入到ms里面看了，一样是2d和3d都能显示。如果你用
lev00处理，当然也行，那就是origin直接画图，一般可能是等高图多。
B、view--->toolbars--->volume visualization, 可以调出creat slices,这样就可以选择2D 的electron density，然后选中这个
slice，在properties中修改 slice crystal direction(修改所取面的晶向)，修改slice fractional postion(修改你所取的面的确
定位置)，然后从工具栏选择color map, 即可得到想要的面的电荷密度
40、关于价态的问题
我算了一下TiO2的结构
但是它给出的结果如下：
Species Ion s p d f Total Charge (e)
==============================================================
O 1 1.87 4.79 0.00 0.00 6.65 -0.65
O 2 1.87 4.79 0.00 0.00 6.65 -0.65
O 3 1.86 4.78 0.00 0.00 6.65 -0.65
O 4 1.86 4.78 0.00 0.00 6.65 -0.65
O 5 1.84 4.80 0.00 0.00 6.64 -0.64
O 6 1.84 4.80 0.00 0.00 6.64 -0.64
O 7 1.84 4.80 0.00 0.00 6.64 -0.64
O 8 1.84 4.80 0.00 0.00 6.65 -0.65
O 9 1.84 4.78 0.00 0.00 6.62 -0.62
O 10 1.84 4.78 0.00 0.00 6.62 -0.62
O 11 1.84 4.78 0.00 0.00 6.62 -0.62
O 12 1.84 4.78 0.00 0.00 6.62 -0.62
Ti 1 2.24 6.25 2.23 0.00 10.72 1.28
Ti 2 2.24 6.25 2.23 0.00 10.72 1.28
Ti 3 2.21 6.24 2.24 0.00 10.69 1.31
Ti 4 2.21 6.24 2.24 0.00 10.69 1.31
Ti 5 2.25 6.26 2.18 0.00 10.69 1.31
Ti 6 2.25 6.25 2.19 0.00 10.68 1.32
Ti 7 2.25 6.26 2.18 0.00 10.69 1.31
Ti 8 2.26 6.27 2.17 0.00 10.70 1.30
理论上说：Ti应该是＋4价，O是－2价，为什么才是－0。6和1。3多呢？
希望高手指教
答：A、你说的是一个分子式 的价态，而计算的结果是一个晶胞上每个原子均匀分得的电子量是晶胞能量最低的优化结果，从计算结
果可以看到即使是同一个原子价态也不同，这是由于各个原子在空间分布不同。
B、离子键或者共价键之类的吧,共用电子的程度不同.
另外也顺便有个疑问:改变某原子的电荷在计算中有影响吗?
C、这个是否与你定义的原子的半径有一定的关系，如果你定义的O的原子半径大，则所带的电量就大，反之亦然。不知道MS里面是不
是这样，不过VASP里面是这样的
D、前面说的是设置问题
关于你说的计算结果，理解是这样的：
以O1为例子
Species Ion s p d f Total Charge (e)
======================
O 1 1.87 4.79 0.00 0.00 6.65 -0.65
计算以前O1的电子结构是 2s2 2p4， Total ＝6（e ）
计算后O1的结构变为2s1.872p4.79，Total ＝6.65（e ）
-0.65 表明优化以后，O1得到0.65（e ）
E、如果考虑的是纯离子，当然就是＋4和－2了。
但是由于Ti和O之间形成共价键，价带不是完全有O原子轨道构成
而是有O原子和Ti原子轨道贡献构成。这部分贡献可以通过PDOS可以分析出来。
CASTEP中PDOS面积表示电子数。
也就是由于形成共价键，导致价带有Ti原子的贡献，当电子在价带上填充时
填充在价带中Ti原子所贡献的那部分态上的电子划归为Ti原子的电子，这样
由于价带不是纯O原子的轨道贡献，当然不可能得到2个电子，所以也就不可能是－2价。
如果Ti和O是纯离子，也就是Ti的原子轨道在价带上对O轨道的贡献可以忽略，这时候
才可能打到＋4和－2价。
由于Ti－O之间是共价键，所以O和Ti不可能为－2和＋4价。
1、问：用MS构造晶体时要先确立空间群,可是那些空间群的代码是啥意思啊,看不懂,我想做的是聚乙烯醇的晶体,嘿嘿,也不知道去哪
可以查到它的空间群
答：A、要做晶体，首先要查询晶体数据，然后利用晶体数据再建立模型。晶体数据来源主要是文献，或者一些数据库，比如CCDC。
你都不知道这个晶体是怎么样的，怎么指定空间群呢？要反过来做事情哦：）
B、我不知道你指示的代码是数字代码还是字母代码,数字代码它对应了字母的代码，而字母的代码它含盖了一些群论的知识(晶系,对
称操作等),如果要具体了解你的物质或者材料属于那一个群，你可以查阅一下相关的手册,当然你要了解一些基本的群论知识.MS自带
了一些材料的晶体结构,你可以查询一下.
2、问：各位高手，我用ms中的castep进行运算。无论cpu是几个核心，它只有一个核心在工作。这个怎么解决呢？
答：请先确认以下几个问题：
1，在什么系统下装，是否装了并行版本。
2，计算时设置参数的地方是否选择了并行。
3，程序运算时，并不是时时刻刻都要用到多个CPU
3、问：我已经成功地安装了MS3.1的Linux版本，
串行的DMol3可以成功运行。
但是运行并行的时候出错。
机器是双Xeon5320(四核)服务器，rsh和rlogin均开启，RHEL4.6系统。
其中hosts.equiv的内容如下：
localhost
ibm-console
machines.LINUX的内容如下：
localhost:8
现在运行RunDMol3.sh时，脚本停在
$MS_INSTALL_ROOT/MPICH/bin/mpirun $nolocal -np $nproc $MS_INSTALL_ROOT/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe $rootname
$DMOL3_DATA
这一处，没法执行这一命令
并行运算时，出现以下PIxxxx(x为数字)输出
ibm-console 0 /home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe
localhost 3 /home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe
请问这是什么原因？谢谢！
答：主要是rsh中到ibm-console的没有设置
把/etc/hosts改为
127.0.0.1 localhost.localdomain localhost ibm-console
在后面加个ibm-console
也希望对大家有帮助!
4、问：在最后结果的dos图中,会显示不同电子spd的贡献,我想问的是,
假设MS考虑的原子Mg的电子组态为2p6 3s2,那么最后的dos结果中的s,p是不是就是2p,跟3s的贡献.比如更高能量的3p是否可能出现在
dos中?
如果可能的话，在这种情况下,如何区分2p和3p的贡献,谢谢.
答：A、取决于你的餍势
势里面没有3p电子，DOS怎么会有呢？
自然，你的1p1s也不会出现在你的DOS中。
B、我觉得原子没有d轨道但是计算出来的DOS图上有d轨道的贡献，这可能是电子跃迁所引起的，虽然按照教科书上的d轨道上没有电
子，但是不排除有电子跃迁过去，但及时跃迁也应该只是很少的而且一般也都是这样。
C、我考虑的是dos并非指电子出现的几率,而是能级的密度.3p构成导带能级不可能吗?
没有d电子出现d的贡献可以理解是跃迁过去,那是不是也不否认3p的可能?
既然不可能有3p,怎么会有1s1p?毕竟一开始计算中已经做了近似?
D、第一性原理计算高于费米面的能带本来就不怎么可靠的。
现在，计算的带隙小于实验值，很大的原因就来源于价带计算不准。
p能量高于s不太好理解
这里有成键反键的因素
p的反键是有可能小于s的成键的
另外有时候原子电子组态没有d电子的时候计算结果也出现了d轨道
估计是做轨道投影的问题。vasp就有这个问题，但是可以消除这个错误的。
5、问：那位高手能够介绍一下MS中CASTEP的势能模型的适用范围？
比如说LDA的（PWC,VWN），GGA的（PW91,BP,PBE,BLYP,BOP,VWN-BP,PRBE,HCTH），能够简述一下其大致差别更好
答：LDA局域密度近似（LDA）：局域密度近似（LDA）是第一阶梯。它仅仅采用空间点r处的电子密度n（r）来决定那点交换-相关能
密度的形式。交换-相关能密度由密度相同的均匀电子气完全确定。泛函的交换部分就准确的用均匀电子气的微分表达。各种不同的
局域密度近似（LDA）仅仅是相关部分表示方法不同，所有现代应用的局域密度泛函都基于Ceperly和Alder`s在８０年代对均匀电子
气总能量的Monte Carlo模拟。
广义梯度近似（ＧＧＡ）：ＧＧＡ是Jacob阶梯的第二个台阶，将电子密度的梯度也作为一个独立的变量（|∇n(r)|），在描述交换－
相关能方面，梯度引入了非定域性。ＧＧＡ泛函包含了两个主要的方向：一个称为“无参数”，泛函中新的参数通过已知形式中参数
或在其它准确理论帮助下得到。另外一个就是经验方法，未知参数来自于对实验数据的拟和或通过对原子和分子性质准确的计算。
Perdew,Burke and Emzerhof(PBE)以及Perdew-Wang from 1991(PW91)是无参数的，在量子化学中广泛采用的GGA，比如
Becke,Lee,Parr and Yang(BLYP)是经验性。LYP校正采用了密度的二阶Laplace算符，因此严格上讲属于Jacob阶梯的第三阶，但通常
仍然归类为GGA.
6、[求助]Linux上MS的安装问题
我在RHES4.6上安装MS3.0
但是在castep和dmol下的RunDMol3.sh大小为零，没有东西，
同时在share下也没有bin目录，也找不到ms_setuo.sh脚本
请问是什么原因？
相应的出现这样的错误信息：
/home/sript/MSI/3.0/3rdParty/regxpcom: error while loading shared libraries: libcxa.so.3: cannot open shared object
file: No such file or directory
答：假如你有Materials Studio 3.1的ISO版本以及licene.dat。在linux机器上的用户名为firefox。下面是安装Materials
Studio3.1 linux版本的步骤
1、假定把Materials Studio3.1的iso文件mount到/home/firefox/ms目录，切换到root帐号下，然后用下面的命令如下：
mount -o loop /home/firefox/MS_MODELING.iso /home/firefox/ms
2、文件mount上去后，退出root帐号，回到firefox帐号。然后到/home/firefox/ms/UNIX目录，运行下面的：
./Install
3、开始按提示安装了
1）、指定你要Materials Studio安装到的目录，比如/home/firefox/MaterialsStudio
2）、下面就是指定你所需要安装的模块了，根据自己的需要选择，当然也可以全部选上
3）、然后指定你License_Pack所在的目录，我们假定也是放到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack目录中，那么先建
立这样的目录：mkdir /home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack
接着按提示Enter。开始安装Licens_Pack了。
4）、下面把你所得到的licene文件msilic.lic拷贝到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses目录中，并改名为
msilicense.dat。
5)、把/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses/msilicense.dat完整的文件名按提示输入。这些完成后。就基本
安装好了。下面就是把gateway运行起来。
4、到/home/firefox/MaterialsStudio/Gateway目录，运行下面的命令：
./msgateway_control_18888 start
提示说Gateway start succeeded - running as process xxxx。后，就启动成功了。
5、在ie的地址栏输入，http://127.0.0.1:18888/ ; 则页面会显示该机器上已经安装好的计算模块
基本就安装成功了。(注意之处：不要用root安装它)。
7、问：我想对NaYF4的电子云分布进行模拟计算,请各位高手指点怎么计算??
如果有NaYF4的结构的话,请分享一下.
答：如果是晶体的话，可以找相关的文献看晶格常数和原子坐标，自己构建模型后计算
如果没有文献，可以上无机晶体结构数据库ICSD查询，如果查到，直接导出来
就可以用ms算了
电子云分布算一下电子密度就可以了
可以用dmol和castep
如果要某个轨道的电子云，dmol算homo－lumo上下若干个轨道
castep算能带
最后那visulizer看电子云密度图就ok了
8、问：各位高手请教一下用demolJ计算分子轨道怎么看HUMO,LUMO图，其中的黄色蓝色代表什么啊，谢谢了
答：dmol计算的时候选择properties里面的orbitals
把homo和lumo选上
然后计算，算完以后打开analysis对话框
选择orbitals，就看到你算的homo和lumo了，然后import就在模型中可以看见homo和lumo了
9、求助有MS并行计算经验的朋友解答一下
我虽然在LINUX CLUSTER并行成功了，但是并行的时候CPU计算利用率很不均衡也不稳定
有时候100%有时候0%
而且计算到一定程度的时候会变换运行程序在LINUX中的进程名
换了一次之后CPU使用就开始出现不均衡的情况，有一个CPU 90% ，别的都是2-5%的样子进程处与sleeping状态只有那一个CPU在RUN
另外说一下我每个节点的硬件配置相同，用的是CASTEP模块，K点数是CPU数的整数倍，但是算能带的时候不知道如何调节K点数目，
不均衡不知道是不是算能带的时候导致K点在每个CPU上分布不均造成的
还想问一下 我各个节点都是同一个交换机下的机器，NFS的效率如何评估
答：A、你应该看看内存的使用率,一般如果内存不足,会造成你说的现象
B、所有节点空闲内存都在50%以上啊，发现只有一个节点的CPU占用的厉害 别的不超过10%
C、你选用的几个cpu进行计算,如果是一个,那就是你发生的问题原因,如果不是一个,而是选择几个cpu进行计算,那么应该是节点之间
的通讯问题了,这需要进行机群的的调节了
10、问：CASTEP能算pdos的自旋情况吗
答：可以计算体系的自旋态密度
alpha和beta分别为自旋向上和自旋向下
total spin是总自旋
计算的时候必须把自旋极化－spin polarized 选上才能画自旋态密度
11、问：大家帮忙看看这是什么问题
我再用demol计算动力学的时候,不管怎么设置参数它老出现这个提示
Error: SCF iterations not converged in 50 iterations
Message: SCF not converging. Choose "Use Smearing" on DMol3 SCF panel
or set "Occupation Thermal" in the input file
You may also need to change spin or use symmetry
Resubmit DMol3
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
请教高手这是什么原因啊?
答：SCF not converging. Choose "Use Smearing" on DMol3 SCF panel
or set "Occupation Thermal" in the input file
无法收敛，加大计算步数。
你错误的原因是体系在50步内不能收敛,你可以增加收敛计算步数,比如增加到100
系统提示你改变"Use Smearing"和"Occupation Thermal" 的设置参数(这两个参数在设置对话框中),还提出建议让你改变自旋和对
称设置来试一试。
不收敛，解决方法一加大圈数，DMol3 calculations－》electronic标签下More选项－》SCF选项，中Max. SCF Cycles加大，最多
1000圈，如果1000圈收敛不了
就用方法二，加大smearing
在SCF标签下把orbital occypancy下面的勾打上，然后设置smearing
设置重小到大逐渐增大，smearing如果很大，虽然能收敛但是最后的构型有问题。
做MS计算，我的感觉是没有必要一步算到位，就是说你的计算精度（能量，力等等）可以一步一步来，或者是smearing慢慢变小，这
样容易收敛些。
12、新手请教几个不专业的问题
1.(1x1)CO中(1x1)是什么意思？
2.态密度、能态密度和电子态密度的区别？
3. K││-resolved是什么意思？
4.如何在半导体上建金属表面？
5.如何翻译？
supercell geometry
the Vienna ab-initio simulation package (VASP)
the generalized gradient approximation
the plane wave expansion
structural relaxations
a tight-binding linear muffintin orbital (TB-LMTO) method
the TB-LMTO method
the principal-layer Green’s function technique
the K││-resolved transmission
6．K││-resolved DOS at the Fermi energy这句话怎么理解啊？
7．用MS能不能计算一个体系的电导？如何去算？
答：1. (1×1)表示的是表面的构型，2×2是(1×1)的四倍，也就是x和y上分别用两倍单位平移定义表面的晶格常数a和b，c轴与表面
方向平行，c的大小取决于原子层和真空层厚度
2.应该是没有区别，可能是称呼不同而已。
3.不清楚什么意思
4. 用ms里面的layer builder构建界面，基底为半导体，半导体上长金属层是通过layer builder构建的
5. supercell geometry——超胞结构
the Vienna ab-initio simulation package (VASP) ——维也纳从头算模拟软件包
the generalized gradient approximation——广义梯度近似
the plane wave expansion——平面波展开
structural relaxations——结构弛豫
a tight-binding linear muffintin orbital (TB-LMTO) method——紧束缚线性丸盒轨道
the TB-LMTO method——紧束缚线性丸盒轨道方法
the principal-layer Green’s function technique——？
the K││-resolved transmission——？
6.不是很清楚，没有上下文
7 先计算出态密度。然后通过由玻尔兹曼方程推导出的电导率公式来算,见固体物理。提供两篇参考文献是做输运系数的计算的：
Georg K.H.Madsen, David J.Singh. Computer Physics Communications 175 (2006 67~71.
Philip B. Aleen ,Warren E.Pickett, Henry Karkauer. Physcical Review B 37 (1988) 2721~2726.
13、请问： 在用CASTEP计算材料空位缺陷时，如何才能实现只取一个空位呢？
答：降低对称性，再DELETE一个原子就可以了
在build下的symtrey有make P1
不是降低对称性，是构建超胞
make supper cell
然后就可以删去一个原子了
正常的话如果晶体是原胞，直接删除一个原子可能造成很大影响
可以建大一点的超晶胞(比如2×2×2超晶胞)然后删掉一个原子，这样比较合理，
毕竟缺陷浓度是很低的。
14、[求助] MS是否可以做原子数在10-20个左右的簇合物的结构模拟
我想得到一些原子数在10-20个左右的一元或二元原子簇合物的低能构型。
MS里的分子模拟功能是否可以模拟出一些能量局部最小化的构型？
如果不行的话，麻烦熟悉这方面的虫子给推荐个软件，最好是免费的。
我的要求很简单，就只要找到低能量构型即可。
手动直接构建实在是太麻烦了，而且说服力很低。
谢谢指教！
答：A、可以，dmol模块可以达到你的要求
B、感谢楼上各位。
不过我琢磨了半天，好像无论是Gaussian还是MS,都是要给定基本定型的构型，然后进行优化后获得更精炼一些的构型。
我想做这样一件事： 已知原子数为 10 的构型，第 11 个原子任意放置，然后程序自动变化第11个原子的位置，甚至变化 11 个原
子的位置 （既第11个原子对其他10原子的构型进行微扰）得到不同能量的局部的低能构型。
自己琢磨的，肯定很多不足，不是否有相关的参考资料。还请赐教，
15、ms discover停电后如何处理
ms discover算了一个星期，还有三天就算完了，结果停电全没了
重开机，启动ms，提示有任务非正常关掉，载入auto recover，job explorer里面还显示未算完的任务，server console打不开，无
法查看是否正在算
查任务管理器，没有找到discover.exe进程，只有msstudio的进程，而且cpu占用高
手动停止job，然后从discover的dynamics模块下选中use restart result，但是结果显示完全从头开始算
没钱买ups，很不走运，两个星期内，这种停电出现两次了
请教大家有什么好的方法，从断电时的数据开始接着算
谢谢
答：如果你在dynamic中trajectory的选项里save选择了full，那么在重启动时，在restart选项里，选中use restart date选项，就
可以了。
16、求助：黄色和蓝色的电子云代表什么问题
请教各位一个问题，在MS的Dmol3下计算能量，在分析里查看HOMO和LUMO轨道的电子云的计算结果时，有两种颜色，默认的是黄色和
蓝色。这种颜色的不同代表什么意思？
还有一般用HOMO和LUMO轨道的电子云说明什么问题啊？我看很多文献说什么(π-π)派-派跃迁就是3.1415926所代表的那个希腊字母
，这里不知道怎么输入。还有（σ-σ)西格玛-西格玛等等，学习化学的人应该能够了解，可以从这上面看出来吗？
答：A、其实两种颜色的电子云不是代表homo和lumo的，只是说这个地方波函数是正号还是负号。因为对于电子云来说，其实是波函
数的平方，这个地方为了区别波函数的正负号，所以引进了两种颜色的电子云
B、在分子进行反应时，最高占据轨道（HOMO）和最低空轨道（LUMO）其有特别重要的作用。
分子轨道对称性守恒原理认为：在反应过程中，当有反应物分子轨道转变成产物的分子轨道时，其对称性始终保持不变，即始终都属
于同一个不可约表示。
如果反应物基态的分子轨道变成的是产物的基态的分子轨道，那么反应就是热允许的。（意即温和加热就可进行）
如果变成的是激发态的分子轨道，就是热禁阻的（意即不可能用温和加热的方法促其进行）。
如果反应物受光激发后由电子占据的分子轨道（激发态轨道）转变成产物的基态分子轨道，这一过程就是光允许的（意即用适当的光
照就可使其进行）。
若转变成产物的更高激发态分子轨道，就是光禁阻的（意即无法用光照促其进行）。
17、请问MS计算能带的问题
由CASTEP或DMol计算得到的能带，要看能带的带系宽度，是怎样看？
是默认费米能级为0吗？那就是只看0附近的宽度吗？
答：A、0两边的宽度，最高占据和最低未占据之间的宽度就是带隙
B、我没有仔细的看过castep的能带，但是看过课题组的人做过报告。
我印象中，对于非金属，castep的费米能级是在价带顶，找出价带顶最大的那个能量和导带底对应的最小的能量之差，就是带隙吧。
至于有的说dos看带隙，这个不大可靠，要看你取了多大的展宽因子，展宽因子大，非金属也变成金属了，没带隙。
另外对于dmol来说，何来什么能带 全部分子能级，不过可能有gap，要从homo-lumo的差值去算gap
C、横轴是布里渊区的高对称点，与晶体的对称性有关
纵轴表示能带的能量。
带隙可以分成直接带隙和间接带隙
直接带隙就是0eV上下最高和最低两个能带在某个高对称点(如G，X、R点等)之间的能量差。
间接带隙就是0eV上能量最低的能带上的最低点的能量值减去0eV下能量最高的能带的最高点的能量值。
18、什么是Overlap populations？
在一篇文章上看见
?Table 2 Bond distances (A? ) and Overlap populations (/E/in brackets)
TiO2 TiO2/Sn6c TiO2/Sn5c TiO2/Sn6-in TiO2/Sn5-in
Ob–Me6c 1.831 (172) 1.963 (220) 1.83 (165) 1.831 (172) 1.832 (171)
Op–Me6c 2.066 (86) 2.107 (32) 1.989 (64) 2.070 (84) 2.069 (83)
Op–Me5c 1.938 (122) 1.912 (114) 1.995 (139) 1.988 (123) 1.933 (120)
O1–Me6c 2.065 (86) 2.165 (86) 2.097 (117) 2.072 (115) 2.086 (119)
O2–Me5c 1.853 (130) 1.854 (119) 2.006 (122) 1.865 (134) 1.890 (112)
O1–Me6-in 1.936 (160) 1.950 (142) 1.983 (163) 2.056 (177) 1.968 (161)
O2–Me5-in 1.968 (83) 1.961 (84) 1.950 (96) 1.976 (86) 2.047 (90)
请问Overlap populations 是什么？如何得到的？
答：A、Overlap populations
重叠布居
CASTEP计算性质时的population选项可以算
B、重叠布居
相当于键级的概念
一般来说，正值表示成共价键，正值越大，共价性越强
0表示纯离子键。
负值表示反键。
主要用于定性分析。不同的赝势、泛函计算的结果可能有差别
19、请教一下
这些数据在那？
您能把您算过的这部分给贴上来吗？
CASTEP计算性质时的population选项这个我已经算了
但是我找不到它在那
谢谢
答：CASTEP 中计算的时候选择properties里面的population analysis下面的
bond population 计算得到的结果除了有atomic population以外还有就是bond population 也可以叫overlap population
在.CST或者.CASTEP文件最后部分。
20、用MS需要什么样的配置？谢谢！
老师打算买一台新的电脑做计算，我不知道一般需要什么样的配置就可以了！希望大家多提供点信息！谢谢了！
答：A、双核 至少奔D 2.8GHz 1G内存
高分子结构 最好准备买服务器！！！！
B、楼上的，没那么夸张吧？
CPU好像用不太多啊，一般的30-60原子有个普通双核也够用了吧？我没感觉出来双核比P2.8快多少啊？
你非要算蛋白质的话，那服务器也肯定不够。。。
内存大些倒是真是，应该需要2G也不嫌多的！
C、我觉得看你做什么体系
你如果做简单的分子体系
用demol可以解决的
谱图电脑夜可以的
如果算晶体
那必须是搞配置的机子
D、关键是cpu，内存，和硬盘
ms计算的结果还是蛮大的，我的硬盘都满了
要速度的话cpu双核可能没有单核快，因为并行效率在windows下好像不是很高
内存大是必须的，2G基本上可以，如果4G更好，反正现在内存也不是太贵
尽量多加点内存把，否则你想算一个稍大的体系，往往发现内存不够，确实够郁闷的。^_^
21、问：模拟晶体表面吸附时，怎么样才能做到只允许垂直于表面方向弛豫，而平行表面的方向不允许呢？是用“Modify--
Constraints”实现的吗？如何实现？
答：就是用“Modify--Constraints”
步骤：第一：选择要加限制的原子
第二：打开constrain对话框
第三：设置固定XY方向不考虑弛豫，实际上就是在x和y方向的笛卡儿或者分数坐标前打勾即可
22、问：与计算速度有关的都有什么因素，我计算的时候，CPU利用率约为百分之五十，刚开始出了几个点，可是后来好几天也没出
一个点，而且job explorer 显示是running,不知道怎么回事？
答：与计算速度有关的因素：cpu速度，内存大小，缓存多少，硬盘和主板接口速度等。
不知道你是用winxp版本还是linux/unix版本
如果是winxp版本，可能cpu是双核/双线程的，你交作业的时候选择单cpu
没有选择用2个cpu，所以cpu利用率大概在50％
23、请问我在CASTEP中计算掺杂后的模型，能用Reflex模块中XRD在计算吗？我直接将CASTEP中的.xsd文件激活后使用了Reflex结果
感觉很不对。
向各位请教！谢谢 我就是建立了一个结构.xsd，然后选了那个模块计算，出来的结果感觉是非常不合理的。你能给我举个例子吗？
答：新建一个文件，导入数据库中的FeS2（pyrite）
在reflex里面选power diffraction
设置xrd谱图的范围，靶的种类等等
点caculate
就ok了
24、问：如何将MS的car文件装换为xyz文件， 坐标比较多。
答：利用MS的 Export 输出为mol 格式的文件
然后利用Hyperchem打开上面的输出文件
另存为xyz文件即可
25、Dmol计算的频率如何看明白啊？
偶用Dmol3算体系的能量，算了其频率，输出文件中一大堆数据看不懂都是什么啊？哪里有详细说明吗？help里好象没有啊。不知道
有这方面的文献吗（中文最好）？请高手们指教啊！
答：性质中频率是算声子的。
最后给出的振动模式 vibrational mode
输出文件主要看outmol文件，文件最后部分有振动频率的数据
如果不是周期体系，且假设体系有N个原子，则给出3N－6个振动频率
其中正值表示稳定振动，负值（虚频）表示不稳定振动，即振动将导致体系能量下降
如果是晶体则有3N个振动频率，其中有3个为刚性振动，频率接近0，表示所有原子沿着相同方向振动。除了振动频率的数值（振模频
率），还有振动的本征矢，每一个频率对应一组本征矢，本征矢表示原子的振动方向（x，y，Z）和幅度。
当发现晶体具有虚频的时候，那么原子按照本征矢方向振动，体系能量下降，会导致结构相变发生。
注意，dmol振动性质的计算并没有考虑电场和原子位移的耦合作用，没有考虑LO和TO分裂，而且对于晶体而言只能算布里渊区G点的
振动频率，而不能计算其他点的振动频率。
完毕
26、问：在计算的过程中CPU利用率变为0，重启以后任务还显示再计算，单CPU 利用就是0，再开始新的任务利用率就不是0 了，这
是为什么？怎么解决阿？谢谢了！
答：虽然软件界面显示在run，但此乃假象也！！cpu为0肯定是没算了。之所以还显示在算，主要原因是你的内存可能不够用了，电
脑不能正确反应实际情况而已。
正常现象，如果交个作业，然后把进程杀了，还显示正常运行，但是运行无法结束
也没有结果。所以看作业是否运行，不单单得看网关的运行状态，还得看cpu的利用率
还有两种可能
第一：就是算完了，网关的内容却没有下载到本地目录。
比如，交一个作业到服务器，算完以后，服务器的cpu利用率变为0，然后
由于网络原因，服务器数据往回传输的时候突然断网，这样可能数据就无法传回来了
由于传送指令发过一次以后，服务器相关的数据目录就发生变化，因此，在网络好的时候选择achieve，可能数据仍是不完整的。
第二：交完作业以后，网络就断了，在这个过程中作业因很多原因死了，cpu利用率为0，此时如果网络好了，在连接服务器，状态不
是完成状态，所以可能一直是runing状态，因此不会有结果。
如果服务器和客户端是一个机器，也可以发生第二种情况。
27、请问：
在CASTEP计算中，k point设置不同，对计算结果有什么影响？
k point设置表示什么？
如设置为4乘4乘4，和设置成9乘9乘6有什么不同，区别在哪？
答：很难一般地回答，只能给出一般建议。注意：一定要检查k网格，首先用较粗糙的网格计算，接下来用精细的网格计算。通过比
较两次的结果，决定选用较粗糙的网格，或是继续进行更精细网格的计算，直到达到收敛。金属体系需要精细的网格，绝缘体使用很
少的k点通常就可以。小单胞需要精细格点，大单胞很可能不需要。因此：单位晶胞内原子数很多（比如40-60个）的绝缘体，可能仅
需要一个（移动后的）k点。另一方面，面心立方的铝可能需要上万个k点以获得好的DOS。对于孤立原子或分子的超晶胞，仅需要在
Gamma点计算。对于表面（层面）的超晶胞计算，仅需要（垂直于表面）z方向上有1个k点。甚至可以增加晶格参数c，这样即使对精
细格点，沿z方向上也只产生一个k点（产生k点后，不要忘记再把c改回）。
k点主要是用来积分计算用的
例如对于连续的波函数，实际的计算是无法采用基于函数的表达式进行计算，而是基于离散数据进行计算，所以需要将空间进行划分
，如果空间中的离散点划分得越细，那么最后通过数值积分得到的结果就越接近体系的真实情况，如果空间的划分越粗糙，计算的结
果越不准确。k点面实际上就是在倒易空间按照a，b，c三个方向进行划分
因此用三个数值表示k点面，第一个数值越大，说明沿着a方向的数值积分点数越多，计算精度越高。在实际计算中，需要进行测试，
一般是逐渐增加k点数，计算能量收敛曲线。
对于表面相关计算，k点面中第三各数值往往取较小，一般为1或2，就是不考虑z轴方向上的周期性。
28、请教：
运行DPD模块，如果运行了1000步，结束后，想继续运行下1000步，怎么办？
是要重新setup中，设定2000嘛？有办法让他在1000步基础上继续运算嘛？
答：Restarting a DPD run
At the end of a DPD run and at specified intervals during the run, DPD saves a restart data file, .Dpd_rst. This
file is downloaded at the end of the run and contains the positions and velocities of all the beads. It enables you
to restart the simulation from part way through or at the end of the previous DPD run.
To restart a simulation
1. Select the mesoscale trajectory document from the run you wish to restart.
2. Choose Modules | DPD | Calculation from the menu bar.
3. Load the parameters from the run you wish to restart, by double-clicking on the associated Settings file
in the Project Explorer.
4. Check Restart.
5. On the Setup tab, choose whether to Reinitialize averages.
6. Change the length of the run.
Note. The time step counter is not reset between simulations. Therefore, the restarted DPD simulation will run for
the Number of steps specified on the Setup tab less the number of steps already completed.
7. If desired, specify new output options, simulation conditions and interaction parameters.
8. Press Run.
Note. The Restart checkbox is enabled only if a restart file is present. However, this file cannot be seen in the
Project Explorer window. You can use the Windows Explorer to verify that the file exists.
Note. When you restart a simulation you can modify some parameters such as the length of the run, output period
options, simulation conditions, interaction parameters, etc. However, others, such as simulation cell size, grid
spacing, cell contents, etc., must remain the same as they were before the restart. These options are disabled when
Restart is checked.
勾选 restart
在点中最后那个.xtd图形文件的条件下,run
你举的例子应该把步数改为 2000
29、求教CASTEP中几何优化问题
1. 几何优化可以在多大范围内改变原子的位置啊？感觉每次优化后的位置调整不是很多啊？
2. 大家在算能带和态密度的时候的时候是用单点能计算给出能带还是几何优化给出能带啊？
另请问WINDOWS版的KEY和LINUX版的KEY能不能混用 求一个MATERIAL STUDIO 4.0的LINUX版本的KEY一个 QQ29988789
十分感谢
答：问题1
几何优化的目的是寻找压力最小的几何结构，原子位置改变不多是因为你建的构形比较合理，比如直接从软件数据库中导入的结构在
0压力下改变很小，如果加个压力就会变化大一些。
问题2
一般都是优化的时候算，如果你想算特定构形的能带或其它性质，就可以用单点能；
30、请问CASTEP计算氧化物磁性,例如CuO的,Modify--------Spin里怎么设置?
Dmol 计算自旋设置时,Multiplicity设置为Auto是系统自动寻找自旋多重度
吗?Multiplicity是设置Auto好,还是设置具体的值好?
答：Multiplicity设置为Auto是系统自动寻找能量最低、最稳定的自旋多重度
31、请教关于MS castep的几个问题
希望各位大侠帮忙，
1 计算表面过程中，计算成功，但是castep结果中提示
------------------------------------------------------------------------ <-- SCF
SCF loop Energy Fermi Energy gain Timer <-- SCF
energy per atom (sec) <-- SCF
------------------------------------------------------------------------ <-- SCF
Initial -1.24983546E 004 5.76278315E 001 55.44 <-- SCF
1 -1.59703259E 004 -1.69750335E 000 2.89330938E 002 197.97 <-- SCF
Warning: There are no empty bands for at least one kpoint and spin; this may slow the convergence and/or lead to an
inaccurate groundstate. If this warning persists, you should consider increasing nextra_bands and/or reducing
smearing_width in the param file. Recommend using nextra_bands of 11 to 24.
2 -1.62762609E 004 -6.23532889E 000 2.54945870E 001 356.62 <-- SCF
Warning: There are no empty bands for at least one kpoint and spin; this may slow the convergence and/or lead to an
inaccurate groundstate. If this warning persists, you should consider increasing nextra_bands and/or reducing
smearing_width in the param file.Recommend using nextra_bands of 11 to 24.
2 要在表面上吸附小分子，如H2 ，或者CO，可以选择不同的位置，比如top, bridge, 等，但是如何确定具体每个原子的position?
直接根据原子半径按照几何知识来计算吗？另外在计算表面吸附total energy的时候，是否选择上"optimized cell" ?
如果不选择，就应该是每个原子的位置保持固定，那么如何知道所确定的吸附原子的位置是对的呢？
3 进行计算时选择上"spin polarized", 对于不同元素，其参数如何设置？"initial pin"和"charge"。
答：A、你把empty band里的空带数目增加试试或者减少smearing 的数值，这两个办法都可以增加精度。
你先把晶胞优化完成后再算吸附，只是注意两次计算所用方法要一致。确定原子的position是要根据能量高低来确定。
B、第一个文标题： 从他提示的关键词来看
NEXTRA_BANDS
This keywords controls the number of extra bands in addition to the number of occupied bands. These extra bands are
necessary for metals or finite temperature insulators. The default value for this parameter is 0.
SMEARING_WIDTH
This keyword determines the width of the Fermi-surface smearing if the system is being treated as a metal.
因为不知道你的具体物质，所以我猜测有两种情况，一是你的结构有问题。二是因为你的结构的特殊性，所以你默认的设置计算是不
可信的，就如提示而言。如果你的结构没问题，你可以按照提示调整一下参数算一算。
.param为后缀名的文件里，有以上两个参数，你打开调整一下，然后计算你调整后的文件，就是点Files，然后Run Files。如果你调
整后没有提示，就说明你的结构需要调整参数。
第二个问题
原子在表面吸附就那么几种位置，你都要计算试一试，找到能量最小的吸附位置。至于吸附原子放在什么位置，你可以通过原子半径
计算，这样计算能加快你的收敛速度。如果不是计算，而是大致放个位置，收敛就和你放的位置有关，如果放的位置很接近收敛位置
，就会很快收敛。因为这这两种方法最终的计算收敛后，他们的位置应该是一样的（误差范围之内）。至于计算表面吸附total
energy的时候，是选择"optimized cell"还是固定表面，我看文献上这两种都有，因为这要和你计算的体系有关，如果体系不是很大
，应该选择optimized cell，这样更近现实验情况。
第三个问题，initial Spin设置，MS提供两种方法，你可以参考。
There are two ways of defining the initial magnetic configuration: either specify the total magnetic moment per unit
cell, which gets uniformly distributed over the space, or provide detailed information on the absolute values and
direction (up or down) of the spins for each atom in the unit cell. The former method can be used for relatively
simple systems where only two solutions are expected (magnetic and non-magnetic). The latter method, which specifies
the spin state of the atoms in the system, is more general and gives much more flexibility. It is possible to set up
ferromagnetic, ferrimagnetic, or antiferromagnetic calculations to get different starting spin arrangements.
不过我记得好像他们公司说过，一般formal spin都可以，除非是计算一些磁性物质，比如Fe、Co这种。目前我都是默认。至于
charge就是系统的电荷，如果不带电就是0，实际是多少就是多少。
自己的一点拙见，仅供参考
C、问题3
MS中的帮助文件中的内容是：
The initial value of the spin moment is quite important for spin-polarized calculations. It should be as close as
possible to the expected value. You can evaluate the spin moment using the high-spin approximation combined with
formal charges. For example, if there are ten Fe3 ions in the system, you assume that each of them has a valence
electronic configuration of d5 (the neutral configuration is s2d6) which corresponds to five unpaired electrons per
Fe ion. The initial spin value for the CASTEP calculation is therefore fifty.
我如果计算Ni， s2d8 应该是2个 unpaired electrons, 所以，设置2*supercell中的Ni个数， 对吗？
D、通常磁性物质需要考虑spin是因为体系中有unpaired electrons。所以spin=unpaired electrons 1，是根据有无未配对电子设置
。你可以几种都试试，以能量低的为准。
E、从帮助的说明来看，应该是设置2*supercell中的Ni个数
另外就是注意你是周期性系统，边上、角上的原子不能算做一个原子，可能有的只是半个会四分之一个。
F、1 这样的提示我在计算掺杂Eu的体系中也见到过,当时也增加了empty bands,另外smear值有人说调大有人说调小,反正我都试了试
,效果都不是很好.我想可能是结构的原因,结构如果不合理的话其他调整不是那么明显.
另外也想补充个问题:我发现跟我没有调整这两个参数的计算结构比较,无论是band structure还是dos结果都有变化,不知道那样才是
合理?
2 我看到一些资料表面吸附时,通常的做法是把结构先optimized cell,然后用优化后的结构参数吸附分子模拟.位置先估计一下,然
后限制下层原子位置,表面的可以弛豫.
3 "spin polarized"的设置我就没怎么接触过了,看lz提供的ms帮助,受教了,谢谢
G、第二个问题：
吸附时每个吸附位都要考虑，而初始位置到底是怎么样的，一方面要看文献有没有类似的计算，另一方面就是经验的问题了。
在晶胞优化的时候才选上"optimized cell"，而在计算表面吸附的时候是不能选的。至于固定几层原子，这和你的体系大小有
关，一般来说体系越大就可以多固定几层，体系小就少固定几层，固定原子越多，计算效率就高，花费时间相对就较短，这与你的初
始构型也是相关的，构型好计算就快。如果是在不知道固定几层，就参考文献值，总不会错的，或者固定一半（小体系）或三分之二
（大体系）。
F、总结一下：
问题1
基本上是找到了问题，而且必须解决，通过软件的提示和大家的讨论，可以增加bands或者减小smearing，我会先试试减小smearing
，看看结果如何
问题 2
看来大家大多数认为在吸附的relax过程中不选择optimized cell，原子的位置靠几何计算得到。我先这样试试，但是我还有一点疑
虑，就是如果不选择optimized cell，吸附分子或者原子的位置是不是就保持固定了呢？csfn认为位置也不是保持固定，大家有经验
的可以谈谈。我算完之后其实测量一下就知道到底固定不固定了：）
问题3
争议还比较大，
1 不设置，保持默认，但是默认的initial spin是0，这样不知道对不对？
2 设置spin=unpair electron 1，这个不知道是什么意思？有没有具体文献。
3 按照帮助文件设置，但是要考虑计算中超胞中很多原子是共用。
I、问题2
“但是我还有一点疑虑，就是如果不选择optimized cell，吸附分子或者原子的位置是不是就保持固定了呢？”
这个我应该说可以肯定的，吸附分子或者原子的位置是没有保持固定的，但是你的的单包的体积和形状是改变的，假设你是a，b，c
为10，10，10的边长，优化过后，还是10，10，10。但是你选择“optimized cell”，你会发现变化，可能是9，9，9或者是11， 11
， 11，就是说这个盒子的边长，体积等都在变化了。那么不管你选择还是不选择这个选项，你的原子都是没有固定的。固定的只有
两个情况可以固定，一个是对每个原子采用了固定的设置，这个是一个小技巧，你不去操作是不会自动加上的。第二个是你选择任务
的时候，没有选择结构优化的任务，比如算能量，那么这个时候结构不优化当然原子坐标不变化。应该是比较清楚了吧 这些我是可
以肯定的，不大信的话，你可以做一个小体系测试嘛。
问题1，和问题2，你自己判别了，好像不是什么问题了。总之这个软件是比较智能化了，只要你的结构设置合理，吸附的位置放置合
理，不太离谱，一般来说计算采用它的默认设置都是比较好的。
J、spin=unpairi electron 1，是来自量子化学或者第一性原理计算本身，说明书中不会有介绍。可以参看原子物理学关于角动量
耦合的章节或者读读潘道凯的物质结构。实际上spin=从1到unpairi electron 1的所有可能值，这是因为实际上我们事先不能肯定
它们已经配对。到底最终选择哪个数值需要看能量确定。在CASTEP中考虑spin主要是因为需要处理掺杂、磁性、以及吸附离子等电子
没有完全配对的情况。
K、我讲讲我做化学表面反应计算的步骤吧：
1 晶胞优化；就是搭建你要的基底晶胞并进行优化，这个时候选中optimized cell，这时会给你优化的晶胞参数，以后就不要在去管
了；
2 切面：一般是切低指数表面，优化表面后计算表面能.表面切几层，这要根据实际情况分析，我上面说过，层数越多计算量越大，
同时还要看你固定几层，这个楼上的说得比较详细，只是我看了下文献，好像两个表面的比较少。一般表面能越低，表面越稳定。
3 吸附：把吸附原子或分子放到目标基底上，这个初始结构很重要，给得好则很快收敛，否则收敛很慢甚至不收。初始构型也要多方
面考虑，各个吸附位各种吸附构型还有不同基底等等。
一般最好是先算构型优化，再算能量及DOS等其它性质，计算速度要快一点吧。至于其它参数例如自旋（看你的体系有没有单
电子）等的设置，一般参考文献就好。
L、这些问题已经基本解决,谢谢大家关注!
问题1, 改变empty band的值,按他的要求设置到11-24,就可以解决,但是单纯减小smearing的值似乎解决不了...
问题2 uncheck 'optimized cell"
问题3 好像这个参数并不是影响很大,因为这只是个初始值, 欢迎大家继续套路讨论这个问题,有什么经验的说说吧
M、问题1
我也碰到过这样的问题，一般只要按提示要求改一下空带个数就可以了
问题2
一般是先优化胞，再切表面，加上吸附原子，再优化，第一次优化要选optimize cell，第二次不选,一般要固定最底层的几层原子;
加原子时，如在bridge时，与表面平行的方向上的坐标为表面上两最近邻原子的中点，垂直方向上自己根据实验值或其它的估计，估
计不好就多算一会，top位置就在表面原子的正上方;
问题3
一般算的胞的所有原子的电子个数和是奇数是选spin polarized，偶数时不选;算磁性的时候就看情况了，那两格参数一般不用设置
，如果不是带电体的话
32、怎么可以计算比较准确的扩散激活能？用TS RESEARCH 算的时候所有的基体原子都不能移动，与实际过程不同，得到的激活能准
确嘛？有什么方法可以解决这个问题嘛？
谢谢赐教！
答：A、做表面相关的计算不能优化cell把，如果优化cell的话基本上是算不了了
表面＋真空层，晶胞体积太大，算不动的。
一般是先优化晶胞的平衡构型，然后在切表面，
在进行相应计算
B、谢谢各位的建议！可是我想算体扩散，比如在H在Ti中的扩散，先优化含氢的一个构形，再优化另一个构形，可是它要求所有基体
原子不动，只有扩散的原子运动，所以优化的时候就得让基体原子都不动，我不知道这样算的结果是不是合理
C、体扩散应该难度不大，个人认为远离H的原子可以固定，在H附近的原子不能固定，要不然结果可能不具有可信度。如果不好确定H
附近的原子，则建议全部不固定。
D、楼主说的有点像渗碳 渗氮。这是一个扩散穿质的过程，解一个二阶偏微分方程，解的准确性关键在一些系数的选取，像扩散系数
D。不知道第一性原理能不能算这种很具体的系数。
33、请教DMol3 Calculation 出现的问题
我是新手，DMol3 Calculation 点Run后出现一个对话框
Failed to create job for the server: DMol3.
No default location defined for server DMol3.
Use Server Console to specify a gateway.
答：A、网关没有启动，或者被防火墙拦截了。
如果是winxp系统，把系统防火墙关闭，如果还有杀毒软件的防火墙，
第一次运行，要允许Apache.exe等访问网络
还有一个可能就是你安装的只是客户端，而没有安装服务器段
如果全部都安装的话，第一次运行你可能没有让网关启动。
B、根据我的经验如果在安装的时候没出什么错误的话是不用重装的，这可能是serve console里面出错了，你试试把以前的sever删
掉，再新建一个，选服务器（如果是自己的机子就输入你的计算机名），在这之前确保网络是通的，防火墙关掉（WINDOWS自带的也
关掉），装完之后test一下。如果这样不行的话，你可以在cmd命令行中输入：ping IP地址，看一下网络是否是通的；ping 服务器
名字，看一下名称解析是否有问题。出现这种问题往往是由于网络的问题，比如在运行任务的时候，修复一下IP地址，马上会出现问
题。奇怪的是在服务器是自己的电脑的情况下，在新建SERVE 的时候也必须关掉防火墙。
C、可如果有防火墙的话,到防火墙里面开启相关项如Apache.exe,alg,lmgrd,perl,msi等,看看行不
34、请问能在castep中得到内聚能吗?怎样得到,请高手指教,谢谢
答：1。如果是结合能，castep和dmol都可以算
dmol能直接给出结果，在outmol文件中。
castep得自己算。
算法：晶体的总能量(final energy)－（N1×晶胞中原子1个数原子＋N2×晶胞中原子2个数原子＋。。。。），就是原子成键后导致
体系的能量下降。
原子的能量在.castep文件开始算赝势的地方找。
35、请教MS中切面几何优化和原子之间的配位
1.我用MS-中DMol3切面做几何优化，假如主族氧化物A2O3,切三层，五层，七层，分子式分别为A8O16,A16O28,A24O40,五层优化始终
不收敛，设置自旋激化，和无自旋激化都试了就是不收敛，其他都是默认值。请问应该怎样设置？为什么？
2.体相O是四配位的，A是六配位的，切面时第一层是O第二层是A出现两种情况，一种O是两配位，A是六配位,另一种O是两配位，A有
四配位和五配位，做吸附气体小分子哪种切面好，为什么？
谢谢指教
答：A、你看一下你的输出结果，看一看他的收敛程度
如果没有收敛，那就改变一下结构试一试
如果一直是往收敛的方向走，那就增大一下SCI cycles 试一试
也许在多进行几步SCI 就可以收敛
第二问题，这两种情况你都要计算
进行比较，找出最有利的吸附构型，具体那个面容易吸附
积要看你的吸附体，也要看你的吸附质
不同的物质不一样
一般情况下，容易发生在晶面间距较大的面
B、SCI设置为1000轮了,就是每次几何优化第九轮时自洽迭代不收敛,一会儿变小,一会儿变大,不收敛.Smearing为０.００５或０.０
１都试了不收敛．还可以调什么参数？就是想计算表面能看选五层还是七层就可以,选层方面有其他方法确定吗?
选１００面晶面间距是较大，吸附小分子ＣＯ，ＮＯ，ＮＯ２，Ｎ２Ｏ，Ｈ２
ＣＨ４等应该选哪种面？
C、如果这样，五层每次都是第九步不收敛，我觉得可能有一下几方面原因，（自己的拙见，仅供参考）：
一、再检查一下你的结构是不是有问题，七层都可以收敛，说明你的计算机是满足要求的。不会能因为内存不足等原因。建议你先用
半经验优化一下，然后再用Dmol优化，这样l优化后的结构Dmol再优化会收敛快一些，也比较容易收敛。
二、循环次数你已经增大了，如果是你说的一会变大，一会变小，那就是结构在震荡，也有可能说明这个表面结构就是不稳定的。
如果不行，只能调节收敛精度了。
至于选层，没有什么具体要求，一般都是3－6层，这样要你自己计算，一般都是把基层都优化以下，看看表面结构影响到几层。比如
，你有优化的3层，4层结构，发现第三层、第四层对表面影响很小，计算到第三层就可以了。
至于吸附，选什么面。一般情况下首先晶面间距较大的面。但也要具体问题具体分析。比如对CO，一方面看表面是C吸附，还是O吸附
，还要看是金属吸附还是O吸附，
他们会选择最有利于吸附的晶面。比如是金属吸附C，那就会选择含金属原子比较多的面。
D、跟smearing 设置有关，你可以试一下
smearing从小逐渐增大，就收敛了。不过smearing太大，最后优化的构型可能会有问题。DMOL优化不收敛，一般得设置smearing，你
可以看outmole文件，里面如果不收敛的话会有体系你修改什么参数的。
好运
36、请教用MS计算半导体氧化物的能带时怎样设置路径?
用MS计算半导体氧化物的能带时,More按扭里有K点Path给出有G(0 0 0),F(0 0.5 0),Q(0 0.5 0.5),Z(0 0 0.5),B(0.5 0 0).其自动
的路径是Ｇ－Ｆ－Ｑ－Ｚ－Ｇ，但是得到的能带很乱，请高手指点怎样设置路径能够好些？
答：A、实际能带结构应该是4维图像，而从对称性来考虑，我们关心的仅仅是一些高对称点之间的能量分布，所以一般的结构都是给
出的2维图像。再者，通常意义上能带结构中k-point的数值只有相对的意义。
能带关系就是E_k关系，所以如果在CASTEP中把能带图export成数据格式的话，看到的两列数据分别是k和能量。k对应的数值
如何理解，这个好像不同软件包做法并不一样。CASTEP中将所选的所有bandline也就是kpoint-path的长度定义为一，不同区域的宽
度(kpoint-path)对应两个高对称点的相对距离。
如果你使用的是Castep自己默认的，那么他确认的都是高对称k-point，得出的图像E和K-point应该是对应的。你可以自己设
置，但是这样计算，你的出的DOS是不可用的。
你检查一下你的模型是不是有问题
最好能够把你的图传上，这样好分析原因
B、最后的方法就是所有的点都两两相邻，
比如系统有G，X，M,R四个点
路径如下G－X－M－G－R－X－M－R所有的点都两两相邻
这样反应能带的信息更全一些。
37、请教MS里面的图怎样复制到WORD里面来?
我在MS计算出的图中点复制,然后在WORD 里面粘贴出来的 是一些数据，请问改如何操作呢？谢谢
答：1、你可以利用这些数据在Origin里作图，这种方法你可以调解坐标轴，坐标。然后把Origin里的图拷贝到Word里。
2、利用MS的File菜单下的Export，将你要的图形输出为图形，好像只能输出为bmp格式，然后插入到你的Word里
3、就是利用一些抓图软件，我常用的是UltraSnap，通过抓图软件将你要的图形粘贴到Word里
38、请教
主族金属氧化物切面做吸附小分子要不要考虑自旋极化?
不吝指教
答：A、这个不好说
要看你计算什么物质
自旋极化对他们有没有影响，如果有影响必须考虑
如果没有影响，或影响很小，可以忽略
B、假如A2B3,是主族的,切面三层分子式为A6B12,五层A12B21,七层是A18B30,都不是A2B3的整数倍,考虑自旋极化,五层七层不收敛,是
不是不用自旋极化?
还有要是不用自旋极化,如果做吸附NO,NO 分子有单电子那要不要考虑自旋激化?
谢谢指点!
C、不收敛和用不用自旋极化应该没有关系，不收敛应该检查Cut-off energy、smear、 Band数、体系是否合理等问题
39、请问各位大侠，在很多文章中都可以看到电荷密度图
这是怎么来的？
如何在CASTEP中实现电荷密度图示？？？？
答：A、电荷密度图在ms里面是很容易实现的，首先你在选择计算任务的时候，找到电荷密度的单词，然后选中进行计算。
算完以后，你在分析的时候，选择分析电荷密度，就可以看到电荷密度图示。既可以调节2d也可以看3d的图。
如果你是vasp算的电荷密度图，那么就要程序转换成ms认识的格式，才能导入到ms里面看了，一样是2d和3d都能显示。如果你用
lev00处理，当然也行，那就是origin直接画图，一般可能是等高图多。
B、view--->toolbars--->volume visualization, 可以调出creat slices,这样就可以选择2D 的electron density，然后选中这个
slice，在properties中修改 slice crystal direction(修改所取面的晶向)，修改slice fractional postion(修改你所取的面的确
定位置)，然后从工具栏选择color map, 即可得到想要的面的电荷密度
40、关于价态的问题
我算了一下TiO2的结构
但是它给出的结果如下：
Species Ion s p d f Total Charge (e)
==============================================================
O 1 1.87 4.79 0.00 0.00 6.65 -0.65
O 2 1.87 4.79 0.00 0.00 6.65 -0.65
O 3 1.86 4.78 0.00 0.00 6.65 -0.65
O 4 1.86 4.78 0.00 0.00 6.65 -0.65
O 5 1.84 4.80 0.00 0.00 6.64 -0.64
O 6 1.84 4.80 0.00 0.00 6.64 -0.64
O 7 1.84 4.80 0.00 0.00 6.64 -0.64
O 8 1.84 4.80 0.00 0.00 6.65 -0.65
O 9 1.84 4.78 0.00 0.00 6.62 -0.62
O 10 1.84 4.78 0.00 0.00 6.62 -0.62
O 11 1.84 4.78 0.00 0.00 6.62 -0.62
O 12 1.84 4.78 0.00 0.00 6.62 -0.62
Ti 1 2.24 6.25 2.23 0.00 10.72 1.28
Ti 2 2.24 6.25 2.23 0.00 10.72 1.28
Ti 3 2.21 6.24 2.24 0.00 10.69 1.31
Ti 4 2.21 6.24 2.24 0.00 10.69 1.31
Ti 5 2.25 6.26 2.18 0.00 10.69 1.31
Ti 6 2.25 6.25 2.19 0.00 10.68 1.32
Ti 7 2.25 6.26 2.18 0.00 10.69 1.31
Ti 8 2.26 6.27 2.17 0.00 10.70 1.30
理论上说：Ti应该是＋4价，O是－2价，为什么才是－0。6和1。3多呢？
希望高手指教
答：A、你说的是一个分子式 的价态，而计算的结果是一个晶胞上每个原子均匀分得的电子量是晶胞能量最低的优化结果，从计算结
果可以看到即使是同一个原子价态也不同，这是由于各个原子在空间分布不同。
B、离子键或者共价键之类的吧,共用电子的程度不同.
另外也顺便有个疑问:改变某原子的电荷在计算中有影响吗?
C、这个是否与你定义的原子的半径有一定的关系，如果你定义的O的原子半径大，则所带的电量就大，反之亦然。不知道MS里面是不
是这样，不过VASP里面是这样的
D、前面说的是设置问题
关于你说的计算结果，理解是这样的：
以O1为例子
Species Ion s p d f Total Charge (e)
======================
O 1 1.87 4.79 0.00 0.00 6.65 -0.65
计算以前O1的电子结构是 2s2 2p4， Total ＝6（e ）
计算后O1的结构变为2s1.872p4.79，Total ＝6.65（e ）
-0.65 表明优化以后，O1得到0.65（e ）
E、如果考虑的是纯离子，当然就是＋4和－2了。
但是由于Ti和O之间形成共价键，价带不是完全有O原子轨道构成
而是有O原子和Ti原子轨道贡献构成。这部分贡献可以通过PDOS可以分析出来。
CASTEP中PDOS面积表示电子数。
也就是由于形成共价键，导致价带有Ti原子的贡献，当电子在价带上填充时
填充在价带中Ti原子所贡献的那部分态上的电子划归为Ti原子的电子，这样
由于价带不是纯O原子的轨道贡献，当然不可能得到2个电子，所以也就不可能是－2价。
如果Ti和O是纯离子，也就是Ti的原子轨道在价带上对O轨道的贡献可以忽略，这时候
才可能打到＋4和－2价。
由于Ti－O之间是共价键，所以O和Ti不可能为－2和＋4价。
应该养成的十个习惯
1.守时 买个闹钟，以便按时叫醒你。贪睡和不守时，都将成为你工作和事业上的绊脚石，任何时候都一样。不仅要学会准时，更要学会提前。就如你坐车去某地，沿途的风景很美，你忍不住下车看一看，后来虽然你还是赶到了某地，却不是准时到达。”闹钟”只是一种简单的标志和提示，真正灵活、实用的时间，掌握在每个人的心中。
2.不要扭扭捏捏 如果你不喜欢现在的工作，要么辞职不干，要么就闭嘴不言。初出茅庐，往往眼高手低，心高气傲，大事做不了，小事不愿做。不要养成挑三拣四的习惯。不要雨天烦打伞，不带伞又怕淋雨，处处表现出不满的情绪。记住，不做则已，要做就要做好。
3.忍受孤独 每个人都有孤独的时候。要学会忍受孤独，这样才会成熟起来。年轻人嘻嘻哈哈、打打闹闹惯了，到了一个陌生的环境，面对形形色色的人和事，一下子不知所措起来，有时连一个可以倾心说话的地方也没有。这时，千万别浮躁，学会静心，学会忍受孤独。在孤独中思考，在思考中成熟，在成熟中升华。不要因为寂寞而乱了方寸，而去做无聊无益的事情，白白浪费了宝贵的时间。
4.要着眼未来 走运时要做好倒霉的准备。有一天，一只狐狸走到一个葡萄园外，看见里面水灵灵的葡萄垂涎欲滴。可是外面有栅栏挡着，无法进去。于是它一狠心绝食三日，减肥之后，终于钻进葡萄园内饱餐一顿。当它心满意足地想离开葡萄园时，发觉自己吃得太饱，怎么也钻不出栅栏了。相信任何人都不愿做这样的狐狸。退路同样重要。饱带干粮，晴带雨伞，点滴积累，水到渠成。有的东西今天似乎一文不值，但有朝一日也许就会身价百倍。
5.学会坚强 不要像玻璃那样脆弱。有的人眼睛总盯着自己，所以长不高看不远；总是喜欢怨天尤人，也使别人无比厌烦。没有苦中苦，哪来甜中甜？不要像玻璃那样脆弱，而应像水晶一样透明，太阳一样辉煌，腊梅一样坚强。既然睁开眼睛享受风的清凉，就不要埋怨风中细小的沙粒。
6.管住自己的嘴巴 管住自己的嘴巴。不要谈论自己，更不要议论别人。谈论自己往往会自大虚伪，在名不副实中失去自己。议论别人往往陷入鸡毛蒜皮的是非口舌中纠缠不清。每天下班后和你的那些同事朋友喝酒聊天可不是件好事，因为，这中间往往会把议论同事、朋友当做话题。背后议论人总是不好的，尤其是议论别人的短处，这些会降低你的人格。
7.把握机遇 机会从不会”失掉”，你失掉了，自有别人会得到。不要凡事在天，守株待兔，更不要寄希望于”机会”。机会只不过是相对于充分准备而又善于创造机会的人而言的。也许，你正为失去一个机会而懊悔、埋怨的时候，机会正被你对面那个同样的”倒霉鬼”给抓住了。没有机会，就要创造机会，有了机会，就要巧妙地抓住。
8.学会与人沟通 若电话老是不响，你该打出去。很多时候，电话会给你带来意想不到的收获，它不是花瓶，仅仅成为一种摆设。交了新朋友，别忘了老朋友，朋友多了路好走。交际的一大诀窍就是主动。好的人缘好的口碑，往往助你的事业更上一个台阶。
9.重视爱情 千万不要因为自己已经到了结婚年龄而草率结婚。想结婚，就要找一个能和你心心相印相辅相携的伴侣。不要因为放纵和游戏而恋爱，不要因为恋爱而影响工作和事业，更不要因一桩草率而失败的婚姻而使人生受阻。感情用事往往会因小失大
10.写备忘录 写出你一生要做的事情，把单子放在皮夹里，经常拿出来看。人生要有目标，要有计划，要有提醒，要有紧迫感。一个又一个小目标串起来，就成了你一生的大目标。生活富足了，环境改善了，不要忘了皮夹里那张看似薄薄的单子。
2.不要扭扭捏捏 如果你不喜欢现在的工作，要么辞职不干，要么就闭嘴不言。初出茅庐，往往眼高手低，心高气傲，大事做不了，小事不愿做。不要养成挑三拣四的习惯。不要雨天烦打伞，不带伞又怕淋雨，处处表现出不满的情绪。记住，不做则已，要做就要做好。
3.忍受孤独 每个人都有孤独的时候。要学会忍受孤独，这样才会成熟起来。年轻人嘻嘻哈哈、打打闹闹惯了，到了一个陌生的环境，面对形形色色的人和事，一下子不知所措起来，有时连一个可以倾心说话的地方也没有。这时，千万别浮躁，学会静心，学会忍受孤独。在孤独中思考，在思考中成熟，在成熟中升华。不要因为寂寞而乱了方寸，而去做无聊无益的事情，白白浪费了宝贵的时间。
4.要着眼未来 走运时要做好倒霉的准备。有一天，一只狐狸走到一个葡萄园外，看见里面水灵灵的葡萄垂涎欲滴。可是外面有栅栏挡着，无法进去。于是它一狠心绝食三日，减肥之后，终于钻进葡萄园内饱餐一顿。当它心满意足地想离开葡萄园时，发觉自己吃得太饱，怎么也钻不出栅栏了。相信任何人都不愿做这样的狐狸。退路同样重要。饱带干粮，晴带雨伞，点滴积累，水到渠成。有的东西今天似乎一文不值，但有朝一日也许就会身价百倍。
5.学会坚强 不要像玻璃那样脆弱。有的人眼睛总盯着自己，所以长不高看不远；总是喜欢怨天尤人，也使别人无比厌烦。没有苦中苦，哪来甜中甜？不要像玻璃那样脆弱，而应像水晶一样透明，太阳一样辉煌，腊梅一样坚强。既然睁开眼睛享受风的清凉，就不要埋怨风中细小的沙粒。
6.管住自己的嘴巴 管住自己的嘴巴。不要谈论自己，更不要议论别人。谈论自己往往会自大虚伪，在名不副实中失去自己。议论别人往往陷入鸡毛蒜皮的是非口舌中纠缠不清。每天下班后和你的那些同事朋友喝酒聊天可不是件好事，因为，这中间往往会把议论同事、朋友当做话题。背后议论人总是不好的，尤其是议论别人的短处，这些会降低你的人格。
7.把握机遇 机会从不会”失掉”，你失掉了，自有别人会得到。不要凡事在天，守株待兔，更不要寄希望于”机会”。机会只不过是相对于充分准备而又善于创造机会的人而言的。也许，你正为失去一个机会而懊悔、埋怨的时候，机会正被你对面那个同样的”倒霉鬼”给抓住了。没有机会，就要创造机会，有了机会，就要巧妙地抓住。
8.学会与人沟通 若电话老是不响，你该打出去。很多时候，电话会给你带来意想不到的收获，它不是花瓶，仅仅成为一种摆设。交了新朋友，别忘了老朋友，朋友多了路好走。交际的一大诀窍就是主动。好的人缘好的口碑，往往助你的事业更上一个台阶。
9.重视爱情 千万不要因为自己已经到了结婚年龄而草率结婚。想结婚，就要找一个能和你心心相印相辅相携的伴侣。不要因为放纵和游戏而恋爱，不要因为恋爱而影响工作和事业，更不要因一桩草率而失败的婚姻而使人生受阻。感情用事往往会因小失大
10.写备忘录 写出你一生要做的事情，把单子放在皮夹里，经常拿出来看。人生要有目标，要有计划，要有提醒，要有紧迫感。一个又一个小目标串起来，就成了你一生的大目标。生活富足了，环境改善了，不要忘了皮夹里那张看似薄薄的单子。
如何阅读文献
如何阅读文献
1。由点到面。选工作实践中的疑点，热点，由一个小枝节，检索较全的文献，一般近期的20 篇左右已经相当多了。之所以不必在意3年以前的，是因为知识更新非常快，且网上能查到的多为近几年的全文。学习别人是怎么发现解决问题的。知道目前对这个问题的共同看法，和分歧。然后，扩展开，根据兴趣和研究的目的，知道，在研究的领域：谁的文章被引用的次数多，谁的文章最多最新最有启发性。去图书馆找他的文章看全文。逐步扩展自己的视野，构建个人的专业知识结构和看法。
2。由杂到精。有了一定的知识基础以后，对于繁杂的文献，要有个人的判断。追踪某个专题、某个专家的研究进展，比较对于同一专题的论点的发展，掌握其新的方法或新结论，或注意作者观点的改变，探究其原因。培养个人的学术修养。对于高质量高水平的期刊，定期浏览，从面上了解学术进展和热点，根据个人的兴趣和工作进展，逐篇仔细阅读新作。
3。好记性不如烂笔头。无论是工作中的点滴发现，思想火花，都应该写下来。我和王忠诚院士、顾玉东院士的接触中，发现他们都有记卡片的习惯。病例随访、文献观点，等等。到写作文章时，都是现成的材料。现在有了电脑，但是写文献综述是一个完善知识结构的好方法。随时记下论点，个人心得，会有事半功倍的成绩。无论写在纸上，还是记载在电脑内，都应该有一个记事簿，并且经常整理。
4。对于下载的文献，要以其内容建立以专题杂志按时间先后的专门分类。哪些需要仔细阅读并保存，哪些用处不大，待删除，哪些需要阅读却尚未阅读。以后想到时，还能及时找到。
5。天天学习。文献天天有。如果只作为一个收藏家，就失去了研究的意义。下载的目的是学习。通过阅读，掌握专业领域的方法和知识。只要坚持学习，就会积累起自己的知识架构。水到渠成，游刃有余。
之二：
对于初次进入一个领域的新手，必须阅读大量的文献，才能把握本领域的动态和方向。
记得一个留洋的研究生说，起初导师让他读大量的文献，而且每天都规定了数量，好像是100篇吧？由于刚刚接触这一领域，对许多问题还没有什么概念，读起来十分吃力，许多内容也读不懂。请教导师，却被告知只要每天把数量读够就行了。后来随着阅读量的增加，终于最后融汇贯通，也理解了导师的方法。
所以，我觉得对新手而言，应当重视阅读文献的数量，积累多了，自然就由量变发展为质变了。
而且，每个作者的研究方法多少有所区别，读得多了，渐渐就会比较出研究方法的优点和缺点，对自己今后的研究大有裨益。
其实，由于现在科技进步很快，即使是自己从事的领域，也有很多新技术、新观点不停的出现，所以，即使是个“老手”，如果懒于更新自己的知识，也会很快落后。
之三
在文献多如牛毛的今天，其感觉犹如日益增多的帖子，在不想漏掉好东西的前提下
1 把握动态，每天入园后先浏览一遍自上次登陆以来的新帖子，感兴趣的再看看，必要时保存或收藏，这大体相当与杂志的目录，以此保证不会漏掉新的东西
2 回过头来重点看看感兴趣版块的精华帖、高人气帖、加密帖等，这相当于感兴趣砖头杂志的综述、评论、或是cutting edge（JI）之类的
3 好东西不仅仅只在感兴趣版块，其他版块也有一些，在空的时候看看其他版块的精华帖、高人气帖、加密帖等，这相当于相关砖头杂志的综述、评论、或是cutting edge（JI）之类的
4 用搜索功能查找特定关键词的帖子，大体相当于定题检索
5 随着对领域的熟悉，特别是对大师级人物的熟悉，有时可看看这些作者的帖子
6 在信息的今天，没谁敢说已经超一流，不需再接受新的东西；更没有人能够熟悉所有的领域
之四
邹承鲁院士写他是如何读文献的：
无论题目从何而来，都必需紧密追踪当前有关科学领域发展的动向。从研究生时代开始，在导师 教导下，以周围同学为榜样，我就养成了每周必定去图书馆浏览最新期刊的习惯，几十年如一日，雷打不动。如果确实有事，下周必定补上。我当时有一个小记录册，登录所有对本专业重要的刊物，每期读过后，一定做记录，决不遗漏一期，直至今日。现在可以在网上阅读所有重要刊物的目录和摘要，这就更容易做到了。掌握文献、对文献进行综合，以批判的眼光评价文献，并从中提取出有用的和正确的信息以指导今后的研究是一个能独立工作的科学工作者必备的能力。
阅读文献以追踪当前发展动态时，务须切记发挥自己判断力，不可盲从，即使是知名科学家和教科书有时也会有错误。古人说得好：“ 尽信书不如无书”。在追踪当前发展的重要方向时切记，你看到的问题别人也同样会看到，越是重要的问题竞争必然越是剧烈，在研究条件不如人时，如果没有创新的研究思想，独到的研究方案是不可能超越他人得到成功的。虽然国际上也有对于某些重要课题一哄而起的情况，但在我国似乎特别严重。缺乏自己的创新思想而片面一哄而起追求热点，是一条必然失败的路线，最多只能是为别人成果锦上添花，或做一些小修小补的工作而已。关键在于自己的创新思想。创新思想来自何处，虽然灵机一动产生了重要的创新思想，在科学史上确实有所记载，但这毕竟是比较罕见的，而远远更为常见的是天才出于勤奋，创新出于积累，积累可以是个人积累，也可以是本人所在单位的长期积累。这就是前面提到的旺火炉原理，也是诺贝尔奖经常出在少数几个单位的原因。只有勤奋努力才能不断有优秀工作的积累，才可能在工作中逐渐产生真正创新的，别人无法剽窃的创新思想，才有可能在重大问题上取得突破。而在一个炉火熊熊的旺火炉中，不断会有优秀工作的积累，优秀人才的产生，并且创新思想和人才的不断相互作用，相互启发，相互激励，就会不断创造出新的突破性成果。
之五：
MIT人工智能（AI）实验室的教授和学生总结的如何读论文，还不错！
阅读论文是需要练习的技能。不可能完整地阅读所有的论文。
阅读论文可分为三个阶段：
第一阶段是看论文中是否有感兴趣的东西。AI论文含有摘要，其中可能有内容的介绍，但是也有可能没有或者总结得不好，因此需要你跳读，这看一点那看一点，了解作者究竟做了些什么。内容目录（the table of contents）、结论部分（conclusion）和简介（introduction）是三个重点。如果这些方法都不行，就只好顺序快速浏览了。一旦搞清楚了论文的大概和创新点，就可以决定是否需要进行第二阶段了。
在第二阶段，要找出论文真正具有内容的部分。很多15页的论文可以重写为一页左右的篇幅；因此需要你寻找那些真正激动人心的地方，这经常隐藏于某个地方。论文作者从其工作中所发现的感兴趣的地方，未必是你感兴趣的，反之亦然。
最后，如果觉得该论文确实有价值，返回去通篇精读。 读论文时要牢记一个问题，“我应该如何利用该论文？”“真的像作者宣称的那样么？”“如果……会发生什么？”。理解论文得到了什么结论并不等同于理解了该论文。理解论文，就要了解论文的目的，作者所作的选择（很多都是隐含的），假设和形式化是否可行，论文指出了怎样的方向，论文所涉及领域都有哪些问题，作者的研究中持续出现的难点模式是什么，论文所表达的策略观点是什么，诸如此类。
之六
1.多数文章看摘要，少数文章看全文
掌握了一点查全文的技巧，往往会以搞到全文为乐，以至于没有时间看文章的内容，更不屑于看摘要。真正有用的全文并不多，过分追求全文是浪费，不可走极端。当然只看摘要也是不对的。
2.集中时间看文献
看过总会遗忘。看文献的时间越分散，浪费时间越多。集中时间看更容易联系起来，形成整体印象。
3.做好记录和标记
复印或打印的文献，直接用笔标记或批注。pdf 或html 格式的文献，可以用编辑器标亮或改变文字颜色。这是避免时间浪费的又一重要手段。否则等于没看。
4.准备引用的文章要亲自看过。
转引造成的以讹传讹不胜枚举。
5.注意文章的参考价值。
刊物的影响因子、文章的被引次数能反映文章的参考价值。但要注意引用这篇文章的其它文章是如何评价这篇文章的：支持还是反对，补充还是纠错
1。由点到面。选工作实践中的疑点，热点，由一个小枝节，检索较全的文献，一般近期的20 篇左右已经相当多了。之所以不必在意3年以前的，是因为知识更新非常快，且网上能查到的多为近几年的全文。学习别人是怎么发现解决问题的。知道目前对这个问题的共同看法，和分歧。然后，扩展开，根据兴趣和研究的目的，知道，在研究的领域：谁的文章被引用的次数多，谁的文章最多最新最有启发性。去图书馆找他的文章看全文。逐步扩展自己的视野，构建个人的专业知识结构和看法。
2。由杂到精。有了一定的知识基础以后，对于繁杂的文献，要有个人的判断。追踪某个专题、某个专家的研究进展，比较对于同一专题的论点的发展，掌握其新的方法或新结论，或注意作者观点的改变，探究其原因。培养个人的学术修养。对于高质量高水平的期刊，定期浏览，从面上了解学术进展和热点，根据个人的兴趣和工作进展，逐篇仔细阅读新作。
3。好记性不如烂笔头。无论是工作中的点滴发现，思想火花，都应该写下来。我和王忠诚院士、顾玉东院士的接触中，发现他们都有记卡片的习惯。病例随访、文献观点，等等。到写作文章时，都是现成的材料。现在有了电脑，但是写文献综述是一个完善知识结构的好方法。随时记下论点，个人心得，会有事半功倍的成绩。无论写在纸上，还是记载在电脑内，都应该有一个记事簿，并且经常整理。
4。对于下载的文献，要以其内容建立以专题杂志按时间先后的专门分类。哪些需要仔细阅读并保存，哪些用处不大，待删除，哪些需要阅读却尚未阅读。以后想到时，还能及时找到。
5。天天学习。文献天天有。如果只作为一个收藏家，就失去了研究的意义。下载的目的是学习。通过阅读，掌握专业领域的方法和知识。只要坚持学习，就会积累起自己的知识架构。水到渠成，游刃有余。
之二：
对于初次进入一个领域的新手，必须阅读大量的文献，才能把握本领域的动态和方向。
记得一个留洋的研究生说，起初导师让他读大量的文献，而且每天都规定了数量，好像是100篇吧？由于刚刚接触这一领域，对许多问题还没有什么概念，读起来十分吃力，许多内容也读不懂。请教导师，却被告知只要每天把数量读够就行了。后来随着阅读量的增加，终于最后融汇贯通，也理解了导师的方法。
所以，我觉得对新手而言，应当重视阅读文献的数量，积累多了，自然就由量变发展为质变了。
而且，每个作者的研究方法多少有所区别，读得多了，渐渐就会比较出研究方法的优点和缺点，对自己今后的研究大有裨益。
其实，由于现在科技进步很快，即使是自己从事的领域，也有很多新技术、新观点不停的出现，所以，即使是个“老手”，如果懒于更新自己的知识，也会很快落后。
之三
在文献多如牛毛的今天，其感觉犹如日益增多的帖子，在不想漏掉好东西的前提下
1 把握动态，每天入园后先浏览一遍自上次登陆以来的新帖子，感兴趣的再看看，必要时保存或收藏，这大体相当与杂志的目录，以此保证不会漏掉新的东西
2 回过头来重点看看感兴趣版块的精华帖、高人气帖、加密帖等，这相当于感兴趣砖头杂志的综述、评论、或是cutting edge（JI）之类的
3 好东西不仅仅只在感兴趣版块，其他版块也有一些，在空的时候看看其他版块的精华帖、高人气帖、加密帖等，这相当于相关砖头杂志的综述、评论、或是cutting edge（JI）之类的
4 用搜索功能查找特定关键词的帖子，大体相当于定题检索
5 随着对领域的熟悉，特别是对大师级人物的熟悉，有时可看看这些作者的帖子
6 在信息的今天，没谁敢说已经超一流，不需再接受新的东西；更没有人能够熟悉所有的领域
之四
邹承鲁院士写他是如何读文献的：
无论题目从何而来，都必需紧密追踪当前有关科学领域发展的动向。从研究生时代开始，在导师 教导下，以周围同学为榜样，我就养成了每周必定去图书馆浏览最新期刊的习惯，几十年如一日，雷打不动。如果确实有事，下周必定补上。我当时有一个小记录册，登录所有对本专业重要的刊物，每期读过后，一定做记录，决不遗漏一期，直至今日。现在可以在网上阅读所有重要刊物的目录和摘要，这就更容易做到了。掌握文献、对文献进行综合，以批判的眼光评价文献，并从中提取出有用的和正确的信息以指导今后的研究是一个能独立工作的科学工作者必备的能力。
阅读文献以追踪当前发展动态时，务须切记发挥自己判断力，不可盲从，即使是知名科学家和教科书有时也会有错误。古人说得好：“ 尽信书不如无书”。在追踪当前发展的重要方向时切记，你看到的问题别人也同样会看到，越是重要的问题竞争必然越是剧烈，在研究条件不如人时，如果没有创新的研究思想，独到的研究方案是不可能超越他人得到成功的。虽然国际上也有对于某些重要课题一哄而起的情况，但在我国似乎特别严重。缺乏自己的创新思想而片面一哄而起追求热点，是一条必然失败的路线，最多只能是为别人成果锦上添花，或做一些小修小补的工作而已。关键在于自己的创新思想。创新思想来自何处，虽然灵机一动产生了重要的创新思想，在科学史上确实有所记载，但这毕竟是比较罕见的，而远远更为常见的是天才出于勤奋，创新出于积累，积累可以是个人积累，也可以是本人所在单位的长期积累。这就是前面提到的旺火炉原理，也是诺贝尔奖经常出在少数几个单位的原因。只有勤奋努力才能不断有优秀工作的积累，才可能在工作中逐渐产生真正创新的，别人无法剽窃的创新思想，才有可能在重大问题上取得突破。而在一个炉火熊熊的旺火炉中，不断会有优秀工作的积累，优秀人才的产生，并且创新思想和人才的不断相互作用，相互启发，相互激励，就会不断创造出新的突破性成果。
之五：
MIT人工智能（AI）实验室的教授和学生总结的如何读论文，还不错！
阅读论文是需要练习的技能。不可能完整地阅读所有的论文。
阅读论文可分为三个阶段：
第一阶段是看论文中是否有感兴趣的东西。AI论文含有摘要，其中可能有内容的介绍，但是也有可能没有或者总结得不好，因此需要你跳读，这看一点那看一点，了解作者究竟做了些什么。内容目录（the table of contents）、结论部分（conclusion）和简介（introduction）是三个重点。如果这些方法都不行，就只好顺序快速浏览了。一旦搞清楚了论文的大概和创新点，就可以决定是否需要进行第二阶段了。
在第二阶段，要找出论文真正具有内容的部分。很多15页的论文可以重写为一页左右的篇幅；因此需要你寻找那些真正激动人心的地方，这经常隐藏于某个地方。论文作者从其工作中所发现的感兴趣的地方，未必是你感兴趣的，反之亦然。
最后，如果觉得该论文确实有价值，返回去通篇精读。 读论文时要牢记一个问题，“我应该如何利用该论文？”“真的像作者宣称的那样么？”“如果……会发生什么？”。理解论文得到了什么结论并不等同于理解了该论文。理解论文，就要了解论文的目的，作者所作的选择（很多都是隐含的），假设和形式化是否可行，论文指出了怎样的方向，论文所涉及领域都有哪些问题，作者的研究中持续出现的难点模式是什么，论文所表达的策略观点是什么，诸如此类。
之六
1.多数文章看摘要，少数文章看全文
掌握了一点查全文的技巧，往往会以搞到全文为乐，以至于没有时间看文章的内容，更不屑于看摘要。真正有用的全文并不多，过分追求全文是浪费，不可走极端。当然只看摘要也是不对的。
2.集中时间看文献
看过总会遗忘。看文献的时间越分散，浪费时间越多。集中时间看更容易联系起来，形成整体印象。
3.做好记录和标记
复印或打印的文献，直接用笔标记或批注。pdf 或html 格式的文献，可以用编辑器标亮或改变文字颜色。这是避免时间浪费的又一重要手段。否则等于没看。
4.准备引用的文章要亲自看过。
转引造成的以讹传讹不胜枚举。
5.注意文章的参考价值。
刊物的影响因子、文章的被引次数能反映文章的参考价值。但要注意引用这篇文章的其它文章是如何评价这篇文章的：支持还是反对，补充还是纠错
Materials Studio在cluster上的安装指南
Materials Studio在cluster上的安装指南
ID:205 分类:Materials Studio/安装与编译 日期:2005-8-18
关键词：MS, Materials Studio, cluster, install, 安装
推荐使用 Rocks (http://www.rocksclusters.org/),安装和管理比较方便
一、安装Rocks 4.0 (详见 rocks-usersguide-4.0.0.pdf)
二、装好之后Enabling RSH on frontend and all Compute Nodes (详见 rocks-usersguide-4.0.0.pdf)
# cp /home/install/rocks-dist/lan/arch/build/graphs/default/base-rsh.xml \
/home/install/site-profiles/4.0.0/graphs/default/
Where arch is your architecture ("i386", "x86_64" or "ia64").
edit /home/install/site-profiles/4.0.0/graphs/default/base-rsh.xml and change the
following:
to:
xinetd
rsh
(也就是去掉这段中的第一行和最后一行）
To apply your customized configuration scripts to compute nodes, rebuild the distribution:
# cd /home/install
# rocks-dist dist
Then, reinstall your compute nodes.
最重要的是别忘了在frontend上也要启动rsh
具体方法是到安装包中找到
rsh-0.17-25.1.i386.rpm
rsh-server-0.17-25.1.i386.rpm
并安装, 然后启动
#/sbin/chkconfig --level 345 rsh on
#/sbin/chkconfig --level 345 rlogin on
#/sbin/chkconfig --level 345 rexec on
#service xinetd restart
三、安装MS Modeling (参考zixia量化版上qchem写的指南）
1. 获得MS Modeling 3.1的安装光盘或镜象文件
2. 用普通用户执行/mnt/cdrom/UNIX/Install --type cluster
3. 输入要安装的目标全路径，如/home/public/MSI/MaterialsStudio
4. 选择要安装的模块，如17全安装
5. 选择License管理软件的安装目标目录，输入两个回车即可
6. 选择是否启动Gateway服务，一般选是
7. 选择安装license文件，选择3不装
8. 复制你的license文件到/home/public/MSI/License_Pack/licenses （目录要与安装
License管理软件的目录相一致）文件名必须改成msilicense.dat
至此就可以跑串行的程序了，要并行还必须加把劲
四、copy MaterialsStudio\hosts.equiv to /etc/hosts.equiv或者自己新建一个
内容如下：
localhost
localhost.localdomain
compute-0-0
compute-0-1
compute-0-2
.
.
.
compute-0-6
compute-0-7
.
.
.
在安装用户根目录下建一个.rhosts文件, 内容跟hosts.equiv一样
五、修改 MaterialsStudio/MPICH/share/machines.LINUX 文件，把要用的计算节点写上去，格式如下：
compute-0-0:2
compute-0-1:2
compute-0-2:2
.
.
.
compute-0-6:2
compute-0-7:2
.
.
.
冒号后为每个节点的cpu
六、如果用的是csh, 在安装用户根目录下修改.cshrc(bash用户修改.bashrc), 内容如下:
eval `/home/msi/MaterialsStudio/Licensing/Setup/lic_setup.sh -s csh`
eval `/home/msi/MaterialsStudio/share/bin/ms_setup.sh -s csh`
setenv TMPDIR /home/msi/tmp
setenv DMOL3_DATA /home/msi/MaterialsStudio/Data/Resources/Quantum/DMol3
setenv DMOL_TMP /home/msi/tmp
setenv MESODYN_HOME /home/msi/tmp
setenv PATH ${PATH}:/home/msi/MaterialsStudio/DMol3/bin
并在安装用户根目录下建一个tmp临时文件夹
七、 修改MaterialsStudio/Gateway/root_default/dsd/conf下两个文件gw-info.sbd gwparams.cfg中的total cpu
否则在客户机上的job_control中只能看到安装节点上的cpu
八、远程客户机用Server Console工具
选中左边的Server Gateways，右键新建server gateway
输入前述主机的IP地址
建好的server gateway，可以在上面点右键运行测试作业，以测试正常与否。
记得先用小任务测试一切是否正常。
...
enjoying it and good luck!
ID:205 分类:Materials Studio/安装与编译 日期:2005-8-18
关键词：MS, Materials Studio, cluster, install, 安装
推荐使用 Rocks (http://www.rocksclusters.org/),安装和管理比较方便
一、安装Rocks 4.0 (详见 rocks-usersguide-4.0.0.pdf)
二、装好之后Enabling RSH on frontend and all Compute Nodes (详见 rocks-usersguide-4.0.0.pdf)
# cp /home/install/rocks-dist/lan/arch/build/graphs/default/base-rsh.xml \
/home/install/site-profiles/4.0.0/graphs/default/
Where arch is your architecture ("i386", "x86_64" or "ia64").
edit /home/install/site-profiles/4.0.0/graphs/default/base-rsh.xml and change the
following:
to:
(也就是去掉这段中的第一行和最后一行）
To apply your customized configuration scripts to compute nodes, rebuild the distribution:
# cd /home/install
# rocks-dist dist
Then, reinstall your compute nodes.
最重要的是别忘了在frontend上也要启动rsh
具体方法是到安装包中找到
rsh-0.17-25.1.i386.rpm
rsh-server-0.17-25.1.i386.rpm
并安装, 然后启动
#/sbin/chkconfig --level 345 rsh on
#/sbin/chkconfig --level 345 rlogin on
#/sbin/chkconfig --level 345 rexec on
#service xinetd restart
三、安装MS Modeling (参考zixia量化版上qchem写的指南）
1. 获得MS Modeling 3.1的安装光盘或镜象文件
2. 用普通用户执行/mnt/cdrom/UNIX/Install --type cluster
3. 输入要安装的目标全路径，如/home/public/MSI/MaterialsStudio
4. 选择要安装的模块，如17全安装
5. 选择License管理软件的安装目标目录，输入两个回车即可
6. 选择是否启动Gateway服务，一般选是
7. 选择安装license文件，选择3不装
8. 复制你的license文件到/home/public/MSI/License_Pack/licenses （目录要与安装
License管理软件的目录相一致）文件名必须改成msilicense.dat
至此就可以跑串行的程序了，要并行还必须加把劲
四、copy MaterialsStudio\hosts.equiv to /etc/hosts.equiv或者自己新建一个
内容如下：
localhost
localhost.localdomain
compute-0-0
compute-0-1
compute-0-2
.
.
.
compute-0-6
compute-0-7
.
.
.
在安装用户根目录下建一个.rhosts文件, 内容跟hosts.equiv一样
五、修改 MaterialsStudio/MPICH/share/machines.LINUX 文件，把要用的计算节点写上去，格式如下：
compute-0-0:2
compute-0-1:2
compute-0-2:2
.
.
.
compute-0-6:2
compute-0-7:2
.
.
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冒号后为每个节点的cpu
六、如果用的是csh, 在安装用户根目录下修改.cshrc(bash用户修改.bashrc), 内容如下:
eval `/home/msi/MaterialsStudio/Licensing/Setup/lic_setup.sh -s csh`
eval `/home/msi/MaterialsStudio/share/bin/ms_setup.sh -s csh`
setenv TMPDIR /home/msi/tmp
setenv DMOL3_DATA /home/msi/MaterialsStudio/Data/Resources/Quantum/DMol3
setenv DMOL_TMP /home/msi/tmp
setenv MESODYN_HOME /home/msi/tmp
setenv PATH ${PATH}:/home/msi/MaterialsStudio/DMol3/bin
并在安装用户根目录下建一个tmp临时文件夹
七、 修改MaterialsStudio/Gateway/root_default/dsd/conf下两个文件gw-info.sbd gwparams.cfg中的total cpu
否则在客户机上的job_control中只能看到安装节点上的cpu
八、远程客户机用Server Console工具
选中左边的Server Gateways，右键新建server gateway
输入前述主机的IP地址
建好的server gateway，可以在上面点右键运行测试作业，以测试正常与否。
记得先用小任务测试一切是否正常。
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组建linux集群(P4+SU)及编译并行VASP(libgoto+Lam-mpi)
我们现在主要是用做高性能计算，下面就是我的集群的组建过程。
集群的硬件环境：做一个集群，节点机器的硬件最好相同，这样计算的效率就会高很多，同时组建集群也相对容易。以下是我的机器的配置情况（全新，组装）另外要说的是，我们的节点机没有配置显示器，全部工作由服务器完成。连接就是通过交换机连接，和一般局域网连接相同。
服务器：P4 3.2， 内存2 G ，硬盘：160G ，显示器 ，网卡：2个千兆网卡 （money：8千多）
节点（10台）： P4 3.2， 内存：2 G， 硬盘：80G ， 网卡：千兆网卡 （5千多每台）
华为24口千兆交换机（4千多）
集群软件环境：建一个简单的集群，其实并不难，主要配置nis，nfs，rsh，mpi就好了。推荐大家看一本书《微机集群组建、优化和管理》车静光著，机械工业出版社。我的集群，采用suse9.3，操作系统其实也很重要，这次试了很多操作系统，redhat9，rhas4无法识别网卡，rocks无法安装，如果硬件没有什么问题，建议大家可以试下rocks cluster这个集群系统，rocks集操作系统和集群于一体，安装完成并行环境就已经建立，而且还配备了pbs管理软件，非常简单，容易上手，只是我的硬件不太兼容，本来是想装rocks的，无奈，只有自己动手了。
Suse配置nis，nfs非常简单，因为suse强大的yast，就像window一样方便，只要鼠标轻点几下就ok。
1．Linux系统的安装，suse安装也非常简单，在此不想详细讲太多，主要是在分区的时候要注意，最要自己手动分区，对于服务器来说，最好能分一个独立的分区/home，因为节点机器要通过nfs共享服务器的/home。注意的是一下几个软件包一定要安装nfs（nfs－utils），nis（ypbind），rsh（rsh－server）。
2．基本的网络配置（通过yast的网卡配置）
服务器的：192.168.1.253 hostname：node0 域名：node0.cluster
节点机器：192.168.1－192.168.1.10 hostname：node1－node10 域名：node*.cluser
掩码：255.255.255.0
3.服务器的配置
3.1．Nfs设置
NFS（NetWork File System）是一种使用比较多的网络文件系统，它以它的安装容易，使用方便得到很多Linux爱好者的使用。在使用NFS时，我们把需要共享的分区或者文件按照一定的规范共享出去，想使用这个资源的机器使用mount 命令把共享的资源加载到自己的系统上，然后就可以像使用自己的本地文件系统一样方便。
进入图形yast－network－nfs server，之后开始配置， 点击add directory：之后设置两个共享目录， /home,/usr/local/，然后加入共享这两个目录的主机通配符192.168.1.0/255.255.255.0 rw,root_squash, sync。其实配置nfs就是修改/etc/exports 文件，你也可以直接修改成
/home/ 192.168.1.1/255.255.255.0(rw,root_squash,sync)
/usr/local 192.168.1.1/255.255.255.0(rw,root_squash,sync)
Ok，NFS就这样配置好了。
3.2 NIS的配置
NIS(Network Information Service)是实现网络上各Linux机器之间的重要数据分享。这些数据包括用户帐号，密码，组文件，主机文件，等等。在集群中我们要做到单一的镜象就需要NIS的一些服务。比如我们不需要在每个节点上建立各自的用户，而是在master上建立一个用户以后，就同时在其它的节点上能够访问到这个用户。
下面是我的配置过程：
Yast－network－nis server－create nis master server之后填入nis domain name，就是域名，我们填node0.Cluster，之后一些信息一般选默认就可以了，之后要配置hosts：
netmask：255.255.255.255 network：127.0.0.1
netmask：255.255.0.0 network：192.168.0.0
ok,之后完成，进入/var/yp目录，执行make就最后完成nis的配置。注意的是如果你新建用户了，要注意执行make命令更新nis信息。
最后启动网络服务yast－network-start service进入设置，开启shell，login两项服务。
3.3 rsh的配置
注意修改这两个文件/etc/hosts /etc/hosts.equiv 所建立用户的.rhosts，这个文件和/hosts.equiv文件内容设置相同。
Hosts的文件信息，最后修改成：
127.0.0.1 localhost
192.168.1.253 node0.cluster node0
192.168.1.1 node1.cluster node1
192.168.1.10 node10.cluster node10
Hosts.equiv:
Node0
Node1
Node10
把所有节点的信息输入到这两个文件，等节点机器的配置好后，你就可以用命令rlogin node*,登陆节点机器，这样就可以对节点机器进行操作了。
节点机器的配置
配置nis，nfs的情况基本和服务器类似，只是进入yast的时候选择的是nis客户端，和nfs客户端即可，这里不再详细说明。之后启动rsh服务，启动过程，编辑/etc/xinetd.d/rsh 将其中内容“disable＝yes”改成“disable＝no”，重新restart xinetd，激活rsh #chkconfig –level 345 rsh on
#/etc/rc.d/xinetd restart,这样就配置好rsh了，
Lam－mpi的编译安装使用。
（1） 到lam－mpi官方网站www.lam-mpi.org下载最新的源代码，注意不要下载rpm格式的，要自己编译tar.gz格式的
（2） 用“tar zxvf lam-7.1.1.tar.gz”解压
（3） 进入该目录配置编译信息(后面编译vasp中的makefile有)
./configure—prefix =/usr/local/lam-7.1.1 ――with CFLAGS=―O ―with –fc=ifort ―― with ―f77flags=―O ―without ―romio
几点说明，前面是配置lam－mpi的安装路径/usr/local/lam-7.1.1,指定的编译器是intel的fortran编译器ifort
（4） 然后执行make进行编译，最后执行make install安装，ok成功安装lam－mpi
之后最好把/usr/local/lam-7.1.1/bin加入到搜索路径中，具体做法vi编辑/etc/profile找到
#make path more comfortable
＃if test ………then
PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/usr/local/lam-7.1.1/bin
Ok, 这样就设置好路径了，注意的是服务器和节点机器都要设置，因为我们是通过nfs共享lam。之后新建一个文件，lamhosts，输入node0，执行lamboot － lamhosts
如果显示有lam的相关信息，那说明安装成功。
之后顺便说一下lam的使用的几个命令，注意执行lam不能在root下操作
1） 新建一个文件，说明要使用并行计算的几个机器，vi lamhosts
加入你要计算的机器，比如node0 node1 node2 …每个机器一行
2） lamboot －v lamhosts 启动lam－mpi
3） mpirun － np * program *为你运行机器的台数，progran为并行程序，在vasp中我就直接运行mpirun －np 10 vasp
4） 运行结束，记得wipe －v lamhosts 释放机器，否则节点机器无法关机，我经常忘记执行这个命令，导致关机的时候无法正常关机.。
Ifc8.0并行vasp的编译（参考了本论坛的[转帖]VASP程序的编译(valenhou)）
感觉vasp安装不同操作系统不同的版本情况有很大不一样，在suse中并行vasp4.6我编译不成功，并行vasp4.5成功，串行4.6也成功，在rhas4.0中串行vasp4.6无法成功编译，vasp4.5则没有问题，大家如果编译不成功的话，可以试试不同版本。下面讲讲我的并行编译。首先要安装好fortran的编译器ifc这个不详细讲了，重要是要配置好路径，节点机器也是同样问题，ifc可以通过nfs共享，节点机器只要设置好路径就好了。
1． 下载数学库libgoto，我的是intel平台我下libgoto_prescott32p-r1.00.so，之后我把他放在vasp上一级目录/usr/local/lib中
2． 解压vasp.4.5.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz，注意把vasp安装在usr/local的共享目录中
Tar zxvf vasp.4.5.tar.gz tar zxvf vasp.4.lib.tar.gz
3. cd vasp.4.lib
cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
vi makefile 把当中的编译命令ifc改为ifort，在8.0中的命令是ifort不是ifc
之后执行make命令得到libdmy.a。
4. cd vasp.4.5
cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
vi makefile 把前面第50行的FC=IFC部分用＃注释掉，第80－82的cpp部分也注释掉
之后就是136行blas＝/usr/local/lib/libgoto_prescott32p-r1.00.so -lsvml
LAPACK用139行vasp自带的lapack，
把第166行和167行有关FFT3D的行前加上注释号，如下面的
#FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o
#FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a
之后把202，203行mpi部分fc＝mpif77的＃去掉
把212行有关CPP的行前的注释号去掉
把226和227行有关SCA的行，加上注释号
把239和243行有关FFT3D的行，改成如下的内容：
# FFT: fftmpi.o with fft3dlib of Juergen Furthmueller
FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dlib.o
# fftw.3.0.1 is slighly faster and should be used if available
#FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o
/opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a
把这些都修改后，保存，再make得到vasp的可执行程序，为了和串行区别之后我把vasp修改为vaspmpi，copy到/bin中去。这样就大功告成了。
http://blog.chinaunix.net/u2/63591/showart_523768.html
原文地址 http://bbs.zixia.net/disparticle.php?boardName=Gaussian&ID=23870&pos=8
集群的硬件环境：做一个集群，节点机器的硬件最好相同，这样计算的效率就会高很多，同时组建集群也相对容易。以下是我的机器的配置情况（全新，组装）另外要说的是，我们的节点机没有配置显示器，全部工作由服务器完成。连接就是通过交换机连接，和一般局域网连接相同。
服务器：P4 3.2， 内存2 G ，硬盘：160G ，显示器 ，网卡：2个千兆网卡 （money：8千多）
节点（10台）： P4 3.2， 内存：2 G， 硬盘：80G ， 网卡：千兆网卡 （5千多每台）
华为24口千兆交换机（4千多）
集群软件环境：建一个简单的集群，其实并不难，主要配置nis，nfs，rsh，mpi就好了。推荐大家看一本书《微机集群组建、优化和管理》车静光著，机械工业出版社。我的集群，采用suse9.3，操作系统其实也很重要，这次试了很多操作系统，redhat9，rhas4无法识别网卡，rocks无法安装，如果硬件没有什么问题，建议大家可以试下rocks cluster这个集群系统，rocks集操作系统和集群于一体，安装完成并行环境就已经建立，而且还配备了pbs管理软件，非常简单，容易上手，只是我的硬件不太兼容，本来是想装rocks的，无奈，只有自己动手了。
Suse配置nis，nfs非常简单，因为suse强大的yast，就像window一样方便，只要鼠标轻点几下就ok。
1．Linux系统的安装，suse安装也非常简单，在此不想详细讲太多，主要是在分区的时候要注意，最要自己手动分区，对于服务器来说，最好能分一个独立的分区/home，因为节点机器要通过nfs共享服务器的/home。注意的是一下几个软件包一定要安装nfs（nfs－utils），nis（ypbind），rsh（rsh－server）。
2．基本的网络配置（通过yast的网卡配置）
服务器的：192.168.1.253 hostname：node0 域名：node0.cluster
节点机器：192.168.1－192.168.1.10 hostname：node1－node10 域名：node*.cluser
掩码：255.255.255.0
3.服务器的配置
3.1．Nfs设置
NFS（NetWork File System）是一种使用比较多的网络文件系统，它以它的安装容易，使用方便得到很多Linux爱好者的使用。在使用NFS时，我们把需要共享的分区或者文件按照一定的规范共享出去，想使用这个资源的机器使用mount 命令把共享的资源加载到自己的系统上，然后就可以像使用自己的本地文件系统一样方便。
进入图形yast－network－nfs server，之后开始配置， 点击add directory：之后设置两个共享目录， /home,/usr/local/，然后加入共享这两个目录的主机通配符192.168.1.0/255.255.255.0 rw,root_squash, sync。其实配置nfs就是修改/etc/exports 文件，你也可以直接修改成
/home/ 192.168.1.1/255.255.255.0(rw,root_squash,sync)
/usr/local 192.168.1.1/255.255.255.0(rw,root_squash,sync)
Ok，NFS就这样配置好了。
3.2 NIS的配置
NIS(Network Information Service)是实现网络上各Linux机器之间的重要数据分享。这些数据包括用户帐号，密码，组文件，主机文件，等等。在集群中我们要做到单一的镜象就需要NIS的一些服务。比如我们不需要在每个节点上建立各自的用户，而是在master上建立一个用户以后，就同时在其它的节点上能够访问到这个用户。
下面是我的配置过程：
Yast－network－nis server－create nis master server之后填入nis domain name，就是域名，我们填node0.Cluster，之后一些信息一般选默认就可以了，之后要配置hosts：
netmask：255.255.255.255 network：127.0.0.1
netmask：255.255.0.0 network：192.168.0.0
ok,之后完成，进入/var/yp目录，执行make就最后完成nis的配置。注意的是如果你新建用户了，要注意执行make命令更新nis信息。
最后启动网络服务yast－network-start service进入设置，开启shell，login两项服务。
3.3 rsh的配置
注意修改这两个文件/etc/hosts /etc/hosts.equiv 所建立用户的.rhosts，这个文件和/hosts.equiv文件内容设置相同。
Hosts的文件信息，最后修改成：
127.0.0.1 localhost
192.168.1.253 node0.cluster node0
192.168.1.1 node1.cluster node1
192.168.1.10 node10.cluster node10
Hosts.equiv:
Node0
Node1
Node10
把所有节点的信息输入到这两个文件，等节点机器的配置好后，你就可以用命令rlogin node*,登陆节点机器，这样就可以对节点机器进行操作了。
节点机器的配置
配置nis，nfs的情况基本和服务器类似，只是进入yast的时候选择的是nis客户端，和nfs客户端即可，这里不再详细说明。之后启动rsh服务，启动过程，编辑/etc/xinetd.d/rsh 将其中内容“disable＝yes”改成“disable＝no”，重新restart xinetd，激活rsh #chkconfig –level 345 rsh on
#/etc/rc.d/xinetd restart,这样就配置好rsh了，
Lam－mpi的编译安装使用。
（1） 到lam－mpi官方网站www.lam-mpi.org下载最新的源代码，注意不要下载rpm格式的，要自己编译tar.gz格式的
（2） 用“tar zxvf lam-7.1.1.tar.gz”解压
（3） 进入该目录配置编译信息(后面编译vasp中的makefile有)
./configure—prefix =/usr/local/lam-7.1.1 ――with CFLAGS=―O ―with –fc=ifort ―― with ―f77flags=―O ―without ―romio
几点说明，前面是配置lam－mpi的安装路径/usr/local/lam-7.1.1,指定的编译器是intel的fortran编译器ifort
（4） 然后执行make进行编译，最后执行make install安装，ok成功安装lam－mpi
之后最好把/usr/local/lam-7.1.1/bin加入到搜索路径中，具体做法vi编辑/etc/profile找到
#make path more comfortable
＃if test ………then
PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/usr/local/lam-7.1.1/bin
Ok, 这样就设置好路径了，注意的是服务器和节点机器都要设置，因为我们是通过nfs共享lam。之后新建一个文件，lamhosts，输入node0，执行lamboot － lamhosts
如果显示有lam的相关信息，那说明安装成功。
之后顺便说一下lam的使用的几个命令，注意执行lam不能在root下操作
1） 新建一个文件，说明要使用并行计算的几个机器，vi lamhosts
加入你要计算的机器，比如node0 node1 node2 …每个机器一行
2） lamboot －v lamhosts 启动lam－mpi
3） mpirun － np * program *为你运行机器的台数，progran为并行程序，在vasp中我就直接运行mpirun －np 10 vasp
4） 运行结束，记得wipe －v lamhosts 释放机器，否则节点机器无法关机，我经常忘记执行这个命令，导致关机的时候无法正常关机.。
Ifc8.0并行vasp的编译（参考了本论坛的[转帖]VASP程序的编译(valenhou)）
感觉vasp安装不同操作系统不同的版本情况有很大不一样，在suse中并行vasp4.6我编译不成功，并行vasp4.5成功，串行4.6也成功，在rhas4.0中串行vasp4.6无法成功编译，vasp4.5则没有问题，大家如果编译不成功的话，可以试试不同版本。下面讲讲我的并行编译。首先要安装好fortran的编译器ifc这个不详细讲了，重要是要配置好路径，节点机器也是同样问题，ifc可以通过nfs共享，节点机器只要设置好路径就好了。
1． 下载数学库libgoto，我的是intel平台我下libgoto_prescott32p-r1.00.so，之后我把他放在vasp上一级目录/usr/local/lib中
2． 解压vasp.4.5.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz，注意把vasp安装在usr/local的共享目录中
Tar zxvf vasp.4.5.tar.gz tar zxvf vasp.4.lib.tar.gz
3. cd vasp.4.lib
cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
vi makefile 把当中的编译命令ifc改为ifort，在8.0中的命令是ifort不是ifc
之后执行make命令得到libdmy.a。
4. cd vasp.4.5
cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
vi makefile 把前面第50行的FC=IFC部分用＃注释掉，第80－82的cpp部分也注释掉
之后就是136行blas＝/usr/local/lib/libgoto_prescott32p-r1.00.so -lsvml
LAPACK用139行vasp自带的lapack，
把第166行和167行有关FFT3D的行前加上注释号，如下面的
#FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o
#FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a
之后把202，203行mpi部分fc＝mpif77的＃去掉
把212行有关CPP的行前的注释号去掉
把226和227行有关SCA的行，加上注释号
把239和243行有关FFT3D的行，改成如下的内容：
# FFT: fftmpi.o with fft3dlib of Juergen Furthmueller
FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dlib.o
# fftw.3.0.1 is slighly faster and should be used if available
#FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o
/opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a
把这些都修改后，保存，再make得到vasp的可执行程序，为了和串行区别之后我把vasp修改为vaspmpi，copy到/bin中去。这样就大功告成了。
http://blog.chinaunix.net/u2/63591/showart_523768.html
原文地址 http://bbs.zixia.net/disparticle.php?boardName=Gaussian&ID=23870&pos=8
Sunday, July 06, 2008
寓言启示录_做人要懂得知足
一只美丽的天鹅有一天落在地上时，看见了一只健壮的鸭子，她立刻被这只帅气的鸭子所打动，她惊诧于鸭子不同于她同类的模样，不同于她同类气质，是那么的有型，那么的另类。
于是，天鹅向鸭子表明了爱意。受宠若惊的鸭子立刻接受了这份爱。从此，天鹅与鸭子在土地上生活着，在泥塘边生活着。天鹅那高贵而雪白的羽毛一天天被污脏了；天鹅那以前不会长期行走的美丽小脚红肿了；天鹅失去了云彩的抚摩，蓝天的洗涤。
天鹅终于忍不住了，她总是在说：鸭子，鸭子，你学习飞翔啊，那我们就可以一起在高空中比翼双飞了。
鸭子为了天鹅而努力学习飞翔，可惜他只是一只鸭子，想要飞翔，想要飞到和天鹅飞翔一样的高度实在是太难了，他实在是没有毅力了，于是他放弃了。
鸭子说：天鹅，你抓住我，带我去飞吧。天鹅抓住鸭子，扇动翅膀，非常非常吃力地飞上了蓝天，在天上飞了一会儿就落地了。
鸭子笑了，鸭子觉得天上风景太美了，鸭子想：爱上了天鹅真是好。
在那之后的日子里，鸭子每天都要求天鹅带他飞上天，而且要求飞翔的时间也越来越长，如果天鹅不能达到要求他就会生气。疲惫的天鹅因为爱着鸭子，虽然身心俱疲，却依然会答应鸭子的要求。
这一天，鸭子又让天鹅带他去飞上蓝天，天鹅勉强抓住鸭子飞上了，飞得很高，很高，很高，然后天鹅低下头深深地吻了鸭子，就在鸭子感觉诧异的时候，天鹅松开了抓住鸭子的手……
这个故事告诉我们：做人要懂得知足，美女愿意让你上就很好了，千万不要要求太高，不要“天天想上”！
这个故事还告诉我们：公主爱上穷小子的故事并非没有，只是结局未必会那么完美。无论如何，阶级总是存在的，门当户对未必就是坏观念。攀上一个富家女确实会令你生活质量提高，但并不代表你可以免于奋斗。富家女会让你飞得很高，但也会让你死得很惨。
于是，天鹅向鸭子表明了爱意。受宠若惊的鸭子立刻接受了这份爱。从此，天鹅与鸭子在土地上生活着，在泥塘边生活着。天鹅那高贵而雪白的羽毛一天天被污脏了；天鹅那以前不会长期行走的美丽小脚红肿了；天鹅失去了云彩的抚摩，蓝天的洗涤。
天鹅终于忍不住了，她总是在说：鸭子，鸭子，你学习飞翔啊，那我们就可以一起在高空中比翼双飞了。
鸭子为了天鹅而努力学习飞翔，可惜他只是一只鸭子，想要飞翔，想要飞到和天鹅飞翔一样的高度实在是太难了，他实在是没有毅力了，于是他放弃了。
鸭子说：天鹅，你抓住我，带我去飞吧。天鹅抓住鸭子，扇动翅膀，非常非常吃力地飞上了蓝天，在天上飞了一会儿就落地了。
鸭子笑了，鸭子觉得天上风景太美了，鸭子想：爱上了天鹅真是好。
在那之后的日子里，鸭子每天都要求天鹅带他飞上天，而且要求飞翔的时间也越来越长，如果天鹅不能达到要求他就会生气。疲惫的天鹅因为爱着鸭子，虽然身心俱疲，却依然会答应鸭子的要求。
这一天，鸭子又让天鹅带他去飞上蓝天，天鹅勉强抓住鸭子飞上了，飞得很高，很高，很高，然后天鹅低下头深深地吻了鸭子，就在鸭子感觉诧异的时候，天鹅松开了抓住鸭子的手……
这个故事告诉我们：做人要懂得知足，美女愿意让你上就很好了，千万不要要求太高，不要“天天想上”！
这个故事还告诉我们：公主爱上穷小子的故事并非没有，只是结局未必会那么完美。无论如何，阶级总是存在的，门当户对未必就是坏观念。攀上一个富家女确实会令你生活质量提高，但并不代表你可以免于奋斗。富家女会让你飞得很高，但也会让你死得很惨。
Saturday, July 05, 2008
老师的搞笑情书
一
地理老师写道：“你是东半球，我是西半球。我们在一起，便是整个地球了。”
对方回信：“如果这样的话，地球上那不只剩下我们这孤独的一对了吗？”
二
历史老师写道：“现实是今天，历史是昨天，我们相爱，昨天和今天便天然地接在一起了。”
对方回信：“只有昨天、今天而没有明天，我们活着还有什么意义呢？”
三
数学老师写道：“亲爱的，你是正数，我便是负数，我们都是有理数，该是天生的一对啊。”
对方回信：“亲爱的，如果结婚后我做出了无理的事，也还是有理的吧？”
四
哲学老师如此求婚：“芳芳，你是存在，我是意识，根据唯物论的原理，存在决定意识，我愿永远做你忠实的仆人。”
对方答复：“根据辩证法的原理，在一定条件下，意识对存在有反作用，一旦我们结了婚，你便成了主宰我的皇帝。”
五
语文老师写信更动人：“倩倩，你是夏夜的星，你是春天的云，你是潺潺的小溪，你是溪边柳条枝上的百灵，你是轻盈的舞步，你是悦耳的歌声……”
倩倩回信说：“我的天啊，你唯独不爱我这个人。”
六
物理老师的情书写得更妙：“你是阴极，我是阳极，我们结合便能产生爱情的电！”
女友吓坏了：“请走开！我不敢靠近你，我怕触电身亡。”
地理老师写道：“你是东半球，我是西半球。我们在一起，便是整个地球了。”
对方回信：“如果这样的话，地球上那不只剩下我们这孤独的一对了吗？”
二
历史老师写道：“现实是今天，历史是昨天，我们相爱，昨天和今天便天然地接在一起了。”
对方回信：“只有昨天、今天而没有明天，我们活着还有什么意义呢？”
三
数学老师写道：“亲爱的，你是正数，我便是负数，我们都是有理数，该是天生的一对啊。”
对方回信：“亲爱的，如果结婚后我做出了无理的事，也还是有理的吧？”
四
哲学老师如此求婚：“芳芳，你是存在，我是意识，根据唯物论的原理，存在决定意识，我愿永远做你忠实的仆人。”
对方答复：“根据辩证法的原理，在一定条件下，意识对存在有反作用，一旦我们结了婚，你便成了主宰我的皇帝。”
五
语文老师写信更动人：“倩倩，你是夏夜的星，你是春天的云，你是潺潺的小溪，你是溪边柳条枝上的百灵，你是轻盈的舞步，你是悦耳的歌声……”
倩倩回信说：“我的天啊，你唯独不爱我这个人。”
六
物理老师的情书写得更妙：“你是阴极，我是阳极，我们结合便能产生爱情的电！”
女友吓坏了：“请走开！我不敢靠近你，我怕触电身亡。”
Sunday, June 29, 2008
idea
uhmwpe fiber is processed by gel spinning because its melt viscosity is extremely high. the productivity of gel spinning is very low and the solvent extraction is another annoying issue, especially when toxic solvents are involved.
to reduce the uhmwpe melt viscosity using some processing agents but not to decrease the fiber property has attracted tremendous invesitagtions, but such a fiber is not availabe yet.
what are the merits of uhmwpe fiber?
light, strong, tough, hydrophobic, wear resistant, chemical resistant, low temperature sustainability, biocompatible, notch insensitivity, etc
what are the disadvantages?
low melting point, high viscosity, low creep performance, low adhesion
what kind of materials can solve the problems without compromise the merits of uhmwpe fiber?
to reduce the uhmwpe melt viscosity using some processing agents but not to decrease the fiber property has attracted tremendous invesitagtions, but such a fiber is not availabe yet.
what are the merits of uhmwpe fiber?
light, strong, tough, hydrophobic, wear resistant, chemical resistant, low temperature sustainability, biocompatible, notch insensitivity, etc
what are the disadvantages?
low melting point, high viscosity, low creep performance, low adhesion
what kind of materials can solve the problems without compromise the merits of uhmwpe fiber?
Molecular Engineering of Low Friction and Biocompatible Surfaces
a good proposal abstract
molecular dynamics simulation of biotribology
one of the papers of the PI
Molecular simulation studies of nanoscale friction between phosphorylcholine self-assembled monolayer surfaces: Correlation between surface hydration and friction
J. Chem. Phys. 127, 084708 (2007); DOI:10.1063/1.2759910
http://link.aip.org/link/?JCPSA6/127/084708/1
http://scitation.aip.org/getpdf/servlet/GetPDFServlet?filetype=pdf&id=JCPSA6000127000008084708000001&idtype=cvips&prog=normal
http://www.nsf.gov/awardsearch/showAward.do?AwardNumber=0758358
Award Abstract #0758358
Molecular Engineering of Low Friction and Biocompatible Surfaces
NSF Org: CMMI
Division of Civil, Mechanical, and Manufacturing Innovation
Initial Amendment Date: June 3, 2008
Latest Amendment Date: June 3, 2008
Award Number: 0758358
Award Instrument: Standard Grant
Program Manager: Clark V. Cooper
CMMI Division of Civil, Mechanical, and Manufacturing Innovation
ENG Directorate for Engineering
Start Date: June 1, 2008
Expires: May 31, 2011 (Estimated)
Awarded Amount to Date: $250000
Investigator(s): Shaoyi Jiang sjiang@u.washington.edu(Principal Investigator)
Sponsor: University of Washington
1100 NE 45th St, Suite 300
SEATTLE, WA 98105 206/543-4043
NSF Program(s): NANO NON-SOLIC SCI & ENG AWD,
MATERIALS DESIGN & SURFACE ENG
Field Application(s): 0106000 Materials Research
Program Reference Code(s): MANU,9146,1633,1444,024E
Program Element Code(s): 7237,1633
ABSTRACT
Lubrication is critical to the success of total joint replacement. Despite significant progress in the understanding of molecular tribology for chemical systems, there is still a lack of a fundamental understanding of the lubrication mechanisms for joints and other biological systems. Currently, the most common solution to arthritis is total joint replacement. However, the biocompatibility of implanted materials poses a great challenge. Poly(ethylene glycol) (PEG) and zwitterionic-based materials are two commonly used biocompatible materials. It is hypothesized that zwitterionic-based coatings will have very low friction. In this work, friction between two surfaces covered by zwitterionic polymer brushes will be studied using both non-equilibrium molecular dynamics simulations and chemical force microscopy experiments. The objectives of this work are to gain insights into the origin of the friction between zwitterionic coatings at the molecular level, to establish the relationship between nano-scale friction and surface hydration, and to compare the performance of three unique zwitterionic coatings. PEG will also be studied for comparison. The success of this work will provide a fundamental understanding of the interfaces encountered in bionanotribology and will guide the design of new biocompatible materials for applications in artificial joints and BioMEMS/NEMS. The outcome of this work is to identify and design coatings with both low friction and high compatibility. Graduate and undergraduate students will be involved in this project, particularly those from underrepresented groups. As a part of the ongoing undergraduate curriculum reform, the PI is teaching a new course on ?Biomolecular Interfaces? and will teach a new undergraduate thermodynamics course which will integrate classical thermodynamics, statistical mechanics and molecular simulation. Results from the proposed work will contribute significantly to these two new courses. The knowledge will also be disseminated through several other courses that the PI gives lectures to every year.
Please report errors in award information by writing to: awardsearch@nsf.gov.
molecular dynamics simulation of biotribology
one of the papers of the PI
Molecular simulation studies of nanoscale friction between phosphorylcholine self-assembled monolayer surfaces: Correlation between surface hydration and friction
J. Chem. Phys. 127, 084708 (2007); DOI:10.1063/1.2759910
http://link.aip.org/link/?JCPSA6/127/084708/1
http://scitation.aip.org/getpdf/servlet/GetPDFServlet?filetype=pdf&id=JCPSA6000127000008084708000001&idtype=cvips&prog=normal
http://www.nsf.gov/awardsearch/showAward.do?AwardNumber=0758358
Award Abstract #0758358
Molecular Engineering of Low Friction and Biocompatible Surfaces
NSF Org: CMMI
Division of Civil, Mechanical, and Manufacturing Innovation
Initial Amendment Date: June 3, 2008
Latest Amendment Date: June 3, 2008
Award Number: 0758358
Award Instrument: Standard Grant
Program Manager: Clark V. Cooper
CMMI Division of Civil, Mechanical, and Manufacturing Innovation
ENG Directorate for Engineering
Start Date: June 1, 2008
Expires: May 31, 2011 (Estimated)
Awarded Amount to Date: $250000
Investigator(s): Shaoyi Jiang sjiang@u.washington.edu(Principal Investigator)
Sponsor: University of Washington
1100 NE 45th St, Suite 300
SEATTLE, WA 98105 206/543-4043
NSF Program(s): NANO NON-SOLIC SCI & ENG AWD,
MATERIALS DESIGN & SURFACE ENG
Field Application(s): 0106000 Materials Research
Program Reference Code(s): MANU,9146,1633,1444,024E
Program Element Code(s): 7237,1633
ABSTRACT
Lubrication is critical to the success of total joint replacement. Despite significant progress in the understanding of molecular tribology for chemical systems, there is still a lack of a fundamental understanding of the lubrication mechanisms for joints and other biological systems. Currently, the most common solution to arthritis is total joint replacement. However, the biocompatibility of implanted materials poses a great challenge. Poly(ethylene glycol) (PEG) and zwitterionic-based materials are two commonly used biocompatible materials. It is hypothesized that zwitterionic-based coatings will have very low friction. In this work, friction between two surfaces covered by zwitterionic polymer brushes will be studied using both non-equilibrium molecular dynamics simulations and chemical force microscopy experiments. The objectives of this work are to gain insights into the origin of the friction between zwitterionic coatings at the molecular level, to establish the relationship between nano-scale friction and surface hydration, and to compare the performance of three unique zwitterionic coatings. PEG will also be studied for comparison. The success of this work will provide a fundamental understanding of the interfaces encountered in bionanotribology and will guide the design of new biocompatible materials for applications in artificial joints and BioMEMS/NEMS. The outcome of this work is to identify and design coatings with both low friction and high compatibility. Graduate and undergraduate students will be involved in this project, particularly those from underrepresented groups. As a part of the ongoing undergraduate curriculum reform, the PI is teaching a new course on ?Biomolecular Interfaces? and will teach a new undergraduate thermodynamics course which will integrate classical thermodynamics, statistical mechanics and molecular simulation. Results from the proposed work will contribute significantly to these two new courses. The knowledge will also be disseminated through several other courses that the PI gives lectures to every year.
Please report errors in award information by writing to: awardsearch@nsf.gov.
Friday, June 27, 2008
科研人员如何利用社交网络
科研人员如何利用社交网络
社交网络在年青人中间很流行——尤以Facebook, myspace有名。科研人员也有一些比较专业的交流网络社区，国外有2collab， 国内有“生物谷”、“丁香园”等等。
科研人员是怎么利用和看待这些新兴的web2.0的网络社区呢？是聊天、看新闻、分享图片、会朋友，还是从事与工作有关的事？
2collab最近做了一个调查。结果发现：科研人员毕竟是科研人员（科学家），还是很严肃的，他们利用社交网络主要的目的，还是与工作有关。
这是一篇英文文章，挺长，不翻译了，转贴下面供大家参考。
2collab Survey Reveals that Scientists and Researchers are “All Business” with Social Applications
Social media will have major influence on key aspects of research within five years
AMSTERDAM – June 9, 2008 – 2collab (www.2collab.com), the research collaboration platform from Elsevier, the world's leading publisher of science, technology and medical (STM) information, announced today the results of a survey, asking researchers about the role of social media in their professional lives. The survey, which yielded over 1,800 responses, revealed that scientists are using blogs, wikis, and social networking and bookmarking applications primarily for professional reasons. Results show that these social media applications have provided scientists and researchers with additional resources to help them collaborate, connect, share and discover information.
2collab surveyed science, medical and technical information professionals working in academia and government institutions to establish exactly what influence new web applications are having on the way scientific research is conducted. Over 50% of respondents see web-based social applications playing a key role in shaping the future of research. The largest influence will be on critical analysis and evaluation of research data, professional networking and collaboration, dissemination of research output, career development, as well as grant application and funding.
Results show that many researchers believe social applications will have a major influence on the future of research. One respondent, an Environmental Science researcher based in Spain commented, “Social media and electronic journals will be the future of scientific information dissemination. Current scientific journals must not disappear but the business model will change.”
Comments from survey respondents identified several issues need to be addressed before mass acceptance by the research community is possible – namely the need for specialist tools, higher security, and validation of users. However, these concerns were not seen as insurmountable obstacles, and many anticipated tremendous potential for social media. “Existing social networks are mostly used for casual social interaction between young people. In order to be more relevant to academia, networks with professional credibility and accountability will need to develop,” writes another respondent, a Canada-based associate professor of Biochemistry, Genetics & Molecular Biology.
“While it is clear that scientists and researchers will continue to use traditional sources for information discovery, the survey indicates that social media applications will provide additional indicators of quality and discovery,” states Brant Emery, development manager for 2collab. “In an era where information travels fastest digitally, online applications will offer these professionals what one researcher stated as a “source of power.” Creating these online scientific communities gives everyone a chance to offer their voices and participate in research, thus increasing the flow of communication, access to knowledge and helping accelerate scientific discovery.”
本文引用地址：http://www.sciencenet.cn/blog/user_content.aspx?id=30431
社交网络在年青人中间很流行——尤以Facebook, myspace有名。科研人员也有一些比较专业的交流网络社区，国外有2collab， 国内有“生物谷”、“丁香园”等等。
科研人员是怎么利用和看待这些新兴的web2.0的网络社区呢？是聊天、看新闻、分享图片、会朋友，还是从事与工作有关的事？
2collab最近做了一个调查。结果发现：科研人员毕竟是科研人员（科学家），还是很严肃的，他们利用社交网络主要的目的，还是与工作有关。
这是一篇英文文章，挺长，不翻译了，转贴下面供大家参考。
2collab Survey Reveals that Scientists and Researchers are “All Business” with Social Applications
Social media will have major influence on key aspects of research within five years
AMSTERDAM – June 9, 2008 – 2collab (www.2collab.com), the research collaboration platform from Elsevier, the world's leading publisher of science, technology and medical (STM) information, announced today the results of a survey, asking researchers about the role of social media in their professional lives. The survey, which yielded over 1,800 responses, revealed that scientists are using blogs, wikis, and social networking and bookmarking applications primarily for professional reasons. Results show that these social media applications have provided scientists and researchers with additional resources to help them collaborate, connect, share and discover information.
2collab surveyed science, medical and technical information professionals working in academia and government institutions to establish exactly what influence new web applications are having on the way scientific research is conducted. Over 50% of respondents see web-based social applications playing a key role in shaping the future of research. The largest influence will be on critical analysis and evaluation of research data, professional networking and collaboration, dissemination of research output, career development, as well as grant application and funding.
Results show that many researchers believe social applications will have a major influence on the future of research. One respondent, an Environmental Science researcher based in Spain commented, “Social media and electronic journals will be the future of scientific information dissemination. Current scientific journals must not disappear but the business model will change.”
Comments from survey respondents identified several issues need to be addressed before mass acceptance by the research community is possible – namely the need for specialist tools, higher security, and validation of users. However, these concerns were not seen as insurmountable obstacles, and many anticipated tremendous potential for social media. “Existing social networks are mostly used for casual social interaction between young people. In order to be more relevant to academia, networks with professional credibility and accountability will need to develop,” writes another respondent, a Canada-based associate professor of Biochemistry, Genetics & Molecular Biology.
“While it is clear that scientists and researchers will continue to use traditional sources for information discovery, the survey indicates that social media applications will provide additional indicators of quality and discovery,” states Brant Emery, development manager for 2collab. “In an era where information travels fastest digitally, online applications will offer these professionals what one researcher stated as a “source of power.” Creating these online scientific communities gives everyone a chance to offer their voices and participate in research, thus increasing the flow of communication, access to knowledge and helping accelerate scientific discovery.”
本文引用地址：http://www.sciencenet.cn/blog/user_content.aspx?id=30431
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